二、说明修改的位置
你对文本或图形进行了什么修改，一定要在答复函中指出来。如果可能的话，指出在什么位置（如第几行）进行了修改。要注意的是，指出位置时，应该说明你是参考了原稿还是修改稿的位置。如果你遇到有一大块修改过的文本太长而无法引用时的情况，你可以在答复中简单地指出包含这种大块内容修改的节段标题，以便审稿人进行稿件内容的快速定位。
三、指明相对于前一版本的变化
当你对审稿人的评论做出回应时，有时很难向他们传达改变的确切内容。一个常见的错误是，作者在回复审稿人时会说，“这一点在稿件中是以如下方式解决的……”。这样的回复没有说明这些解决的内容是在之前的版本中，还是作为修改内容存在于新的版本中。在你的回复中，应明确提及你的稿件的先前版本和修订版本，并解释已经在新版本中做了哪些修改。四、接受批评，礼貌回应
如果审稿人未能理解稿件中的某一点，很可能是在于你没有把要点说得足够清楚。特别是当一个审稿人列出很多这样的评论时，你更需要考虑到这一点，并在给审稿人的回复中进行详细的说明与解释。
此外，如果你确信文本已经很清楚(也就是说，你在文章中说明过，只是审稿人错过了)，也可以考虑修改文本并在答复中引用修改后的文本来说明。这也显示了你认真对待审稿人所给建议的态度。
五、在可能的情况下，按要求去做
你应该避免给审稿人这样的印象：你不愿意去做审稿人要求的额外实验或分析。即使你认为审稿人要求的分析不会提供有用信息或者存在其他缺陷。遇到这样的情况，你可以在可能的情况下，依然按照审稿人的要求去做，并且在答复中报告这些新的结果，接着解释为什么你认为这些结果不应放入你的稿件中，那么你也会处于更有利的位置。
六、使用排版使回复更加明晰
在对审稿人的回复中，你可以使用字体、颜色和缩进的变化来区分三种不同的元素：审稿人的意见、你对意见的回应以及你对稿件所做的修改。另外，你还需要在答复内容的第一部分对这种区分方式进行交代。
七、对审稿人表示感谢
在某些情况下，如果审稿人提出了详细的或非常有见地的建议，并被纳入到修改后的稿件中了，那么在对该条建议的答复中，添加一个明确的“谢谢”以感谢审稿人。但也需要注意，一些期刊(如PLOS计算生物学)不允许对审稿人致谢，因此在答复前，你还需要了解相关期刊的答复要求。
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