美国FDA关于新冠病毒突变检测的指南
审校：Young Wang (王永强博士)
翻译：Trista, Joy, Deborah, Tiki
整理：Tiki
近期FDA发布了关于在COVID-19公共卫生紧急事件期间批获分子流感和RSV检测的修正版执行政策。由于许多流感和RSV测试使用的成分与SARS CoV-2分子分析的成分相同，因此制定了该项政策，以帮助在流感季节出现试剂耗材的短缺。该政策将有助于扩大获得FDA批准用于检测和鉴定流感病毒的分子检验的机会，包括那些识别RSV的流感检测。
另外，FDA虚拟市政厅系列——立即生效的关于冠状病毒（COVID-19） 诊断测试指南的发布（问答形式），CAIVD将重点内容翻译并提炼出来，以飨读者。FDA参与直接审阅EUA和Pre EUA的人员大概100人左右，背后另有大量的以各种方式提供帮助的工作人员。本次问答内容主要有关公共卫生紧急情况下SARS CoV-2测试开发和验证的技术问题。由CDRH的产品评估和质量部门的体外诊断和放射卫生办公室主任Timothy Stenzel博士及体外诊断和放射卫生办公室副主任Toby Lowe博士带来简短的更新报告。
Timothy Stenzel: 到本周为止，我们已经批准了很多 EUA 授权，其中较为特殊的是我们授权了第一个抗原试纸法测试。它是把一个普通试纸放入检测管中，已被授权用于即时检测。很多人都对这种简便价廉的检测感兴趣，而且这项抗原试纸检测甚至不需要Cartridge。
这就是Quidel QuickVue SARS测试，和雅培BinaxNow一样是一个非常简单不用任何设备的抗原测试。我们认为它的独特之处在于它可以显著降低获取检测结果的成本所以它可以像雅培的BinaxNOW一样大批量生产。
还有很多其他很好的抗原测试产品。我们一般优先考虑批准的是那些对公共健康产生重大影响的申请，像居家检测、居家采集、即时检测以及超大容量的中心实验室测试。我们主要考虑诊断检测，但也关注血清学测试。
我想讨论的另一个话题是新冠病毒变异。发生在英国的新冠病毒变异株在美国夜成为一个令人担忧的问题，我们已经看到一些确诊病例。南非的变异株与英国的变异株有一些重叠的突变，但也存在明显的差异。
由于病毒突变并增强了与受体的结合，这两个变异似乎都具有较高的传染性。有证据可以证明这一点。其中一些可能具有更高的病毒载量，然后与受体产生更强的结合以致产生更大的影响。因此，了解正在流行的变异株是很重要的。我们对基于测序的检测很感兴趣，这种检测可以提供完整的基因组序列。而且我们已经授权了至少一个这种类型的试剂——Illumina试剂盒。值得提出的是我们在了解变异的重要性之前它已被授权。
FDA一直在做的另一件事是定期要求所有申请者，尤其是分子检测的申请者，在授权过程中至少检查两次已知的变异序列，并阐明在已知数据库中有关这些变异其引物和探针设计可能会产生的任何问题。
此外，FDA具有生物信息学分析能力。我们拥有所有EUA授权的分子引物和探针的清单。我们一直在查询测序数据库，以查看是否存在任何可能影响测试性能的突变。我们已经分析了出现在英国和南非的变异毒株。在此之前，我们也已经对数据库中出现的任何变异进行了此操作，这些变异是数据库中序列的5％或以上。
今天谈的英国新冠病毒变异株，至少有一项测试被公开提及是具有S基因缺失的Thermofisher Attack Path Assay。由于S基因缺失，我们研究了美国数据库中许多变体和序列。到目前为止，大多数并没有英国变异株的特征。目前在美国只有一个子集-Thermofisher的S基因缺失。我们认为大约5％的Thermofisher阳性患者有S基因缺失。但是，我们认为迄今为止，绝大多数并未携带英国变异株。因此，目前我们建议至少对S基因缺失样本进行序列验证，Illumina的EUA授权的测序分析可以满足该需求。
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Q1：使用分子检测作为快速抗原检测的比测仪时，出于报告目的，哪种与传染性相关的CT临界值是合适的？
A：我们没有使用CT临界值或某种传染性临界值，因为实际上CT的差异很大。对于快速的抗原检测，我们发现出现症状的前五天CT高达40。目前还尚不确定具体原因。但是我们非常清楚地看到，在症状出现的前五到七天内，出现了一些高CT结果。因此，我们认为重要的是当出现症状时，我们能够得知抗原检测的真实性能。
所以我们会建议直接进行抗原检测。大部分试剂在五到七天的症状期内的检测已获得批准。我们想了解接受抗原检测且被确诊为新冠阳性患者的检出率是多少。
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Q2：如果将临床验证作为筛查测试，阳性和阴性PCR病例的最低建议数量是多少？
A：如果您要进行无症状筛查，并且这是您第一个也是唯一的研究，那么我认为您需要30阳性病例。如果您要将其添加到已授权的检测中，或者是与首次EUA授权期间同步进行。我们相信最低限度取决于在上市前或获得授权前至少有10个阳性无症状患者的病例。
如果您要进行抗原测试，建议您进行一项研究，以最大程度地了解无症状人群的真实表现。因此，正如我所说的，抗原检测在症状的前五到七天内达到最高峰。病毒水平和其中的隐匿峰值通常在该段时间内达到高峰。它可能提前一些但通常不会推迟。经过一个星期的病毒隐匿后，抗原检测性能随之下降。虽然好的分子检测可能在14天后仍能呈阳性，但是有些病例会出现症状，这就超出了症状学研究范畴。
因此，一种最佳的研究设计是将一系列串行检测项目联系起来，这将使您有最好的机会展示出抗原检测的优异性能。使用分子比测仪进行每周至少一次的筛查，该分子比测仪可以用作无症状研究的记录比测。这样您可以丰富自己的数据库，同时可以等到有人通过筛查确认阳性。与确诊者联系，看看他们是否愿意接受新试剂测试。希望至少使用相同数量的阴性，以确保可靠性。也许这是最好的方法来丰富无症状的病毒水平，希望能看到较好的抗原性能测试。
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Q3：关于不同测试EUA审批的优先顺序是怎样的？
A：POCT检测，家庭测试，家庭采样，主要聚焦在诊断测试，即分子和抗原测试。但也会优先考虑血清学类的检测。之后是高通量的中心实验室检测，这有助于缩短测试结果的周转时间，在自动化平台或自动化系统上。这些均属于优先事项。
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Q4：就血清学而言，目前疫苗接种正在实施，FDA对注射疫苗的个人的血清学测试有什么看法？
A：疫苗是由生物制品评估和研究中心 (CBER) 审查的，需要将问题递交该中心给予答复。据已知数据，血清学可以以各种方式进行预测，这对审查与疫苗有关的任何提交材料都很重要。在授权临床医生使用的各种血清学测试中都没有禁止对其进行评估。必须谨慎的是，目前FDA没有授权任何血清学试验用于任何目的，无论确定是否需要疫苗，还是确定疫苗已经生效或者已经具备相应的免疫力。也没有授权对免疫申请进行血清学测试。FDA已批准半定量血清学试验和中和抗体血清学试剂。
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Q5：接种疫苗的人血清学测试将如何进行，是否会出现假阳性？如果有人接种了疫苗，是否能分辨出已经产生出了抗体？
A：目前没有授权这类试剂。研发疫苗抗体可能与研发实际新冠感染抗体非常相似，是一项非常重要的试验，需要特定的要求，FDA会考虑设计但仍需要多方考量。
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Q6：关于质控的使用，FDA对抗原测试的内标有何建议？
A：有内标可以评估样本的质量，但这不是EUA授权的要求。关于此类内标的唯一要求或建议迄今为止是家庭采集样本，我们不清楚患者是否自己采集了足够好的样本，用于没有内标对照的分析。FDA已经更新了一些带有内标项目的授权，在家庭测试中评估性能，查看了数千个数据，并且在某些情况下不再对内标进行要求。但对于现在新的研发机构与新的家庭采集，我们希望看到这些数据。
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Q7：您是否能评论一下对于快速抗原检测可接受的富集策略，特别是筛查每个来COVID检测中心的人是否存在新冠病毒感染的症状是可以接受的富集策略？
我们在找阳性病例，他们有的有症状，有的没有症状。为了尝试获得症状阳性而不是无症状的声明，我们想筛选在过去8天内出现症状或在8天前开始出现症状的人。
A：我认为这不是一个特别好的研究设计。由于目前阳性率很高，只要看到有症状的病人，就可以得到至少30个阳性结果。在无症状检测方面我们有极大的灵活性，要做好抗原检测，应该是一个连续检测的群体，将给抗原检测提供最好的机会，在最初5-7天的病毒隐匿中展示其优异的表现。如果您要继续跟进的话，需提交一份Pre-EUA的申请进行评审，但并不推荐这么做。
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Q8：CDC已经同意针对现有获EUA授权的检测展开一些关于新冠病毒英国突变株的测试。这对于正在开发抗原检测的研发人员来说也适用吗？
A：我认为恰当的时机可能是在已经锁定分析之后。因为最终在BEI库中可能存在英国阳性变异的活病毒和/或经辐照或血红素激活的病毒，您还可以自行构造伪病毒进行评估。但是我认为不一定要在开发的初期就让CDC过载工作。
我们希望所有抗原检测都不会受到影响，这很重要。我认为通过我们进行的首次测试，可能会得到一个不错的方向。通常抗原检测会将N基因作为目标，在某些方面，这可能比 spec 蛋白保守得多。
但是一旦您将其锁定并准备提交，我就会开始着手检查其进展状态。因为此时此刻，如果能够即时了解并反应评估针对英国变异株的检测的试剂，这将对我们FDA而言也有很大帮助。我们希望和您一起关注产品的开发过程。
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Q9：如果我们获得了进行临床验证研究设计的许可，这是否也适用于510（k）？
A：当第一个De Novo在分子或任何其他相关的分类中被审批批准后，后续的每个检测试剂都将提交510(k)。对于那些想要了解其转化要求的开发人员，我们正在起草一份指导文件，但在初版的草案中或许不能全面介绍关于所有EUA产品的具体细节。
因此我们要求团队起草一些可以与开发人员共享的信息。首先，在呼吸道传染性抗原血清学和/或分子检测中，新冠与其他传染病中的标准抗原有所不同。所以我们的反馈将集中在新冠和我们的应对措施的不同之处上。我们敦促您查看我们最近针对De Novos和510(k)做出的决策摘要，其中包括针对呼吸道病毒测试相关特殊控制的所有常见问题。
我认为不需要急于转换EUA 为510(k)。因为现在我们还有很多EUA申请要处理，并且每周都有很多新的申请。所以我们现在的重点仍将主要放在EUA的授权上。即使这终将迎来结束的时候，我们正在起草的指南也将提供一个非常合理的过渡时间，所以我们认为在转换过渡时不会发生不合理的事情出现。
但是我非常明白我们将会要求很多的转化，所以对于所有研发人员而言，开始考虑这些转换是明智的。如果在重要的过渡点进行转换对您而言很重要，那么可以在目前新冠流行时收集样本，以进行转化研究，进而为转换EUA 为510(k)做准备。
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Q10：您是否有迹象或信息表明CDC引物可能会受到正在传播的突变的影响？
A：是的。一旦我们确定了无论是对分子，抗原或血清学检测的潜在影响，我们将尽快将该信息公开化。用于CDC分析的引物和探针序列已经公开发表，大家可以查看并了解突变以及它们如何影响这些引物和探针的。
原文来源
FDA Virtual Town Hall Series – Immediately in Effect Guidance on Coronavirus (COVID-19) Diagnostic Tests
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展会动态
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