【实用贴】几分钟内快速绘制基因结构图

小编最近需要绘制一个基因结构示意图，发现了一款非常简单的在线软件——Exon-Intron Graphic Maker，网址：http://wormweb.org/exonintron。

下面小编简单讲一讲该软件的使用（其实，小编想说的是这款软件真的是傻瓜软件）。

首先，打开上述网址，下拉会看到如下界面：

需要填入以下信息：

Gene name，此项内容为你想展示的基因名称，如果不想直接显示基因名称可以不填；

5' UTR sequence，5' UTR序列；

Coding sequence，编码区序列；

3' UTR sequence，3' UTR序列。

以上所有序列，可以2种方式区分外显子和内含子：外显子大写和内含子小写，或者外显子和内含子用逗号分开

到此，基因结构已经完成，下面可以做一些特殊标记，比如标注发生突变的核苷酸以及结构域之类的。

Marker locations，可以标记突变位点和缺失区域。 要指定突变位点，只需在Location后面框中输入该突变位点所在位置（5'UTR中的第一个碱基为碱基1），标记将显示为向下的箭头，要显示突变位点的碱基序列或突变信息可以在Label后输入，Label颜色可从Color后面的颜色中选取；要标记缺失，只需输入由短划线分隔的两个位置，将在图形下方以线段显示。如果您有多个位置需要标注，点击“Add another marker”前面的。

Domain locations，标记domain或者某些特定区域，输入由短划线分隔的两个位置，位置应该是氨基酸的位置，而不是碱基的，起始密码子ATG甲硫氨酸是氨基酸1。其他细节同上。

最后一步，点击“Download High-Quality PDF”下载图片，完成 。

如何获取基因的序列信息

有些小伙伴可能会问，虽然操作简单，但是，基因的序列如何获取？从NCBI或UCSC等数据库中获取。下面小编将以UCSC数据库为例进行说明。

进入http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway，hg19为参考基因组，输入基因的名称，或者知道转录本的可以输入转录本信息，比如NM_033395.1（CEP295基因）。

点击该转录本任意一个外显子跳转到下一个页面

从上图可以看到，我们可以分别同时勾选每一部分和introns获取该部分序列（get DNA），获得Exon-Intron Graphic Maker软件要求的外显子大写、内含子小写的序列。我们将序列输入Exon-Intron Graphic Maker在线软件中，如下图所示，再将突变位点和关注的蛋白区域标注出来，下载图片即可。

小编自认为还是很方便的，至少小编这种编程白痴可以在几分钟内搞定一张基因示意图。如果觉得直接在上面显示区域名称太丑，还可以自行用AI打开PDF添加名称。当然还有一款软件叫Illustrator for Biological Sequences (IBS) 也可以在线绘制基因结构图以及蛋白的二维示意图。小编就不多说了，可参考下面的延伸阅读内容。

延伸阅读

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