R分享｜一些可能会用到的R包

更新于2021年1月25号

gtable

生信菜鸟团 公众号分享的文章 R包：gtable包用于处理ggplot2图像

ggrgl

画三维图 在 微生物生信 看到的推文 ggrgl：用ggplot做3D图表

rayshader

公众号有人留言说这个包做ppt很好用，我查了一下，大体看了一眼帮助文档，好像和ppt没啥关系，是用来做3d图的，帮助文档 https://www.rayshader.com/

calendR

做日历的R包，在公众号 庄闪闪的成长手册 看到

gggibbous

在微生信生物公众号看到的推文 gggibbous 让ggplot点变成月有阴晴圆缺。更有诗情画意。主要功能是画月牙状的点图

ggClusterNet

微生信生物 公众号 号主开发的包 可视化网络

cola

做一致性聚类（consensus clustering）的R包。公众号 方圆之处。号主是circlize 和ComplexHeatmapR包的作者，绝对的大佬级别了。cola是其新开发的一个包

esquisse

R语言里通过拖拽画图，不写代码，具体的介绍内容可以参考 庄闪闪的成长手册 公众号推文 esquisse包~不写代码生成ggplot图

ggtech

公众号 R语言统计与绘图 的推文 ggplot2图形配色包，提取知名科技公司的主题配色

forestmodel

公众号 R语言统计与绘图 的推文 可视化回归模型的结果

broom

Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles 将分析的结果整理成表格输出

rPlotter

非常方便的在图片中抽提颜色

devEMF

Rstudio不能够直接输出emf格式图片，借助devEMF包可以实现

简单用法

library(devEMF)
emf("bar.emf")
plot(1,1)
dev.off()

或者借助savePlot()函数在原生的Rgui中运行

library(ggplot2)
ggplot()+geom_point(aes(x=1,y=1))
savePlot(filename="practice",type="emf")#文件名不用添加后缀

SRAdb

在生信技能树论坛闲逛的时候发现有人分享的文章，自己记录下来，可能会用到；这个包用来下载测序的原始数据文件，之前自己都是用Aspera来下载，速度很快，不知道这个R包的下载速度如何，有机会尝试一下；使用bioconductor安装，使用方法可以参考帮助文档

diagram

visualising simple graphs, flowcharts, and webs

GDCRNATools

看到简书作者 土豆学生信 分享的文章 TCGA工具-GDCRNATools学习笔记 。记录的原因是看到文章里非常漂亮的热图，可能会用的到。

export 包

Y叔公众号biobabble分享的文章《我不会用illustrator，只会用PPT》，主要功能是可以将R生成的图片导出为ppt, word, excel等格式

ballr

可以抓取NBA的数据

pacMethods

A collection of PCA methods http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pcaMethods.html

ggbiplot

https://github.com/vqv/ggbiplot 展示PCA分析结果，出图非常漂亮 https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78863454 详细介绍

skimr

skim()函数简单理解是summary()函数升级版

ggstatsplot

Y叔公众号 biobabble 分享的文章《一条指令把统计+画图都给做了？似乎太美好！》推荐 ggstatsplot，吐槽 ggpubr

vcfR

vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and quality filter data in VCF files. https://knausb.github.io/vcfR_documentation/ 帮助文档

haplotypes

单倍型网络 Manipulating DNA Sequences and Estimating Unambiguous Haplotype Network with Statistical Parsimony (啥是单倍型还是不知道呀！)

pegas

Population and Evolutionary Genetics Analysis System (有人说可以做单倍型网络)

easyPubMed

Search and Retrieve Scientific Publication Records from PubMed 生信技能树微信公众号推送文章介绍详细使用方法，可以通过指定关键词检索论文

learnPopGen

learnPopGen is intended for teaching and learning important concepts in population genetics, evolutionary biology, quantitative genetics, statistics, and evolutionary theory.

PopGenome

群体基因组学分析可能会用到

eoffice

Export or Graph and Tables to 'Microsoft' Office and Import Figures and Tables 整个包好像有一个函数可以抽取pdf文件的配色，比如某篇论文的图片配色非常喜欢，可以直接提取并且用到自己想画的图中——infigure

ggridges

Geoms to make ridgeline plots with ggplot2 山脊图 介绍https://cran.r-project.org/web/packages/ggridges/vignettes/introduction.html

rentrez

allowing users to gather and combine data from multiple NCBI databases in the comfort of an R session or script.

VennDetail

用来画韦恩图的包，但是自己的R版本是3.4.2，暂时还不能够安装 重新试了一下，使用函数install_github()可以安装

R-cmplot

https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 用来画曼哈顿图的R包

ggplotify

Y叔出品，将图转换成ggplot对象，然后使用cowplot()函数画图

eulerr

画韦恩图，好像各部分是按比例来的

ggtext

Y叔公众号biobabble推荐，cowplot作者的新包，支持使用markdown/html语法画文本

factoextra

主成分分析结果可视化包，结果图片非常好看。教程http://www.sthda.com/english/articles/31-principal-component-methods-in-r-practical-guide/112-pca-principal-component-analysis-essentials/ 聚类树图也可以很好看https://www.cnblogs.com/payton/p/6418755.html

GOplot

可视化GO注释结果

image.png

chorddiag

弦图 devtools::install_github("mattflor/chorddiag")

image.png

ggmsa

可视化多序列比对结果，暂时还没搞懂怎么用

ggVennDiagram

韦恩图

image.png

ggchicklet

圆角柱形图 Sometimes it is useful to stylize column charts a bit more than just bland rectangles. Methods are provided to create rounded rectangle segmented column charts  chicklet查了一下，只找到了少妇，小姑娘的意思，为什么会用这个名字呢？下面是帮助文档里的例子

image.png

hrbrthemes

为ggplot2补充一些主题，好像主要是字体方面的，帮助文档中的一个例子

image.png

FactoMineR

多变量探索性数据分析

rMVP

全基因组学关联分析 github主页https://github.com/xiaolei-lab/rMVP

image.png

image.png

adegenet

教程地址 https://github.com/thibautjombart/adegenet/wiki/Tutorials

baidumap

devtools::install_github('badbye/baidumap') library(baidumap) options(baidumap.key = '百度地图API') getCoordinate("江苏省南京市",formatted=T) longtitude   latitude 118.80242   32.06465 查询城市经纬度

hchinamap

画地图

install.packages("hchinamap")
help(package="hchinamap")
dir<-tempdir()
download.file('https://czxb.github.io/br/chinadf.rda', file.path(dir, 'chinadf.rda'))
load(file.path(dir,'chinadf.rda'),verbose=T)
chinadf[1:20,]
table(chinadf$name)
library(dplyr)
library(hchinamap)
china<-chinadf%>%
  dplyr::filter(region=="China")
china
hchinamap(name=china$name,value=china$value)

image.png

ggcor

相关性可视化

https://github.com/houyunhuang/ggcor

image.png

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