凌波微课|高颜值Seqlogo图，我也会做！

SeqLogo图绘制实操

SeqLogo可以直观清晰的反应序列偏好特征，每个位置出现的碱基或氨基酸类型反映了该位置序列的偏好性，每个字母的大小与该碱基在该位置上的出现频率成正相关。

例如，来自同型二聚体DNA结合蛋白的CAP家族的螺旋-转-螺旋基序。

图1 大肠杆菌DNA结合蛋白的CAP家族的螺旋-转-螺旋基序。残基1-7形成第一个螺旋，残基8-11转弯，而12-20形成DNA识别螺旋。位置9处的甘氨酸对于形成转弯至关重要。位置4、8、10、15和19被部分或完全掩埋，因此倾向于由黑色的疏水性氨基酸填充。位置11-14、17和20与主要凹槽中的碱基直接相互作用，对蛋白质的序列特异性结合至关重要。

这种高颜值的Seqlogo图放在论文当中，无形中更加出彩。本期凌波微课就来教大家如何通过WebLogo（http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi）在线网站绘制高颜值的SeqLogo，具体操作戳上方SeqLogo图绘制实操视频~

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最后，我们来看看文献当中SeqLogo是如何应用的~

01

肝癌中细胞铁死亡受转录差异调节

Ferroptosis is governed by differential regulation of transcription in liver cancer. Redox Biology, 2019.

Ferroptosis（铁死亡）是代谢紊乱的结果，与肝癌密切相关。但是，肝癌中铁死亡的精细调节的机制尚不清楚。研究确定了两类基因：ferroptosis上调因子（FUF）和ferroptosis下调因子（FDF），其产物通过影响GSH的合成来刺激和抑制铁死亡。临床上，HIC1和HNF4A相反地与肝癌中的肿瘤阶段相关。HIC1较低和HNF4A较高的患者预后较差。破坏HIC1和HNF4A之间的平衡可能有助于治疗肝癌（Redox Biology|肝癌中细胞铁死亡受转录差异调节）。

图2 与铁死亡相关的基因受HIC1和HNF4A调控。启动子分析显示，HIC1和HNF4A与FUF和FDF的启动子结合。预测肝癌中下调或上调的因子。

02

SEPN1的新型突变导致刚性脊柱肌营养不良：1例报告

A novel mutation in SEPN1 causing rigid spine muscular dystrophy 1: a Case report.  BMC Medical Genetics, 2019.

研究对一位肌营养不良患者的DNA进行了全外显子测序（WES），以研究所有编码区并发现SEPN1基因中有一个新的纯合的错义突变（c.1379 C> T，p.Ser460Phe），因此将其分类为未知重要性的变异（VUS）。选取以下物种：智人（Q9NZV5），大猩猩（G3R759），苏门答腊猩猩（H2N8I1），橄榄狒狒（A0A2I3MR13），秦岭金丝猴（A0A2K6RVS9），欧亚野猪（A1E950），Bos susafa（F1MD36），小棕蝠（G1P3X6），奥氏更格卢鼠（A0A1S3GIF9），马（F7BM99），非洲草原象（G5E785）和小家鼠（D3Z2R5）进行了蛋白质序列比对，分析序列保守型。

图3 a. 不同物种之间氨基酸多序列比对的图形表示。它显示SEPN1蛋白的447-465位氨基酸的保守程度。位置460（丝氨酸）表示本研究中的突变残基。它具有中等保守度（2位），并且还表明它被其他两个氨基酸，即其他物种中的甘氨酸和脯氨酸所取代，而不是被苯丙氨酸所取代。b. 跨不同生物界物种的SEPN1的多个蛋白质序列比对。

03

从智利养殖的三种鲑鱼中分离出的传染性胰腺坏死病毒株的分子特征

Molecular characterization of infectious pancreatic necrosis virus strains isolated from the three types of salmonids farmed in Chile. Virology Journal, 2017.

传染性胰腺坏死病毒（IPNV）在智利鲑鱼养殖中造成重大经济损失。为了进行有效的卫生管理，对智利境内的IPNV菌株进行全面研究，表征并在分子水平上进行不断更新。VP2基因的序列分析将10个IPNV分离株分为genogroup 1，将26个IPNV分离株分为genogroup 5。4个genogroup 5分离株出现VP5氨基酸减少现象。

图4 序列标志图，显示了智利IPNV分离株的VP5中Bcl-2同源（BH）结构域的氨基酸序列。在A-D中，智利IPNV分离株中VP5的BH4，BH3，BH1和BH2域的共有序列。序列下方显示的数字表示结构域中的氨基酸位置。

PS：公众号后台回复“seqlogo”，即可获得绘图的示例文件哦~

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