生信工程师的自我修养

To be or not to be，这么着还是那么着，这是莎士比亚的问题呀！等我们开始做单细胞生信分析，To be or not to be，又变成了大家伙儿的问题了，当下最火的技术嘛！

像我这么个好人，可以这么着也可以那么着，这 “To be or not to be”，什么时候儿？它又变成了我自个儿的问题了呢？

咱们这故事啊，得从《僵小鱼的故事》开始说起，她遇见了个顶大的麻烦，在微信群找人帮忙，哎还真有人支招给帮成了，那么这件事和我有什么关系？我是谁呀？我就是讲述僵小鱼的故事，并成为故事一部分的一名普通生信工程师。

在“僵小鱼的故事”开头我们说道：“许多年之后，面对同一个作图需求，僵小鱼将会回想起，在微信群里提出相同问题的那个遥远的上午”。

时间过的并不慢，回想也没有等到很多年之后才来，就在我写完“僵小鱼的故事”第二天，在同一个微信群又有朋友提出了同一类的问题：单细胞marker基因小提琴图横着堆叠在一起的图有没有现成的代码可以实现？

人们给出了和僵小鱼问的问题一样的建议：AI(Adobe Illustrator)；我拿出了前一天刚写好的僵小鱼的故事初版给那位群友看。出人意料的是群里众人的目光投向了我的写作文风以及我的博客^[1]屈指可数的文章数，那位朋友问题的话题就这样被忽略了。

最终那位朋友做了和僵小鱼一样的选择：AI。

虽然我没有帮到他，但是有一点我可以更肯定，僵小鱼看到群里的消息一定会像“僵小鱼的故事”开头写的那样：

许多年之后，面对同一个作图需求，僵小鱼将会回想起，在微信群里提出相同问题的那个遥远的上午

而我则想起了在“僵小鱼的故事”中一个未了的心愿，一个吹过的牛皮：

于是查看了scanpy的源代码，发现是一个叫stacked_violin的函数调用的seaborn.violinplot实现的这个小提琴图，那我就copy一下这个函数，修改一些设置，让它默认出来就是XY转制的小提琴图不就行了。转念又一想还是不浪费时间了。

回头再来看，故事是好故事，解决了：

从seurat^[2]对象到scanpy^[3]对象的转换问题，可以应用scanpy丰富的画图函数对seurat的结果画图

但是scanpy中却没有方法能直接能产出僵小鱼和那位朋友需要的图，而我用图片旋转的解决方法，实现过程不够优雅，最终效果与原图相比也有些差距。

所以“To be or not to be”它变成了我自个儿的问题，我得把这个事弄圆了。

我先从scanpy源码中找到画堆叠小提琴图的函数stacked_violin，然后拷贝出来重构，命名为stacked_violin_t。

最后做成一个python包 命名为scanyuan^[4]，上传到github和PYPI，可以用 pip install scanyuan安装这个包。

下面所谓现成的代码就是：读入数据，并用scanyuan中的stacked_violin_t方法实现文章堆叠小提琴图

import scanpy as sc
import scanyuan as scy

# 此处示例为读取loom文件，也可以是其他scanpy支持的数据格式
adata = sc.read_loom("/Users/yuanzan/Desktop/tmp/sdata.loom", sparse=True, cleanup=False, X_name='spliced', obs_names='CellID', var_names='Gene', dtype='float32')
marker_genes = ['Stfa1', 'Ngp', 'Ccl5', 'Ccl4', 'BC100530', 'Gzma', 'Gata2', 'Cd74']

ax = scy.stacked_violin_t(adata, marker_genes, figsize=[8,4], groupby='ClusterName')

以下两张图是最终成图的效果展示

这篇文章其实早已写就，故事到这里也本该就结束了，但是在僵小鱼的故事文章发出之后，有一位朋友留言说他开发了一个R包MySeuratWrappers^[5]实现了我们这次这介绍的scanyuan同样的功能。

殊途同归，能遇到同道是我们的幸运。我想，乐于分享，利用自己的技能带给自己和别人一点点便利，是每一个生信工程师自我修养的一部分。

References

[1] 我的博客: www.seqyuan.com
[2] seurat: https://satijalab.org/seurat/
[3] scanpy: https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html
[4] scanyuan: https://github.com/seqyuan/scanyuan
[5] MySeuratWrappers: https://github.com/lyc-1995/MySeuratWrappers

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