找转录因子靶基因，没有ChIP抗体？ATAC-seq也能实现 | ATAC-seq实验服务
小伙伴儿都知道嘉因生物擅长做ChIP-seq，好多公司也把ChIP实验外包给嘉因生物。ChIP实验，这家公司做的怎么样？有图有真相。
ChIP-seq是转录调控研究神技
ATAC-seq是转录调控研究神助攻
ATAC-seq能干啥？
ATAC-seq能找到某段DNA上结合了哪个调控蛋白。
分析motfi也能做到？可信度不一样。
道理是这样的：你想去小明家玩儿，直接去可能正赶上不在家，白跑一趟。如果晚上看到亮灯了再去，有人在家的可能性就很大。
通过染色质开放区域能找到结合的转录因子的原理，小哈在哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1一文里介绍过，见下面的示意图：
转录因子等调控蛋白所结合的DNA附近会形成开放区域，产生DNase hypersensitive site，DHS。2013年，Howard Y Chang发明了ATAC-seq。详见从第一篇文章开始，讲讲ATAC-seq能干啥？
类似于DNase-seq，ATAC-seq能找出染色质上的开放区，根据这段区域上的motif，推测它上面可能结合的转录因子等调控蛋白。
ATAC-seq用的细胞数更少，500-50,000个细胞就能做，实验更稳定。有了ATAC-seq的加入，把motif预测出来的候选TF范围缩小到染色质开放区域，结果更准确。例如：
下面视频讲了一个工作，通过转录因子表达和染色质开放寻找染色质调控因子，由ENCODE成员David Lamparter讲述。
Genome‐wide association between transcription factor expression and chromatin accessibility reveals chromatin state regulators
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=o0549vcqynf&width=500&height=375&auto=0
以下是部分ppt截图，需要ppt文件就发消息给嘉因小二，长按下图，识别二维码，联系嘉因小二
这里用的是DNase-seq数据，也许你能从ATAC-seq数据里找到更多有意思的发现
嘉因生物推出ATAC-seq服务
实验 + 分析
助力转录调控机制研究
嘉因生物的ATAC-seq实验做的怎么样？
有图有真相
把测序获得的序列比对到基因组上，call peak；把测序信号bigwig文件拖到IGV里，直观的查看哪些区域测到了更多的reads，看看peak是不是大多数分布在TSS附近；
前两个track是DNase-seq的数据，三、四track是嘉因生物做的ATAC-seq数据。
鉴于粉丝里众多的Y叔粉，我们用Y叔的ChIPseeker画图，进一步查看ATAC-seq质量。
等嘉因生物做ATAC-seq样品积累得多了，小丫就画ChIP-seq帖子里那样的，能反映所有样品总体质量的图：ChIP实验，这家公司做的怎么样？有图有真相。
想赶在ATAC-seq上升期发paper吗？现在就来嘉因生物体验吧！
ATAC-seq相关技术贴：
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