基于star比对工具的单细胞转录组数据可变剪切流程来啦

前些天我在生信技能树介绍过star-fusion：最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ，然后在另外一个教程：一个好像没有做任何改变的参数 提到了目前大量的单细胞转录组数据出来了，却没有一个文章去探索融合基因，也没有人开发工具，是一个空白市场，大家可以试试看哦。虽然商业化很成功的10X仪器做单细胞其实找融合基因还是有点勉强的，毕竟它并不是转录组全长测序，所以基本上很难获得融合位点融合事件，不过，如果是smart-seq2技术实际上是可以的啊！

我不知道哪个研究团队会率先开发出来融合基因流程，不过今天刷Twitter看到了Nathan Castro-Pacheco is presenting STARsolo-Quant, a method for quantifying isoform expression in scRNA-seq data的新闻，是美国生物学圣地冷泉港的Genome Informatics 会议 November 6 - 9, 2019

• https://meetings.cshl.edu/abstracts.aspx?meet=info&year=19

• Quantifying isoform expression in single-cell RNA-seq data with STARsolo-Quant

• STARsolo—Single cell RNA-seq data analysis beyond gene expression

一个poster，一个talk，还是很受大家关注的：

关于STARsolo

因为star软件是10X仪器做单细胞数据的御用软件，所以它自己也在2.7版本更新了STARsolo模块：

• STARsolo: mapping, demultiplexing and gene quantification for single cell RNA-seq.

可变剪切相比融合基因来说，可行度要高一点，期待大家的试用体验哈！

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