NTRK写入2019非小细胞肺癌NCCN V.3指南丨NGS检测方法或是最优！
2019年1月18日，美国国家综合癌症网络（NCCN）发布了非小细胞肺癌指南2019年第3版。在 NSCLC NCCN 2019.V3 版本发布之前，肺癌靶向用药相关基因推荐的有 8个，但从2019年开始，肺癌靶向用药相关基因再也不是8个了，而是9个了！多的这个基因就是大家所熟悉的“广谱靶向药”/“泛癌种靶向药”的靶点基因：NTRK基因！
在 NSCLC NCCN 2019.V3 版本发布之前，根据《非小细胞肺癌 NCCN 指南 2019.V2版》（以前版本）及CSCO《原发性肺癌诊疗指南2018版》，我们不难发现：肺癌靶向用药相关的基因，主要有8个基因，分别是EGFR、KRAS、HER2、ALK、ROS1、MET、BRAF 和 RET这 8 个基因。
▲ NCCN指南推荐的肺癌靶向药相关8基因
▲ CSCO原发性肺癌诊疗指南2018版推荐的肺癌8基因
2019年1月18日，NCCN发布了非小细胞肺癌指南2019年第3版之后，肺癌靶向用药相关基因从8个变成了9个，新增了NTRK基因融合。
2019年第3版NSCLC的NCCN指南更新，拉罗替尼（Larotrectinib）被推荐作为 NTRK 基因融合阳性转移性 NSCLC 患者的一线治疗选择！
NTRK（NeuroTrophin Receptor Kinase）是神经营养因子受体络氨酸激酶。原肌球蛋白受体激酶（TRK）家族包括 TRKA、TRKB 和 TRKC 三种蛋白，它们分别由 NTRK1、NTRK2 和 NTRK3 基因编码，这些蛋白通常在神经组织中表达 。
3个TRKs蛋白很少在神经组织外表达，但是3个基因融合导致的3个TRK受体结构激活被认为是实体肿瘤（包括肺癌、唾液腺癌、甲状腺癌和肉瘤）的致癌因素（致癌基因）。据估计，有 0.2% 的 NSCLC 患者存在 NTRK 融合，通常不与其它致癌驱动因子（如 EGFR、ALK或ROS1）同时存在。
▲ NTRK基因融合介绍
拉罗替尼（Larotrectinib）是一款不分年龄和癌种类型针对NTRK融合的广谱TRK抑制剂，主要抑制酪氨酸激酶的活性！TRK家族蛋白是酪氨酸激酶，如果能抑制激酶活性，就能抑制癌症生长。此次更新主要参考《新英格兰医学杂志》的一篇研究结果：一项对 NTRK 基因融合阳性患者（55例）的研究显示：拉罗替尼（larotrectinib）的总体应答率为75% （95% CI, 61% -85%）（PMID：29466156）。
▲ NTRK基因融合抑制剂拉罗替尼介绍
说到融合，大家都不陌生。
融合基因（Gene fusion），是指将两个或多个基因的编码区首尾相连，置于同一套调控序列（包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等）控制之下，构成的嵌合基因。
NTRK基因的融合促进了肿瘤的形成，NTRK基因融合将导致NTRK基因家族成员（NTRK1、NTRK2、NTRK3）与另一个不相关的基因融合在一起。TRK融合蛋白将处于持续活跃状态，引发永久性的信号级联反应，驱动TRK融合肿瘤的扩散和生长。
▲ NTRK基因融合方式：NTRK基因的3'部分发生了包含催化酪氨酸激酶域、与相关基因5'部分的内框融合，驱动基因表达，促进蛋白二聚体化等变化，这与ALK和ROS1基因融合的致癌原理类似。
一、TRK融合有哪些融合类型？各占比多少？
TRK融合包括TRKA （NTRK1）（约占45%）、TRKB （NTRK2）（约占2%）和TRKC（NTRK3）（约占53%）。
NTRK1/2/3基因目前共发现有14个独特的上游融合 partner 基因：
▲ NTRK的14个 partner 基因
二、肺癌中常见的NTRK融合是哪个？
肺癌常见的是 TPR-NTRK1融合。耐药突变可能是：NTRK1 G595R 和 NTRK1 G667S突变。
▲ 肺癌的NTRK融合和耐药基因（位点）
三、肺癌患者中NTRK融合人群有多少？
NSCLC 的患者中有 0.2% 存在 NTRK 融合，通常不与其它致癌驱动因子（如 EGFR、ALK或ROS1）同时存在。
四、该使用什么方法进行NTRK基因融合检测呢？
目前，有多种方法可用于检测NTRK基因融合，包括FISH、IHC、NGS和PCR检测。
NCCN指南更新参考的《新英格兰医学杂志》对 NTRK 基因融合阳性患者（55例）的研究中（PMID：29466156），对NTRK基因融合的检测，使用的方法就是NGS（50例）和FISH（5例）。
NGS方法：50例NTRK融合阳性使用的是大小不一的NGS panel进行检测的，并且所检测的实验室都是经过 CLIA 认证的。比如，其中有Foundation Medicine (Cambridge, MA, USA)、Memorial Sloan Kettering Cancer Center (New York, NY, USA) 和 University of Washington(Seattle, WA,USA)。
▲ NTRK融合检测的NGS推荐产品
2018年初，LOXO公司已与Illumina合作，欲将其TruSight Tumor 170 panel（TST 170）作为拉罗替尼NTRK融合的伴随诊断产品：
▲ TST 170 panel检测的流程
FISH方法：5例用FISH探针检测出来NTRK融合阳性的，其中部分用ETV6断裂探针所代替（ETV6有商业化探针，但是NTRK3并没有商业化探针），其他NTRK1和NTRK2也没有商业化的探针。
IHC方法：临床试验中也用Pan-TRK免疫组化来检测TRKA、TRKB和TRKC的c-末端区，用的是Abcam公司的兔单抗（克隆号EPR17341），在Leica Bond III机器上完成，抗原修复用的是BOND Epitope Retrieval Solution 2。IHC仍处于临床研究阶段，没有商业上可用的诊断试剂盒。（2017年底，LOXO公司与罗氏旗下的Ventana公司合作开发一种 pan-TRK免疫组化检测产品，用以识别NTRK基因融合的肿瘤类型患者）
由于FISH和IHC目前并没有商业化的试剂盒产品，且检测的样本类型必须为FFPET样本，所以在临床的检测上有很大的不确定性和局限性。为什么？因为NTRK基因融合的检测可以用组织样本，也可以用血液样本啊！
比如官方公布的检测数据中，组织检测NTRK融合使用的panel有Foundation Medicine公司的F1CDx panel 和 MSK的IMPACT平台；血液检测NTRK融合使用的是Guardant Health公司73基因panel，检测ctDNA。
考虑到二代测序在这方面的优势，所以小编推荐对于NTRK融合检测首选NGS方法。
五、NGS方法检测NTRK融合还有什么优势？
值得注意的是，NTRK的融合虽与拉罗替尼疗效有关，但是不容忽视的一点就是，拉罗替尼的耐药机制已有研究，涉及到多个氨基酸位点的突变，这些突变的位点就只能用NGS方法来检测了。
所以我们在检测NTRK融合的时候，还需要检测其耐药的位点，比如：TRKA出现G595R突变，TRKB出现 G639R 突变或者TRKC出现G623R突变等。针对其耐药位点的第二代TRK靶向药物LOXO-195已经出炉，专门来对抗耐药的新突变。
▲ TRKA/B/C蛋白的部分热点突变（PMID：30333516）
NTRK3 G623R 突变及其旁系同源 NTRK1 G595R突变被称为“溶剂前沿”（solvent front）突变，因其会改变激酶结构域核苷结合环中亲水性溶剂暴露的部分，从空间上干扰与拉罗替尼的结合，降低其对肿瘤的抑制作用，所以这时候拉罗替尼就会出现耐药的情况。这时候使用第二代TRK靶向药物LOXO-195就会比较有效。
▲LOXO-195针对NTRK1 G595R突变有效
综合，如果条件允许的情况下，小编还是建议用NGS方法来检测NTRK，不仅能检测NTRK的各种融合情况，还能检测TRK抑制剂拉罗替尼的耐药情况，一举两得。如果没有组织，想用血液做的话，那就只能用NGS方法来做了。
2018年11月27日（美国时间26日），FDA加速批准 Bayer 和Loxo Oncology 共同开发的泛癌种靶向药 Vitrakvi（larotrectinib，拉罗替尼）上市，用于治疗携带 NTRK 基因融合的局部晚期或转移性实体瘤的成人和儿童患者。
2019年1月14日，拉罗替尼在中国申报临床试验（IND），并获得受理。相信在未来的不久，拉罗替尼将会在国内上市，给那些有NTRK融合的患者带来一线希望。
▲拉罗替尼申请IND
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