剑桥大学5天功能基因组培训课程全套资料（含单细胞转录组）

前面我们分享了 《华盛顿大学8天的生物信息学培训全部资料大放送》 类似，超级受欢迎！然后昨天其实在：单细胞前沿进展讲座和技术教程分享哪个更受你喜欢提到了剑桥大学的一个暑期5天小课堂，链接是：https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/cruk-summer-school-2020/ （文末阅读原文直达课程主页！）

内容也是超级的丰富，关键是里面的单细胞知识点诚意满满，符合咱们《单细胞天地》粉丝的需求：

• 09:30 - 17:00; Single Cell RNAseq (cont.) (Stephane & Zeynep)
• scRNA-seq - normalisation Rmd
• scRNA-seq - dimension reduction for visualisation Rmd
• scRNA-seq - detecting confounding factors Rmd
• scRNA-seq - feature selection Rmd
• scRNA-seq - batch correction Rmd
• scRNA-seq - dimensionality reduction for analysis Rmd
• scRNA-seq - clustering Rmd
• scRNA-seq - marker gene identification Rmd
• scRNA-seq - cell cycle assignment Rmd
• scRNA-seq - data set integration - PBMMC Rmd
• scRNA-seq - data set integration - whole Rmd
• scRNA-seq - diff exp between condition Rmd
• scRNA-seq - trajectory analysis - 1 Rmd
• scRNA-seq - trajectory analysis - 2 Rmd
• scRNA-seq - trajectory analysis - 3 Rmd
• scRNA-seq - doublet detection Rmd

我其实都很好奇，他一整天的代码授课，是如何进行的，学员的基础知识参差不齐，很考验授课团队的能力！

因为这个资料存放在GitHub，在中国大陆蛮多地区访问是比较困难的，所以我搬运到了微云哈：

链接是：https://share.weiyun.com/PaLqi2aG

但是，真的是再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：

把R的知识点路线图搞定，如下：

• 了解常量和变量概念
• 加减乘除等运算（计算器）
• 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
• 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
• 文件读取和写出
• 简单统计可视化
• 无限量函数学习

Linux的6个阶段也跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习：

• 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
• 第2阶段：做到文本文件的表格化处理，类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余，查找，切割，替换，合并，补齐，熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。
• 第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！
• 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。
• 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。
• 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。

没有这些基础知识，啥资料啥福利你都享用不了的！！！

实际上我在b站的74小时生信工程师教学视频合辑：

比他们的内容要丰富很多，完整入门生物信息学，起码需要13天，5天是完全不够的！

其它链接：

• https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/
• https://www.cruk.cam.ac.uk/core-facilities/bioinformatics-core/training

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