肿瘤内异质性分析—TARGET-seq
呐，等你关注都等出蜘蛛网了~
当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。
文献速递栏目通过简短介绍，扩充知识面，每天关注，希望你也能有所收获！
摘 · 要
单细胞RNA测序（scRNA-seq）已成为解决转录异质性的有力工具。然而，由于缺乏对绝大多数细胞的关键突变热点的覆盖，它在研究癌组织中的应用目前受到阻碍;这种缺乏覆盖率的现象阻碍了来自同一细胞的基因和转录读数之间的相关性。为了克服这个问题，我们开发了TARGET-seq，这是一种从基因组和编码DNA中检测单个细胞内多重突变的高灵敏度方法，同时进行无偏全转录组分析。将TARGET-seq应用于4,559个单细胞，我们展示了该技术如何独特地解决骨髓增生性肿瘤（MPN）干细胞和祖细胞中的转录和遗传肿瘤异质性，为突变和非突变细胞的失调途径提供了见解。 TARGET-seq是解析癌细胞遗传上不同亚克隆的分子特征的有力工具。
测序数据介绍
工具：TARGET-Seq
测序对象：4559个人类单细胞，其中包括8例骨髓增生性肿瘤(MPN)患者的原代人类造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及2例正常样本细胞的转录本数据。
测序数据：GEO：GSE105454
技术突破
TARGET-Seq从单个细胞产生无偏倚的转录组读数（通过两个细胞系和对照组的评比，检测到基因数量无显著差异），测序质量控制验证本文方法对比于SMART-seq在细胞数量、转录本覆盖率、基因表达相关性等方面具有较高的优越性。
用TARGET-Seq对单细胞进行无偏全长转录组分析，发现MPN患者的干细胞室在基因和转录上是不均匀的。
TARGET-Seq揭示MPN患者干细胞区的遗传和转录异质性
TARGET-Seq揭示与单个HSPC中体细胞突变的存在或不存在相关的不同转录特征
高通量TARGET-Seq鉴定JAK2-V617F突变体骨髓纤维化的HSPCs中遗传亚克隆的分子特征
TARGET-Seq解决了单个骨髓纤维化患者中HSPCs的遗传和转录异质性
总结
TARGET-seq是解决遗传和转录瘤内异质性的有力工具。 TARGET-seq还独特地允许在肿瘤细胞的遗传上不同的亚克隆内鉴定特定的分子特征。这将为scRNA测序的应用铺平道路，用于肿瘤内异质性的确定性分析以及治疗抗性肿瘤亚克隆的鉴定和表征。
往期精彩
如果你对单细胞转录组研究感兴趣，但又不知道如何入门，也许你可以关注一下下面的课程