Hi-C研究的“奠基石”来了！！！

Hi-C是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C常与RNA-Seq等多组学技术进行联合分析，从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

小编此前给大家介绍过Hi-C技术的应用及与多组学技术搭配的案例解读。在Hi-C技术的“硬件”条件铺垫之后，执着于样本制备阶段的小编，要来普及一下“软件”环节的注意事项了。

万丈高楼平地起。再高超的技术，再前卫的应用方向，也要基于项目的样本质量才能顺利推进，样本准备环节便是一个项目整体的奠基石。

做Hi-C所涉及的样本通常有全血样本，组织样本以及细胞样本。

血液样本

送样建议

血液采集后加入含EDTA或柠檬酸钠抗凝管中（因肝素钠抗凝会影响酶活性，故不建议用肝素钠抗凝），轻轻颠倒十次混匀，室温正立放置，平衡2h后立即送样，并尽量确保24h内运输至实验室。

注意事项（防止污染、溶血）

a. 血液必须为新鲜血样。

b. 取样前要进行消毒处理：包括取样部位、取样器材、取样者戴的手套等，防止所取血液样品被物种本身携带的细菌等污染物污染；

c. 准备柠檬酸钠或EDTA抗凝管；

d. 依据抗凝管的实际规格采取全血样品，比如：10 ml规格的抗凝管可以取样10 ml；

e. 取完血后，迅速轻柔颠倒混匀全血样品，保证血液与抗凝剂充分混匀；

f. 天气较热时：含有血液样品的抗凝管运输时使用冰袋低温运输，注意，冰袋不要与抗凝管直接接触，以防止血液冻凝；天气较冷时：含有血液样品的抗凝管运输时无需加冰袋运输。

组织样本

送样建议

将肌肉表面附着的血液、脂肪、毛皮等非肌肉组织处理干净，最好简单梯度冻存（4℃ 30 min，,-20℃ 30 min，放于-80℃长期保存），干冰运输。或者直接液氮速冻后干冰运输。

注意事项（防止污染、溶血）

a. 冻存样品注意—“慢冻快融”；

b. 保证组织样品新鲜冻存，保存时间不要太长（以冻存时间1个月为宜）。

细胞样本

送样建议

需要进行甲醛交联固定，细胞不可经过核酸染色步骤，交联前处于活性状态，冷冻细胞需活化后在进行交联。建议培养到10^7个细胞用于固定，以保证试验的可重复性。

交联细胞步骤建议

1、细胞交联

a. 取新鲜活细胞置于1.5 ml离心管中，加入1 ml的cold 1x PBS摇匀，1000 g、4℃离心2 min；

b. 吸弃上清，每管再次加入1 ml的cold 1xPBS轻混匀，1000 g、4℃离心2 min；

c．吸弃上清，用1 ml cold 1x PBS重悬沉淀，加入适量（57 ul）37%甲醛（终浓度2%）混匀,室温放置10 min(1-2 min混匀一次)；

d．加适量（71 ul）2 M的氨基乙酸（常温保存）终止反应（终浓度0.125 M）室温混匀5 min,冰上放置15 min。

2.细胞裂解

a．固定好的细胞340-600 g、4℃离心8 min，弃上清；

b．1 ml cold PBS重悬沉淀，340-600g 4℃ 离心8 min；

若不进行细胞裂解，则改成 b. 1 ml cold PBS 重悬沉淀，把重悬液转移到冻存管，340-600 g、4℃离心 8 min 去上清。

注：做到此步可直接液氮速冻，干冰运输，信息单中备注：“交联完成，PBS清洗后，未进行细胞裂解”。

c．用1.25 ml cold lysis buffer（50 ml lysis buffer 加一片罗氏蛋白酶抑制剂）重悬沉淀，冰上静止30 min(5min混匀一次)；

d．600 g 、4℃ 离心5 min沉淀细胞核,核可用液氮冻存运输。

以上，便是Hi-C常规样本的制备细节，望对有意向或有计划准备样本的老师同学们有所帮助。如对制备样本上或非常规样本的制备有疑问，可随时联系小编。

对送样样本的严格把关，是推进项目的第一步。百迈客医学诚心与您合作，望您送来的是标准样本，望百迈客协您共创佳绩！