Nat. med.| 阳转阴可能并不表明病毒已被清除，没有一株变异株是无辜的
2022年7月以来，新冠病毒的新变种奥密克戎BA.5先后登陆西安和北京。有研究表示，BA.5作为目前传播力最强的毒株，自6月至今已成为多个国家的主要流行毒株。从2019年12月新冠疫情爆发以来，SARS-CoV-2经历了无数次的更新换代，新冠爆发通常与新变异病毒的出现有关。
在过去两年里，全世界范围内出现了一波又一波的SARS-CoV-2感染，新冠爆发通常与 “令人担忧的变异（variants of concern，VOCs)”即新病毒变异的出现有关。这些VOCs通常是病毒的高度变异形式，目前尚不清楚它们是如何在人群中产生的。
一种假设是，VOCs的进化是由于慢性病毒感染过程中产生的选择压力。事实上，大多数慢性SARS-CoV-2感染患者的免疫系统被抑制，从而病毒可以在体内持续数月。然而，SARS-CoV-2在慢性感染中的进化模式是动态的，在患者之间存在差异。此外，在慢性感染过程中起作用的选择压力和进化过程仍然未知。
本研究旨在阐明大量慢性感染患者中发现的SARS-CoV-2的进化模式，识别适应性进化的相关性，希望更好地理解未来VOCs是否以及如何出现。
2. SARS-CoV-2突变≈令人担忧的变异
研究人员建立了一个由27名慢性SARS-CoV-2感染患者组成的队列，检查了每个患者的病毒突变积累，并以免疫抑制和COVID-19治疗为重点总结了他们的医学背景。
研究结果表明慢性感染患者中SARS-CoV-2的突变情况与“令人担忧的变异VOCs”的出现具有高度相似性，其中许多与抗体规避相关的突变是两者共有的。
参与该研究的一名医生指出，许多SARS-CoV-2患者的病毒载量通常会在“清除”病毒几天后再次呈阳性，研究人员发现这种病毒反弹与抗体逃避相关突变的积累高度相关。但是使用抗病毒抗体治疗与上述突变无关。此外，研究人员还发现在上、下呼吸道和血浆的收集到的病毒样本中的病毒种群是高度多态的。
综合上述研究结果，研究人员认为SARS-CoV-2抗体逃避的选择可能发生在肺部，导致新的适应性变异的迁移和病毒在上呼吸道反弹。
此外，研究人员指出，在慢性感染中并未观察到与SARS-CoV-2高传播性相关的关键突变。这一观察结果表明，在慢性感染中并没有选择更高的传播率，因此在慢性感染中出现新的VOCs可能是罕见的。
这项研究确定了慢性感染中的SARS-CoV-2进化与VOCs之间的联系和差异，强调了不断监测免疫抑制患者的慢性SARS-CoV-2感染的重要性。
事实上，阴性的PCR结果可能并不表明病毒已被清除，而病毒反弹可能表明出现了更“适合”的病毒，需要对患者进行持续监测。
此外，慢性感染患者的基因组分析是了解VOCs如何出现的一个关键途径。由于免疫抑制患者是COVID-19并发症的高危人群，并可能成为病毒生长和进化的背景，因此应保护这些人免受SARS-CoV-2感染。
文章指出本研究也存在一些局限性，包括样本量相对较小，而且可能对年龄、性别和医学背景存在一些偏见。此外，本研究分析的所有测序数据都是在大部分VOCs出现之前获得的。
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