病毒变异致核酸检测失效？！肛拭子是不是无用功？

导语：疫苗蹲，疫苗蹲，疫苗蹲完核酸试剂盒蹲。

图片来源于网络

1月8日，美国食品和药物管理局（FDA）发出警告，表示新冠变异病毒可能会对目前授权的核酸检测试剂盒产生影响，造成假阴性结果。

https://www.fda.gov/medical-devices/letters-health-care-providers/genetic-variants-sars-cov-2-may-lead-false-negative-results-molecular-tests-detection-sars-cov-2

伴随我国多点疫情爆出，这一影响愈发值得重视。上个月，我国先是大连、沈阳等地区发现"超级传播者"，北京顺义区接着传来"聚集性疫情"的通告。接踵而来的是，山东、河北、吉林连拉警报，并且有地区通报出现与英国变异毒株B.1.1.7及俄罗斯毒株B.1.1.123高度同源的感染患者。

全国新增确诊新冠病例，百度疫情实时大数据报告（截至：2.3）

多地有关疫情的新闻报道都曾指出，很多确诊病例曾多次核酸检测结果为阴性。1月14日，石家庄新增的84例新冠肺炎确诊病例中就有56例核酸检测曾为阴性，而后又转为阳性的病例。而今年1月初，在大连新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上，有相关负责人介绍，有病例在11次核酸检测后才检出阳性。

此前梅斯曾报道，新冠核酸检测假阴性率可达20％（新冠核酸检测假阴性率达20％，获“通行证”者不要放松警惕），因为在实际操作中，患者病毒载量存在差异、试剂盒灵敏度不足、工作人员操作规范欠缺等因素都会影响到核酸检测结果，而病毒变异导致的核酸检测失效同样会参与其中。

目前的新冠病毒核酸检测试剂盒，多数采用荧光定量PCR方法。检测原理是以病毒独特的基因序列为检测靶标，通过PCR扩增，使我们的选择这段靶标DNA序列指数级增加，每一个扩增出来的DNA序列，都可与我们预先加入的一段荧光标记探针结合，产生荧光信号，扩增出来的靶基因越多，累计的荧光信号就越强。所以，核酸检测，其实就是通过检测荧光信号的累积来确定样本中是否有病毒核酸。

新冠病毒PCR检测流程图，美国微生物学会

当病毒发生变异时，如果变异恰恰发生在与检测试剂引物或探针结合的区域，那么检测就可能会失效。

前述FDA的报告便显示，新冠病毒突变可能会影响目前获批的3种试剂盒检测结果：

• lMesaBiotech Accula检测试剂盒。根据其制造商Mesa Biotech Inc.提供的信息以及FDA的分析，当病毒基因变异位于28881位置（GGG→AAC，如俄国B.1.1.123毒株）时，Accula试剂盒的性能可能会受到影响。

• lTaqPath组合试剂盒。制造商为Thermo Fisher Scientific，Inc.。来自临床实验室的多份报告表明，该试剂盒作用的三个靶点之一会受某些突变影响，包括英国B.1.1.7变体，导致灵敏度显著降低。

• lLinea检测试剂盒。制造商为Applied DNA Sciences, Inc.。FDA指出，该试剂盒作用的两个靶点中，有一个靶点受某些突变影响，同样包括B.1.1.7变体。

考虑到近期国内出现的英国B.1.1.7和俄国B.1.1.123变体，上述这些结果为核酸检测假阴性率过高提供了合理解释。

我们都知道，国内近日针对假阴性频发现象采取了肛拭子检测措施，引发全国热议，那么在变异病毒面前，这是否属于“无用功”？

鉴于核酸检测试剂盒是为检测多个基因靶点而设计的，因此面对不同的变体时，其整体检测灵敏度受到什么程度的影响尚需探讨。但我们需要警惕这一结果的出现。而当试剂盒仍旧对变异病毒有效时，采取肛拭子检测可以为避免漏诊“拉上双保险”。

早在2020年4月21日，来自浙江大学附属第一医院的研究团队便在《英国医学杂志》（BMJ）上发表了题为“Viral load dynamics and disease severity in patients infected with SARS-CoV-2 in Zhejiang province, China, January-March 2020: retrospective cohort study”的文章，指出粪便中病毒的持续时间比在呼吸道和血清样本中的都要长得多，且粪便中病毒载量峰值出现得更晚。

研究者通过对比新冠患者体内不同组织样本的病毒存在时间、载量后发现，确诊患者粪便中病毒的持续时间（22天，四分位数范围为17-31天）显著长于呼吸系统（18天，13-29天；P=0.02）和血清样本（16天，11-21天；P<0.001）。且轻度疾病患者和重度疾病患者的粪便和血清样品中的病毒载量无显着差异。

按样品类型和疾病严重程度比较病毒载量。彩色条表示中位数，黑色条表示四分位间距，https://doi.org/10.1136/bmj.m1443 

另外研究还发现，确诊患者呼吸道样本中病毒的检出率从症状发作第一周的95％逐渐降低到第四周的54％，随后的呼吸道样本呈阴性；而粪便和血清样本的阳性率却从第一周开始逐渐增加，随后从第三周才开始减少。

轻度和重度症状患者的呼吸道样本和粪便样本中症状发作以来的病毒载量变化

https://doi.org/10.1136/bmj.m1443 

这一研究结果凸显了采用粪便样本预防和控制新冠的重要性，也为如今采用的肛拭子检测提供了有力依据。

事实上，西班牙消化病理学会曾在2020年3月18日针对大流行期间胃肠内镜和胃肠病学单位的运作提出的一般建议时提出“通过粪便清除病毒的时间可能比在呼吸道分泌物中发现病毒的时间更长”的猜测。

DOI: 10.17235/reed.2020.7052/2020

随着今年初中国采用肛拭子检测后，西班牙《ABC》新闻网也在最新的报道中表示：肛拭子是一种有效的检测方法，将对防止新冠病毒的扩散有明显帮助。

除了病毒变异，目前我国无症状感染者比例正在增加，这也为核酸检测带来了更大挑战。2月2日，《美国医学会杂志》（JAMA）发布的一项来自中国疾控中心高福、吴尊友教授团队的研究成果显示，从去年4月到10月中旬，入境中国的核酸检测阳性患者中有一半是无症状患者——19398384名入境人员中有3103例新冠阳性患者，其中51.9%（1612人）的阳性患者在隔离到第13天时仍无症状。而且随着时间推移，无症状患者的比例越来越高。

2020年4月16日-10月12日入境中国人员新冠无症状感染者比例越来越高

Asymptomatic SARS-CoV-2 Infections Among Persons Entering China From April 16 to October 12, 2020.doi:10.1001/jama.2020.23942.

所以，无论带来挑战的因素是病毒变异还是无症状患者的增加，不准确的诊断测试注定会破坏遏制新冠疫情的努力。因此我们需要对测试的准确性进行审查，以便更好地解释测试结果及其在流行病中的影响。而对于普通大众来说，采取“在核酸检测前两小时不应进食，采样前半小时尽量不要抽烟、喝酒、嚼口香糖”等措施，也可以为提高检测成功率带来积极影响。

来源：梅斯医学综合报道

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