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盘点|百迈客单细胞 & 空间转录组专题系列

细胞和空间组学技术的快速发展正在开启生命科学的时空多维新时代,为复杂疾病的细胞异质性研究提供新视角,引领了生物学从“时间”维度走向“空间”维度,广泛应用于生长发育、肿瘤精准治疗研究等方向。为实现单细胞数据更快、更准、更高的分析转化,百迈客已开办过多期单细胞数据分析培训班,新一期的单细胞冬季培训班正在进行中,理论&实操,尽在掌握。没有参加培训班的老师,不妨看看这期小编精心整理的往期百迈客单细胞&空间转录组专题系列微信推文,理论知识、发文思路、分析技巧、项目经验等应有尽有,您值得拥有!!!单细胞入门篇◆单细胞转录组测序那些事儿◆科普
2021年11月25日
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空间单细胞转录组最新研究成果 | 人类乳腺癌的时空图谱-最全细胞表型和肿瘤亚型

百迈客单细胞和空间转录组测序单细胞转录组测序(scRNA)是在单细胞水平进行高通量基因表达谱检测,对复杂细胞群深入分析,表征单个细胞的表达谱,避免单个细胞的异质性生物学信息被大量细胞的均质化覆盖。空间转录组(ST)是以高空间分辨率解析RNA-seq数据的技术,实现解析单个组织切片中的所有mRNA,从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达信息,对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用,组织微环境,神经和发育等领域,有着令人期待的应用前景。单细胞和空间转录组技术原理对比:英文题目:A
2021年11月22日
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空间转录组在神经学方向的应用

Plants》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇,累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项,软件著作权近200项。努力打造基因产业国际一流企业,“为世界创造新的可能!”。
2021年11月22日
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空间转录组在疾病中的应用

百迈客空间转录组测序空间转录组(ST)是以高空间分辨率解析RNA-seq数据的技术,实现解析单个组织切片中的所有mRNA,从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达信息,对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用,组织微环境,神经和发育等领域,有着令人期待的应用前景。
2021年11月10日
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单细胞多组学|Nature带你玩转单细胞表观基因组学探讨人类皮质发育的机制

哺乳动物生长发育过程一直是一个经典的话题,随着单细胞技术发展,单细胞转录组研究揭示哺乳动物大脑皮层细胞的异质性,但是对于表观调控研究还未深入。为了在单细胞水平研究转录组和表观调控的关系,百迈客可以提供单细胞多组学ATAC&基因表达检测(scATAC&GEX-seq),真实反映同一个细胞内表观调控与基因表达内在联系,确定假定的调控元件(启动子,调节因子)和它们的靶基因之间的联系。此外百迈客业务还包括单细胞转录组、空间转录组、、单细胞免疫组库等,有兴趣的老师可以联系当地销售。接下来我们看看最新Nature发表单细胞水平表观基因组学研究思路,文章详情如下:发表期刊:Nature影响因子:49.962原文链接:https://international.biocloud.net/zh/article/detail/34616060发表日期:2021-10-06摘要在哺乳动物发育过程中,染色质状态的差异与细胞分化相一致,反映了基因调控图谱的变化。在大脑发育过程中,细胞命运和图谱特征对于定义细胞特征和赋予神经发育障碍选择脆弱性非常重要。为了确定发育中人脑的特定细胞类型的染色质可及性模式,作者使用了一种单细胞转座酶可及性测序分析方法(scATAC-seq),对来自人前脑的原始组织样本进行了测序分析。应用无偏估计来识别在神经形成过程中经历了广泛的细胞类型和大脑区域特异性可及性变化的基因组位点,并应用综合分析来预测特定细胞类型的候选调控元件。结果发现,脑类器官包含了大多数假定的细胞类型特异性增强子可及性模式,但缺乏许多体内发现的细胞类型特异性开放染色质区域。对脑区域染色质可及性进行系统比较,发现了大脑皮层神经前体细胞之间出人意料的差异,表明视黄酸信号在前额叶皮质神经元谱系确定中起着重要作用。总之,结果揭示了染色质状态对细胞类型多样性和细胞命运特异性的发展模式具有重要作用,并评估了脑类器官作为皮层发育模型的精确度和稳定性。背景介绍大脑皮层的细胞类型通常是根据少数形态学、解剖学和生理学特征进行分类的(图1)。新兴的单细胞转录学,包括single-cell
2021年11月9日
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文献解读 | 单细胞和空间转录组学绘制结直肠癌肝转移时空图谱

百迈客单细胞和空间转录组测序单细胞转录组测序(scRNA)是在单细胞水平进行高通量基因表达谱检测,对复杂细胞群深入分析,表征单个细胞的表达谱,避免单个细胞的异质性生物学信息被大量细胞的均质化覆盖。空间转录组(ST)是以高空间分辨率解析RNA-seq数据的技术,实现解析单个组织切片中的所有mRNA,从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达信息,对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用,组织微环境,神经和发育等领域,有着令人期待的应用前景。单细胞和空间转录组技术原理对比:
2021年11月2日
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百迈客-第八届全国功能基因组学高峰论坛 单细胞会场 完美落幕!

学术报告严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)感染常导致严重并发症甚至死亡。会议最后由中科院生物物理所研究员杨鹏远研究员为大家带来报告:Single-cell
2021年11月2日
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空间转录组遇到的那些坑——空间转录组图像处理

将样本切片覆盖的spot标记为组织,此操作较为繁琐,先使用套索工具选出大概组织范围,再去调整单个spot的属性。结果如图9所示。图9.
2021年11月1日
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震惊!百迈客单细胞测序竟然这么强!

单细胞测序技术自2015年问世以来,一直是引领科研领域的主导风向标。随着单细胞技术的不断发展与优化,不仅在医学领域蓬勃发展,农学领域也迎头赶上。截止到目前,采用10X单细胞测序技术平台发表的文章累计已达2000+篇,近60%文章影响因子超过10分。如此优秀的单细胞测序,您心动了吗?01百迈客单细胞项目经验百迈客是国内首批引进10xGenomics单细胞测序平台的公司,现已累计制备100+种组织类型、3000+例的单细胞样本。百迈客基于大量的动植物单细胞检测技术经验,已经建立成熟的单细胞悬液和植物原生质体制备体系,搭建了完善的分析流程。百迈客开展的单细胞测序项目中,人和鼠项目开展得最早,畜牧类、水产类、植物也积累了很丰富的经验,组织类型有分选的PBMC,易解离的肝、肺、胚胎,难解离的肠、耳蜗、皮肤、胃,植物的花粉、叶片、茎尖、根尖、籽粒等。表1
2021年10月21日
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国内首家!超高通量单细胞平台Chromium X正式入驻百迈客——百万基因组时代

X的高通量单细胞基因表达和免疫分析解决方案,支持大规模研究。超低成本大规模样本检测、混样测序可实现大量样本的并通道精测,大大降低实验成本,优化了实验周期。超高的灵活性可以根据实验需求和规模开展任何
2021年10月18日
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Cell Metabolism|空间图谱揭示人类脂肪细胞亚群对胰岛素有不同的敏感性

LEP、AdipPLIN和AdipoSAA代表不同类型的脂肪细胞。空间数据的进一步分析显示,这些亚型表现出相互的表达模式(图4C)。作者用针对AdipoLEP(DDR2)和Adipo
2021年10月9日
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震惊!百迈客单细胞测序竟然这么强!

单细胞测序技术自2015年问世以来,一直是引领科研领域的主导风向标。随着单细胞技术的不断发展与优化,不仅在医学领域蓬勃发展,农学领域也迎头赶上。截止到目前,采用10X单细胞测序技术平台发表的文章累计已达2000+篇,近60%文章影响因子超过10分。如此优秀的单细胞测序,您心动了吗?01百迈客单细胞项目经验百迈客是国内首批引进10xGenomics单细胞测序平台的公司,现已累计制备100+种组织类型、3000+例的单细胞样本。百迈客基于大量的动植物单细胞检测技术经验,已经建立成熟的单细胞悬液和植物原生质体制备体系,搭建了完善的分析流程。百迈客开展的单细胞测序项目中,人和鼠项目开展得最早,畜牧类、水产类、植物也积累了很丰富的经验,组织类型有分选的PBMC,易解离的肝、肺、胚胎,难解离的肠、耳蜗、皮肤、胃,植物的花粉、叶片、茎尖、根尖、籽粒等。表1
2021年9月30日
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大揭晓|百迈客动植物空间转录组实例数据来了

年度技术的封面以来,该技术一直都有重量级的文献报道,并且刊登都是高分国际期刊杂志,频繁登临Cell、Science、Nature等高分期刊,据不完全统计利用10x
2021年9月29日
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百迈客新品-植物空间转录组的机遇与挑战

flg22诱导后根据其在叶面积上的空间表达模式精确地聚为36个簇,而且这些基因主要富集在应激和防御反应相关的生物过程,探索植物器官内部空间差异和细菌PAMPs的生物刺激所引起的变化的反应机制。图9.
2021年9月23日
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【单细胞+空间转录组】单细胞和空间转录组强强联手共同研究人类肌腱疾病中免疫稳态失调

无类风湿性关节炎或骨关节炎病史常规前交叉韧带(ACL)重建时获得的健康肌腱(腘绳肌腱)作为独立对照组。(在其他体外肌腱研究中,通常也使用腘绳肌腱作为与病变肩腱比较的替代对照。)实验方法10x
2021年9月18日
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单细胞核+空间转录组揭示膀胱癌免疫治疗预后机制

膀胱癌患者接受免疫治疗后预后效果的好坏仍然是临床上面临的一个主要的挑战。近期NC一篇文章通过单细转录组及空间转录组阐述了对膀胱癌治疗具有反应应答的癌细胞群。获得了在预测对免疫治疗的反应方面更优的marker基因。有助于为患者的治疗提供更理想更优的治疗方案。
2021年9月14日
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文献解读 | 单细胞多组学在急性淋巴细胞白血病研究上的应用

motif。根据发现集中找到的TF,在训练/测试集中预测它们的靶基因。为了测试预测的靶基因是否受TF调控,本研究检索了PAX5、EBF1和BCL11A的ChIP-seq数据,这些数据在人类细胞系模型
2021年9月8日
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【单细胞+空间转录组应用案例】单细胞时空转录组学鉴定胎儿肝脏中HSC/MPP扩增单位

研究结论单细胞转录组学揭示了三种具有转录异质性的亚群,其中CD93+亚群表现出增强的干细胞特性。此外,通过整合单细胞和空间转录组学的联合分析,发现了新的HSCs/MPPs‘口袋样’单元(HSC
2021年9月6日
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百迈客新品-植物空间转录组的机遇与挑战

flg22诱导后根据其在叶面积上的空间表达模式精确地聚为36个簇,而且这些基因主要富集在应激和防御反应相关的生物过程,探索植物器官内部空间差异和细菌PAMPs的生物刺激所引起的变化的反应机制。图9.
2021年8月31日
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NC|单细胞空间转录组学联合揭示鸡胚心脏发育过程

心脏是第一个发育完整的功能器官,对胚胎发育至关重要。心脏发生涉及来自多个谱系的异质性细胞群,它们在时空上相互作用,以驱动心脏的发育。心脏发育过程中细胞类型的异质性使得利用传统的发育生物学技术研究心脏变得困难。虽然单细胞RNA测序(scRNA-seq)已被用于研究心脏发育中涉及的细胞机制,但是它不能保存空间信息,也不能研究细胞分化和形态发生之间复杂的相互作用。在这里,作者结合空间和高通量单细胞数据来研究鸡胚胎心脏发育的时空相互作用和调控机制。百迈客不仅提供单细胞系列产品,6大核心产品,单细胞转录组、空间转录组、单细胞免疫组库、单细胞ATAC-seq、单细胞核转录组、单细胞全长转录组,而且实现了单细胞转录组、空间转录组百迈客云端APP分析,深入大数据挖掘,一键快速分析,单细胞和空间转录组的联合分析近似实现单细胞分辨率的空间异质性,助您进入时空组学研究新时代。接下来我们来看看作者如何实现单细胞转录组和空间转录组数据联合研究鸡的心脏发育过程。英文题目:Spatiotemporal
2021年8月30日
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文献分享|【综述】单细胞技术开启对肝脏病理学及发病机制的新认知

https://international.biocloud.net/zh/article/detail/32483353
2021年8月25日
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monocle 分析之细胞聚类

分析之数据导入monocle分析之细胞聚类数据预处理降维、可视化去批次效应后重新降维monocle3可以分析大型、复杂的单细胞数据,可处理数百万个细胞。monocle3主要更新了哪些功能?1.
2021年8月19日
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单细胞转录组助力构建不同胃腺癌亚型的转录组图谱

研究背景肿瘤异质性,包括形态异质性和遗传异质性,是癌症研究的一个重要课题。胃腺癌(GA)是胃癌的一个典型异质性恶性疾病的例子,具有不同的亚型和临床表现。根据腺体结构异型性和GA粘膜的分化程度,可以将GA分为肠道型和弥漫型。肠型GA的特征是形成腺体结构,并表现出不同程度的分化,这些分化通常通过具有良好特征的连续病理阶段形成,如慢性胃炎(CG)、萎缩、肠化生和发育不良。弥漫型GA通常表现出低分化状态,以低分化浸润性生长为特征,与攻击性行为和不良预后相关。但是,与胃肿瘤生物学行为相关的表型表达的分子基础仍知之甚少,限制了肿瘤异质性的分离。单细胞RNA测序(scRNA-seq)和微流控技术的最新进展为描述数千个细胞的转录状态提供了方法。该方法允许对生物组织内的细胞特征进行无偏分析,并已广泛应用于包括癌症免疫异质性在内的肿瘤生态系统分析。
2021年8月16日
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文献速递:空间转录组+单细胞转录组揭示发育中小鼠胚胎的大脑单细胞分辨率的空间分子结构

E16期分化。早期神经管在E8形成,成熟为增殖的放射状神经胶质,是所有神经细胞的前体。两大群神经元从神经管分支出来,其中一群由前脑兴奋性神经元组成,另一个群包含所有其他类型的神经元。
2021年8月11日
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文献解析 | 单细胞测序在转移性肺腺癌分子和细胞重编程研究上的应用

今天小编为各位老师带来一篇单细胞技术在肺腺癌研究中的应用。这篇文章利用10X单细胞技术,对44名患者的正常组织、早期至转移性肺腺癌的样本进行分析,发现了偏离正常分化轨迹并在转移期占主导地位的癌细胞亚型,同时发现在癌症发展的所有阶段,基质和免疫细胞显示出促进肿瘤发生发展和抑制免疫微环境的功能变化。这篇文章证明了同时研究癌症和免疫微环境有利于发现肿瘤潜在的诊断和治疗靶点。百迈客单细胞免疫组库测序产品基于10x
2021年8月6日
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单细胞RNA测序揭示肾脏发育过程中mRNA剪接异构体的转换

间充质相关基因的表达水平二、用rMATS检测在表征肾脏发育过程中间充质和上皮细胞状态转换过程中,发生的剪接异构体转换事件
2021年8月2日
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整合空间转录组学和单细胞转录组构建人类胚胎肝脏的时空图谱

导读研究背景:肝脏由超过20种细胞类型组成,包括肝细胞、肝内皮细胞、胆管细胞、间皮细胞、ER细胞和各种循环免疫细胞。在人类胎儿的发育过程中,肝脏是重要的造血器官。造血干细胞和祖细胞(HSPC)在大约6周时在人体内迁移到肝芽中。然后,胎儿肝脏成为主要的造血器官,并为HSPC增殖和分化提供了特定的生态位。肝脏是人体的重要器官之一,易受体内外多种致病因素的影响,引起炎症和损伤。肝脏疾病是导致发病率和死亡率的主要因素。此外,肝脏有很强的再生能力。肝部分切除术后,肝脏的再生依赖于残余肝组织的再生能力。因此,对胎儿肝脏发育的研究对于我们了解肝脏发育和再生机制也至关重要。结论:本文中作者结合了单细胞RNA测序和空间转录组学(ST)技术的优点,对人类从受孕后8周(PCW)到17周(PCW)的胎儿肝脏进行了分析。系统地鉴定了9种细胞类型,并确定了主要细胞类型的发育途径。结果表明,人胎肝在实验期间经历了血液的快速生长和迁移,并鉴定了红系细胞发育过程中的差异表达基因和代谢变化。此外,作者还对肝病相关基因的表达进行了研究,发现17个已发表并与肝病相关的基因主要在巨核细胞和内皮细胞中表达,在其他细胞类型中几乎不表达。总之,作者的研究结果提供了一个全面而清晰的了解人类胚胎肝脏中所有主要细胞类型的分化过程,这可能为肝脏疾病的治疗和肝脏再生提供参考数据和信息。中文题目:整合空间转录组学和单细胞转录组揭示了人类胚胎肝脏的基因表达谱英文题目:Integrating
2021年7月26日
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一文带你探索单细胞ATAC分析思路

和组合的index冲突导致的双核现象。所以要看下ATAC的reads分布情况,从C图可见分配给mixed类的细胞核在高测序深度bin中被富集。所以将该类去掉,剩余1,361细胞进行后续分析。2、
2021年7月23日
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单细胞研究有套路 | 六月单细胞高分文章解析

自单细胞测序技术兴起以来,热度居高不下,TA凭借自身优势,成为了科研工作者们新的宠儿,但是有很多刚刚接触该技术的老师可能不清楚:什么样本可以做单细胞?什么研究可以用单细胞?今天,小编就为大家带来6月新鲜出炉的几篇单细胞高分文章解析,希望文章中的研究思路可以解除老师们的困惑。
2021年7月22日
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叮咚!你有一份百迈客单细胞测序组织保存液寄送指南到手!

单细胞上门服务,无需您消化制备悬液,只需提供组织样本即可,包您全套服务(从组织解离、细胞悬液制备、单细胞捕获、分离标记、文库构建、测序、分析),详情可见百迈客10x
2021年7月19日
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NAR|由单细胞测序数据构建的细胞特异性网络

单细胞RNA测序为我们研究基因-基因间的相关联提供了一个新的视野,传统的方法由于只聚焦在各个细胞组之间而不是单个细胞,因此会导致细胞间的异质性被忽视。我们通过单细胞测序数据来构建单细胞特异的细胞网络,这使得我们第一次从单细胞水平来识别基因间的关系或者基因网络。通过CSN方法,我们可以通过现有的视野和方法来对单细胞数据分析聚类和伪轨迹。另外,CSN方法能够识别出单个细胞不同的基因关联,也可以构建个性化网络。英文题目:Cell-specific
2021年7月15日
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单细胞转录组5—在神经母细胞瘤中的研究

导读神经母细胞瘤是一种儿童癌症类似于神经嵴的发育阶段。神经母细胞瘤发育过程尚不明确,本文作者试图通过比较癌组织和正常胎儿肾上腺单细胞转录组,揭示神经母细胞瘤癌细胞的表型。作者主要发现神经母细胞瘤癌细胞类似与胎儿的交感母细胞,但没有其他类型的胎儿肾上腺细胞。交感细胞状态是神经母细胞瘤细胞的普遍特征,超越了细胞簇多样性、个体患者和临床表型。通过整合神经母细胞瘤基因组与转录信号的典型特征和的650个神经母细胞瘤bulk转录组证明了作者的发现。总的来说作者的发现表明存在一种泛神经母细胞瘤癌细胞状态,这可能提供新的免疫治疗和靶向途径。英文题目:Tumor
2021年7月8日
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文献解读 |STAT3功能获得性突变导致CD8+ T细胞耗竭缺陷从而促进1型糖尿病的形成

导读单基因1型糖尿病(T1D)病例为研究自身免疫性疾病的机制提供可能。最新研究发现,与转录因子STAT3结合的基因功能获得性(GOF)突变会导致新生儿T1D的发生。为研究STAT3在T1D中的作用,本研究构建了一种新型基因敲入(KI)小鼠模型,即在与STAT3结合的基因中敲入高度致糖尿病的K392R基因突变。单细胞转录组和单细胞免疫组库测序发现,STAT3-GOF驱动细胞毒性T细胞的增殖,这些细胞毒性T细胞对CD8+肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)终末耗竭具有抵抗力。单细胞ATAC-seq显示这些效应T细胞在表观遗传上是不同的,并揭示了由STAT3-GOF诱导的染色质结构差异。胰岛TCR富集克隆型分析显示效应CD8+T细胞与已知抗原IGRP发生作用,并且IGRP反应性TCR转基因模型研究表明CD8+
2021年7月7日
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单细胞免疫组库全面解析肾细胞癌免疫功能障碍,辅助肾癌精准治疗

T细胞在不同疾病阶段的变化,作者使用Slingshot对T细胞的三维UMAP表达进行轨迹推断。首先观察到,单个细胞因其疾病阶段的不同,轨迹(即“拟时间”)的位置有很大的变化。来自正常邻近组织的CD8
2021年6月25日
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单细胞联合空间转录组3:多组学在肝脏研究中的应用

肝细胞癌是世界范围内死亡率排名第三的癌症,其中中国的肝癌发病率居世界之首。HBV(乙肝病毒)的慢性感染是中国肝细胞癌发生的主要原因,其感染导致肿瘤微环境常伴随慢性炎症。免疫逃逸被认为是癌症发展的标志之一,目前研究表明,肿瘤存在多种免疫逃逸机制。日前,中国学者指出研究肿瘤微环境中不同免疫细胞状态的重要性,而不同类型的单细胞测序技术则是研究不同类型免疫细胞状态和动态的有力手段。转录组分析可以研究人体组织的基因表达,它是一个有价值的工具,以表征肝功能,基因表达变化的肝脏疾病,识别预后标记或签名,并促进发现新的治疗靶点。与全组织RNA测序分析相比,单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学可以在单细胞或空间水平上研究转录活性。ScRNA-seq为发现正常和病变肝脏中先前未知的细胞类型和亚型,研究罕见细胞如肝祖细胞以及非实质细胞在慢性肝病和癌症中的功能作用铺平了道路。通过将空间信息添加到scRNA-seq数据,空间转录组学转变对组织功能和细胞间相互作用原生环境的理解。这些方法最近已被应用于肝脏研究肝细胞和非实质细胞的再生、组织和分工,并描绘慢性肝病和癌症的单细胞图景。这里我们回顾scRNA-seq和空间转录组学方法背后的原理和技术,突出这些方法已经取得的最新发现和新见解肝脏生理学和疾病生物学。scRNA-seq工作流程的主要步骤和最常用技术的比较单细胞RNA测序分析研究肝脏病理生理
2021年6月22日
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空间转录组+单细胞核+单细胞ATAC揭示人心肌梗死多组学图谱

不同的基因表达调控来区分缺血区研究者在急性人类心肌梗死组织缺血区标本的snRNA-seq和snATAC-seq数据中鉴定到4种不同的细胞类群。研究者在空间标本中心确定了一个核心缺血区(cluster
2021年6月21日
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单细胞转录组分析难?教您2步,轻松玩转它

话不多说,直奔主题,单细胞转录组分析2个步骤,初级分析、高级分析、高颜值图片通通属于你。第一步:单细胞转录组云平台对于没有生信基础、不会敲代码、不会跑流程、没有服务器等硬件设备的老师来说,可以使用百迈客单细胞转录组(scRNA-seq)云分析平台,轻松get单细胞转录组初级分析。单细胞云平台详情请点击:百迈客单细胞转录组云平台全新上线。第二步:高级分析定制化值此周年庆期间,百迈客特推出免费售后分析服务,含多种高级分析:1、拟时序分析拟时序分析(pseudo-time)或者单细胞拟时轨迹(trajectory)分析,它指通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。拟时分析适用于发育生物学中的发育轨迹研究,或者肿瘤微环境中免疫细胞状态的变化研究等。关于拟时序分析,现在已经开发了不少的软件和算法,但目前使用的最多的是Monocle[1],它是一款利用反向图形嵌入(reversed
2021年6月17日
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AWK超详细讲解

当你拿到一个超大的表格文件,excel打不开怎么办?几百万行的数据,根本无从下手,怎么快速筛选定位出你想要的信息?你是不是也有过这样的烦恼?今天小编就带你一行命令解决它!接触过Linux的应该都知道,AWK是一款高效的文本处理工具,它与grep和sed一起被称为Linux三大剑客。虽然awk也是流式编辑器的一种,是一行一行的读取并处理文件,但确能实现一些基于列的操作,实现类似Windows下,excel表格的一些功能。下面介绍一下awk的入门知识以及一些比较频繁的用法,让你在面对大量文本,各种稀奇复杂的处理需求时,也能游刃有余~
2021年6月11日
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单细胞水平研究多囊卵巢综合征患者卵母细胞的线粒体动力学

count,基因的表达量是用count数来定义的,用DESeq2计算差异表达基因(p-value
2021年6月10日
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单细胞转录组学首次揭示宫颈癌中内皮细胞的肿瘤内异质性和转录活性

文献下载:https://international.biocloud.net/zh/article/detail/33996252(复制链接到浏览器获取原文,如果没有云平台账号需要先注册)
2021年6月8日
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scTyper:浅析单细胞数据分析之细胞注释

.db.txt文件替换为新的文件,轻松地完成单元格标记数据库的定制或更新,该包允许用户使用和比较不同的细胞分型方法。管道的模块化设计使用户能够在每个步骤中修改管道,有助于对数据进行适当的解释。。
2021年6月4日
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单细胞转录组应用5-结肠癌研究续集

结直肠癌是一种胃肠道中常见的恶性肿瘤,也是世界范围内死亡率排名第四的癌症。结直肠癌发生率在40岁开始增加,60-75岁达到高峰,且在女性患者中较常见。但是由于免疫系统是一个复杂且具有高度动态性的可调节系统,理解免疫系统中各种免疫细胞的状态及其与肿瘤细胞之间的相互作用机制可以为免疫治疗提供更加明确的指导。单细胞测序便为以更高的分辨率解析肿瘤微环境提供了强有力的工具。随着单细胞测序技术的进步,现在可以在单细胞水平上分析高度异质组织内基因转录的变化。单细胞测序提供了一种表征组织异质性的方法,并提供了确定影响临床结果(包括预后和治疗反应)的关键分子特性的机会。前面单细胞转录组应用4——结直肠癌研究已经做了一期总结,今天我们挑选几篇经典案例研究结直肠癌,从不同角度进行借鉴借鉴,站在前人的肩膀上,相信肯定能看的更远,飞的更高!
2021年6月2日
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scRNA-seq:不同组织和人群影响SARS-CoV-2进入细胞的因素

文献下载:https://international.biocloud.net/zh/article/detail/33654293(复制链接到浏览器获取原文,如果没有云平台账号需要先注册)
2021年6月1日
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ScRNA-seq揭示早期复发性HCC的独特免疫生态系统

CD160(CD160)细胞在邻近的非肿瘤组织(PNT和RNT)中富集,CD69、NR4A1、CD160和CXCR6高表达,FCGR3A低表达。
2021年5月28日
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空间转录组-在生长发育中的应用2

不同功能类型的细胞数量与时间和空间差异相结合,构成了哺乳动物器官转录异质性的主要组成部分。通过对不同时间点的样本取材,使用单细胞转录组测序技术能够解析时间维度上细胞类型和基因表达的变化过程。随着单细胞测序技术的不断发展,单细胞组分、转录水平可通过多种技术检测到,极大的提高了研究者们从异质性样本中分析细胞类型特异性的基因调控网络的能力,然而单细胞测序实验的前提是组织必须通过酶解消化成单细胞悬液,此过程不可避免的丢失了组织中细胞所处的原始位置信息,也导致了细胞间的通讯网络被打破,这使我们难以获得组织中不同区域的细胞构成和基因表达状态,以及不同功能区之间的基因差异表达等信息。空间位置信息,或者细胞在组织中天然的状态在研究过程中其实具有十分重要的价值,特别针对某些研究领域,如发育生物学(不同位置的细胞接受不同的信号浓度梯度、响应不同的外界刺激,具有不同的发育命运)。空间异质性是器官功能的关键特征,细胞的位置信息对细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程的研究十分重要。因此,为了更好地了解细胞,有必要同时记录其转录异质性和空间坐标。空间转录组(Spatial
2021年5月27日
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空间转录组-在癌症中的应用1

注:热图行表示个细胞类型,列为空间组织区域,红色表示富集,蓝色表示缺失通过绘制韦恩图展示空间组织区域的差异基因与scRNA-seq各亚群差异基因的整体情况。Fig5.
2021年5月24日
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百迈客单细胞转录组云平台全新上线

好剧抢先看,追星要趁早,在科研上更是如此!目前高通量测序最火热的产品当属单细胞转录组,作为当红的明星产品,这个时候就是要先下手为强,高分文章唾手可得!对于没有生信基础、不会敲代码、不会跑流程、没有服务器等硬件设备的老师来说,如何用最短的时间、最低的分析成本实现单细胞转录组数据分析?有没有一种方式,可以让科研工作者既不需要生信基础,也可以自主把控分析周期?当然!百迈客在多年致力于云服务的基础上,经过研发与磨砺,进一步全方位打造单细胞转录组(scRNA-seq)云分析平台!已全面实现单细胞转录组线上自主分析,更有30+种基本分析,20+种个性化分析,满足您的多种需求。下面让小编带您深入了解单细胞转录组云分析平台,看看它有哪些亮点,如何让单细胞转录组分析变得简单又轻松!操作指南
2021年5月21日
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百迈客:10x单细胞转录组与空间转录组联合分析一睹为快

使得我们可以在前所未有的分辨率上研究转录组表达数据。空间转录组学(ST)可以将转录特征映射到不同组织区域,使得人们能够从空间的角度解析数据。百迈客可为您提供10x
2021年5月18日
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单细胞转录组应用4——结直肠癌研究

Genet,2020年6月影响因子:27.603实验材料:来自三星医疗中心(SMC)的23名韩国结直肠癌患者和6名比利时结直肠癌患者。实验方法:scRNA-seq(10x
2021年5月14日
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单细胞&空间转录组应用3-动植物研究“遍地开花”

单细胞免疫组库揭示溃疡性结肠炎中结肠T细胞图谱单细胞转录组+空间转录组:追星就是要趁早!单细胞转录组+空间转录组联合绘制人类鳞状细胞癌组成和空间结构的多模式图谱文:驷说排版:市场部
2021年5月13日