地方市场监管体制改革完成一年多来，初步显现出优化、协同、高效的改革效应。在属地管理体制下，地方市场监管部门受地方政府和上级部门的双重领导。上级部门掌握“事权”，对下级部门进行业务领导；地方政府掌握“人财物”权，可以对本级市场监管部门工作深度管理。这种情况下，地方市场监管部门如何实现层级管理与属地管理的科学衔接，面临一些较为迫切和必要尽快解决的难题。
（一）职责边界和监管事权如何界定划分。市场监管部门职责边界和监管事权划分，需要在上下层级之间、同层级内设机构之间两个维度进行界定。
从上下级维度看，市场监管职责重心逐渐下移。地市、县区两级市场监管部门为具体执行层级，承担直接面向市场主体和群众的监管、执法、服务、维权等职能。《市场监督管理行政处罚程序暂行规定》第七条规定：县级、设区的市级市场监督管理部门依职权管辖本辖区内发生的行政处罚案件，法律、法规、规章规定由省级以上市场监管部门管辖的除外。但在现实中，地方各层级市场监管部门行使事权不够明确，在强化属地管理的政策语境下，监管事权向下级局无限下压集中。如企业公示信息“双随机”抽查工作，对地市局登记企业的抽查，往往由于企业位于县内、远离市驻地，而委托县级局代为实施检查。有的地方压缩市场监管部门机构编制，出现职能增加、人员反而减少的现象，从市场监管部门抽调人员参与地方临时性工作的现象较为普遍，大气污染、环境整治、创城、扶贫等工作经常安排市场监管人员参加，更加剧了工作矛盾。有的地方简单推行网格化管理，监管资源与监管重点不匹配，食品安全协管员作用发挥不明显。
从同层级内设机构维度看，监管与处罚出现“两张皮”。最突出的问题就是机构改革后，市场监管行政处罚权统一由县级以上市场监管综合执法机构行使，从事监管工作的科室没有行政处罚权，日常监管与行政处罚如何衔接较为模糊，工作协同、信息互通不畅。目前，有的地方已经将商务部门行使的行政处罚权集中到市场监管综合执法机构，监管、执法协同需要跨部门，更增加了协同和监管难度。
从最基层机构看，市场监管所压力增大。市场监管所在作为县级局的派出机构，在县级局领导下从事辖区市场监管基础性工作，在县级局确定的权限范围内以县级局的名义实施行政处罚。当前，《市场监督管理所条例》尚未出台，县级局往往将大量监管、维权职责下放到市场监管所行使，而市场监管所编制人员经费保障不足，承担了与其能力不相适应的产品质量、药品安全、特种设备安全等监管职责，责任和压力陡增，形成了“上面千条线、下面一根针”的困境。
（二）业务指导与属地领导如何协调统一。市场监督管理职能主要属于地方事权，强化属地管理有利于压实基层市场监管部门责任，防范市场风险，维护正常市场秩序，营造良好消费环境。2014年，市县工商、质监、食药监部门管理体制由垂直管理改为分级管理，有效强化了属地管理。机构改革后，市场监管部门实行分级管理，市县两级市场监管局作为同级政府的组成部门，在人财物管理、工作考核等方面受当地政府领导，“围着地方指挥棒转”的特征明显，上一级市场监管部门仅限于业务指导，话语权受到限制，一定程度上影响了上下贯通、有力有效执行，履职重点把握不准，甚至出现“越位”“错位”现象。例如有的县级局职责范围内的工作，能够纳入地方政府《政府工作报告》的事项，仅限于文明城市创建中负责农贸市场管理等，市场监管职能出现层级弱化、边缘化。有的地方甚至出台企业“宁静日”制度，采取“一刀切”的简单方式限制执法检查，“双随机、一公开”的监管方式受到制约。有的地方片面强调属地管理，在乡镇层级试点综合执法体制改革，以市场监管所为主体组建乡镇综合执法队伍，严重影响了市场监管职责履行，也不符合中央“加快乡镇政府职能转变步伐，着力强化公共服务职能”的决策部署。中央要求强化竞争政策的基础性地位，全面落实公平竞争审查制度，逐步清理废除妨碍全国统一市场和公平竞争的存量政策。当前竞争政策在市县层面还没有得到应有的重视。有资料显示，2017年上半年全国91个城市制定出台网约车管理办法，对当地网约车轴距、排气量等市场准入条件做出限制性规定，但是没有一个城市主动公开说明是否进行过公平竞争审查。
（三）督查考核和绩效评价如何科学实施。实施科学的督查督办和绩效考核，是推动工作落实的有效手段，也是奖优罚劣，调动各层级积极性的前提条件。市县两级是推进市场监管职责落实的关键层级，有些地方政府对部门的年度综合考核制度设计，往往更加突出经济发展、社会稳定等方面，基层党建、招商引资等被赋予较高分值，市场监管部门大量职责，如维护市场秩序、促进公平竞争，提升质量水平，在很大程度上属于“潜绩”，在考核指标体系中市场监管业务指标分值偏低。如某市2019年度市直部门综合考核指标千分制体系中，业务职责分值只有200分，难以形成鲜明导向。市对县的综合考核中，涉及市场监管的指标设置不足，少有的保留指标如食品药品安全，设置为负面指标，只要不出现食品药品安全事件就不扣分。上级市场监管部门对下级市场监管部门的绩效评价机制不完善，导致对下绩效考核缺失，基层“干好干坏一个样”。
（四）权力监督制约机制如何健全完善。行政权力运行制约和监督体系建设是一项系统工程，涉及党内监督、人大监督、民主监督、行政监督、司法监督、审计监督、社会监督、舆论监督等各个方面。加强政府内部层级监督是最直接、最有效的监督方式之一。当前，上级市场监管机关对下级机关的监督机制不健全，还没有建立常态化监督制度，没有做到日常监督与专项监督相结合，监督频率和覆盖范围较窄。受限于监督权限，对于受理举报投诉涉及下级部门履行职责问题的，往往需要转交下级党委政府有关部门作出处理决定。市场监管领域约谈制度不健全，缺乏像安全生产、生态环境保护等领域的巡查、监督、约谈、问责机制。有的地方落实食品安全“四个最严”要求手段偏软，标准、监管、处罚、问责始终难以达到最严。