结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.50(2.13~2.19)
上周发布了哪些“结构”文章？又取得了哪些科研进展？
结构速递栏目以每周“结构”相关领域刊文为主题，梳理一周结构发文大事记，“结构速递”为您传递最新、最快、最权威的结构资讯。
2023.2.13~2023.2.19
CNS刊登文章
01
Nature
2023/2/15
“Structure and thiazide inhibition mechanism of the human Na–Cl cotransporter”
位于肾脏远曲小管的人源钠氯协同转运蛋白（NCC）可以通过重吸收钠和氯来精细调控离子和酸碱平衡，对肾脏生理学至关重要。NCC突变可导致Gitelman综合症，且作为盐调控的关键参与者，NCC 可以调节血压，并且是噻嗪类利尿剂的靶标，噻嗪类利尿剂已被广泛用作治疗高血压的一线药物 60 多年，但其背后具体的分子机制仍不清楚。
来自美国斯坦福大学的冯亮课题组利用冷冻电镜解析了人的NCC 的inward结构，以及与常用的降压药聚噻嗪（polythiazide）复合的outward结构。这些结构与功能研究一起揭示了 NCC 的主要构象状态和有趣的调节机制， 他们发现聚噻嗪可阻碍NCC从outward构象转变为inward构象，从而抑制其转运过程。此外，由于聚噻嗪与氯结合位点具有重叠性，聚噻嗪也会直接阻断氯结合。总之，聚噻嗪通过与底物结合竞争和阻碍构象状态转换来抑制NCC功能。研究结果为理解 NCC 的 Na-Cl 共转运机制提供了重要的见解，并为未来的药物设计和解释疾病相关突变建立了框架。
原文链接
https://www.nature.com/articles/s41586-023-05718-0
02
Science
2023/2/16
“Menin “reads” H3K79me2 mark in a nucleosomal context”
组蛋白H3赖氨酸79（H3K79）的甲基化是发育、细胞分化和疾病过程中基因调控的表观遗传标记。然而，由于缺乏对其效应蛋白“阅读器”的了解，这一组蛋白标记是如何转化为下游效应的仍不清楚。
来自香港大学化学系李祥课题组与生物科学学院翟元樑博士、生物医学学院黃永瀚博士、鲍秀丛博士合作开发了一种基于核小体的光亲和性探针，用来捕获在核小体环境下识别H3K79二甲基化（H3K79me2）的蛋白质。结合定量蛋白质组学方法，该探针将menin鉴定为H3K79me2“阅读器”。与H3K79me2核小体结合的menin的冷冻电镜结构显示，menin利用其Fingers和Palm结构域与核小体结合，并通过π-阳离子相互作用识别甲基化标记。在细胞中，menin选择性地与染色质上的H3K79me2互作，特别是在基因体中。作者推测，menin与H3K79me2修饰在增强子上的作用可能是一种新的基因转录调控通路，而揭示这一基因调控通路的更多细节将对白血病等疾病的治疗具有重要意义。
原文链接
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adc9318
03
Cell
2023/2/16
“Structures of LRP2 reveal a molecular machine for endocytosis”
低密度脂蛋白 (LDL) 受体相关蛋白 2（LRP2 或巨蛋白）是系统发育过程中保守的巨型 LDL 受体相关蛋白亚家族的代表，它在内吞作用中起作用，并与肾脏和大脑疾病有关。
来自哥伦比亚大学的Lawrence Shapiro，Jonathan Barasch和Anthony W.P. Fitzpatrick课题组合作分别解析了从小鼠肾脏中分离的 LRP2 在细胞外和在胞内体 pH 值下的高分辨率冷冻电镜结构。这些结构表明 LRP2 作为一种“分子机器”，能够在细胞膜表面结合配体并在胞内体中与配体分开。结构显示LRP2 形成了同型二聚体，其构象转化受同型二聚体和原聚体内界面上的 pH 敏感位点控制。人LRP2 的有害错义突变系列可能会影响同型二聚体的组装。这些基于结构的观察结果为进一步了解 LDL 受体的功能和机制奠定了基础，同时将同二聚化确定为LRP受体亚家族的一个保守特征。
原文链接
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)00046-6
2023.2.13~2023.2.19
子刊刊登文章
01
Cell Research
2.13
1.“Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport”
2.17
2.“Mechanism of activation and biased signaling in complement receptor C5aR1”
02
Molecular Cell
2.16
1.“Structural snapshots of R-loop formation by a type I-C CRISPR Cascade”
2.16
2.“E3 ligase autoinhibition by C-degron mimicry maintains C-degron substrate fidelity”
03
Nature Structural & Molecular Biology
2.13
1.“Structure and dynamics of the essential endogenous mycobacterial polyketide synthase Pks13”
2.13
2.“Essential protein P116 extracts cholesterol and other indispensable lipids for Mycoplasmas”
04
Nature Communications
2.13
1.“Illumination of a progressive allosteric mechanism mediating the glycine receptor activation”
2.15
2.“Rhodobacter capsulatus forms a compact crescent-shaped LH1–RC photocomplex”
2.15
3.“Bacterial origins of thymidylate metabolism in Asgard archaea and Eukarya”
2.16
4.“Structure of the planar cell polarity cadherins Fat4 and Dachsous1”
2.16
5.“Structural basis for membrane attack complex inhibition by CD59”
2.17
6.“Structural basis for clearing of ribosome collisions by the RQT complex”
2.17
7.“Cryo-EM captures early ribosome assembly in action”
2.17
8.“Mechanisms of the RNA helicases DDX42 and DDX46 in human U2 snRNP assembly”
2.17
9.“Watching the release of a photopharmacological drug from tubulin using time-resolved serial crystallography”
2.17
10.“Lipopolysaccharide biosynthesis and traffic in the envelope of the pathogen Brucella abortus”
2.17
11.“Antibiotic thermorubin tethers ribosomal subunits and impedes A-site interactions to perturb protein synthesis in bacteria”
2.17
12. “Structure of a monomeric photosystem I core associated with iron-stress-induced-A proteins from Anabaena sp. PCC 7120”
2.17
13. “Native structure of mosquito salivary protein uncovers domains relevant to pathogen transmission”
05
Science Advances
2.15
“Structural basis for ATG9A recruitment to the ULK1 complex in mitophagy initiation”
作者 | 谭佳鑫
审稿 | 肖媛
责编 | 囡囡
设计、排版 | 可洲
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