OTU分类注释表或者可以选择输入biom文件，位于凌恩生物扩增子结题报告结果文件夹的01.OTU_Taxa/normalize/otu_taxa_table.biom。

学生信，做分析，就上凌波微课Circos物种关系在线分析实操在先前的内容中，我们简要介绍过circos是一款可视化软件，可以用圆环的形式展示染色体上的相关信息（凌波微课|微课云系列教程之Circos圈图在线分析小工具）。在多种组学数据的展示中广泛应用，可以用于表征大多数类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图等都可以整合到Circos图中。通常在宏基因组和多样性文章中，会使用热图和柱状图展示样本的物种信息，但使用circos图进行展示，不仅可以使审稿人眼前一亮，更使你的文章不落俗套。Circos物种关系图主要适用于微生物群落研究中各样本中物种组成分析，或者是关注的物种在各样本的分布情况，哪些物种丰度可能存在组间/样本间显著差异。一般在圈图右侧展示的是物种信息，左侧展示样本信息，连线反应的是该物种在对应样本中所占比例。图1

学生信，做分析，就上凌波微课ANOVA方差检验在线分析实操之前的课程中我们介绍了非参数检验Wilcoxon秩和检验、KW秩和检验以及T检验在线分析小工具（见文末往期精彩）。本期凌波微课我们来看一下另外一种常用的检验方法，即ANOVA方差分析。单因素方差分析（ANOVA）是用来检验多个平均数之间的差异，从而确定因素对试验结果有无显著性影响的一种统计方法。图1

学生信，做分析，就上凌波微课T检验在线分析实操之前的课程中我们介绍了非参数检验Wilcoxon秩和检验（凌波微课|微课云系列教程之Wilcoxon秩和检验在线分析小工具）和KW秩和检验（凌波微课|微课云系列教程之Kruskal-Wallis秩和检验在线分析小工具）。本期凌波微课我们来看一下与非参数检验不同的T检验。T检验，亦称student

学生信，做分析，就上凌波微课Kruskal-Wallis秩和检验在线分析实操上一期课程我们介绍了Wilcoxon秩和检验（凌波微课|微课云系列教程之Wilcoxon秩和检验在线分析小工具）。秩和检验不对数据分布做出假设，因此能适用于更复杂的数据分布情境中。本期我们来看一下Kruskal-Wallis秩和检验。Kruskal-Wallis也称为H

学生信，做分析，就上凌波微课Wilcoxon秩和检验在线分析实操统计学检验方法多种多样，主要可分为参数检验（T检验、方差检验），非参数检验（Wilcoxon秩和检验、KW秩和检验等）。各类参数检验往往对于数据的分布有一定要求，秩和检验不对数据分布做出假设，因此能适用于更复杂的数据分布情境中。当前常用的秩和检验有两类：wilcoxon秩和检验：适用于两组数据比较；KW秩和检验：适用于多组数据比较。秩和检验的基本思想在于如果一组样本数值大小显著高于其他分组，那么将多组数据混合按数值大小排序后，属于该组数据的秩和（数据的排名之和）显著高于其他分组。本期课程我们首先来看一下Wilcoxon秩和检验。Wilcoxon

学生信，做分析，就上凌波微课Circos圈图在线分析实操Circos是一款染色体相关数据的可视化软件，采用圆环的形式展示染色体上的相关信息，在多种组学数据的展示中广泛应用，可以用于表征大多数类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图等都可以整合到Circos图中，尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据。图1

学生信，做分析，就上凌波微课组间相关性在线分析实操在之前的课程中我们介绍了组内相关性的分析内容（凌波微课|微课云系列教程之组内相关性分析小工具），为了便于多组学数据的联合分析，云平台推出了新的组间相关性分析小工具，主要是对两个矩阵文件每一行之间的相关性进行计算，相关性系数越接近于1表明相似度越高。图1

3D-PCA分析示例图三维PCA分析的应用十分广泛，在微生物、转录组、群体进化研究中都有它的身影，凌波微课云平台提供了在线三维PCA分析工具，具体操作猛戳最上方视频哦~

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学生信，做分析，就上凌波微课微课云频率直方图在线绘图分析实操频率直方图也称频率分布直方图，是统计学中表示频率分布的图形。在直角坐标系中，用横轴表示随机变量的取值，横轴上的每个小区间对应一个组的组距，作为小矩形的底边；纵轴表示频率与组距的比值，并用它作小矩形的高，以这种小矩形构成的一组图称为频率直方图。能帮助迅速了解数据的分布形态，以柱形表示观测数据的个数，是一种简单而有效的可视化方法，可检测数据是否有问题，也可看出数据是否遵从某种已知分布。图1

凌波微课·云平台多样性指数盒形图分析小工具使用步骤1、上传矩阵数据文件多样性指数盒形图需要输入准备好的OTU矩阵数据文件和分组文件，文件格式都必须为txt文件。OTU矩阵文件第一列为OTU

为什么叫小提琴图呢？因为画出的图形酷似小提琴。小提琴图不常见，但在一些高分文章中常出现她优雅的身影。小提琴图用来展示类别变量的值的分布情况，宽的地方数据分布多，如下图。图2

学生信，做分析，就上凌波微课微课云曼哈顿图分析实操曼哈顿图的名字来源是因为其形如纽约曼哈顿区的天际线：高耸在较低高度的“建筑物”上方的摩天大楼的轮廓。曼哈顿图（Manhattan

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学生信，做分析，就上凌波微课微课云绘制箱线图实操箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图，因形状如箱子而得名。在微生物群落分析中，常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布。本期微课云系列教程就带大家学习如果绘制箱线图，小工具的具体使用方法猛戳最上方视频哦~

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基于FAPROTAX数据库的功能注释（DOI:10.1126/science.aaf4507）

学生信，做分析，就上凌波微课Tax4Fun微生物群落功能预测实操16S扩增子数据进行功能预测分析对于群落功能研究非常关键，尽管功能预测并不能替代宏基因组测序，但它们仍在一定程度上为我们提供了独特见解。上一期课程我们介绍了凌波微课·云平台PICRUSt小工具（微课云系列教程之PICRUSt2微生物群落功能在线预测小工具）本期凌波微课我们就来看一下如何通过微课云Tax4Fun小工具进行微生物群落功能预测在线分析。具体操作方法戳上方视频哦~

微生物基因组数据进行功能信息的输出。根据官方文献的报道，升级后数据库中可用于比对分析的基因组数据库扩增至上一版本的10倍以上，客观上提升了功能预测的精度水平。

第一行和第二列分别环境因子和基因名称，后面的数值表示相关性系数以及P值。网络图节点信息矩阵：第一列表示节点名称，第二列到第五列分别表示度（degree）、紧密中心度（Closeness

学生信，做分析，就上凌波微课微课云KEGG富集实操KEGG是了解高级功能和生物系统（如细胞、生物和生态系统），从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源，由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。KEGG包括代谢通路(PATHWAY)、药物（DRUG）、疾病(DISEASE)、基因序列（GENES）及基因组（GENOME）等数据。上节课我们介绍了GO富集小工具（微课云系列教程之GO富集科研绘图小工具），本期凌波微课我们就来看一下如何通过微课云KEGG富集小工具（http://210.22.121.250:35588/CloudPlatform/SoftPage/KEGG）进行KEGG富集在线分析，具体操作方法戳上方视频哦~

基因差异表达分析结果（geneid列输入富集的geneid，logFC列为差异倍数取log2，大于0表示基因上调，小于0表示基因下调）

lists）PS：点击每个分组的颜色色块，可以调整分组的颜色。数据上传后，将在左侧做图框直接展现venn图及对应列的统计柱状图，示例中展示了6组数据的Venn图。图5

学生信，做分析，就上凌波微课微课云绘制RDA/CCA实操RDA分析即冗余分析，是环境因子约束化的PCA分析，可以将样本和环境因子反映在同一个二维排序图上，从图中可以直观地看出样本分布和环境因子间的关系。CCA分析是基于对应分析发展而来的一种排序方法，将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，又称多元直接梯度分析。此分析主要用来反映菌群与环境因子之间关系。RDA是基于线性模型，CCA是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。本期微课云系列教程就带大家学习如果绘制RDA/CCA图，小工具的具体使用方法猛戳最上方视频哦~

学生信，做分析，就上凌波微课微课云绘制柱状图实操柱状堆积图是微生物群落分析中使用频率非常高的“网红”，柱状图是根据分类学（Taxonomy）分析结果，可以得知不同分组（或样本）在各分类水平（如域、界、门、纲、目、科、属、种、OTU等）上的物种组成情况。根据群落柱状图图，可以直观呈现两方面信息：第一，各样本在某一分类学水平上含有哪些优势物种；第二，样本中各优势物种的相对丰度（所占比重）。本期微课云系列教程就带大家学习如何绘制柱状堆积图，小工具的具体使用方法猛戳最上方视频哦~什么是柱状图？柱状图（Histogram）是一种以长方形的长度为变量的表达图形的统计报告图，由一系列高度不等的纵向条纹表示数据分布的情况，用来比较两个或两个以上的价值（不同时间或者不同条件），只有一个变量，通常用于较小的数据集分析。在16S研究中，一般以堆叠柱状图来展示物种组成，不仅可以直观的看到各样本中的物种组成及比例，还可以看到样本间物种的变化情况，是一类非常实用的图表。物种分类OTUOTU（Operational

上一期微课云系列教程我们介绍了热图（Heatmap）的绘制方法，本期凌波微课就来为大家介绍主成分分析（PCA）图的绘制方法。具体PCA小工具使用方法猛戳最上方视频哦~

学生信，做分析，就上凌波微课微课云绘制Heatmap图实操

学生信，做分析，就上凌波微课微课云绘制Heatmap图实操

学生信，做分析，就上凌波微课扩增子测序结果中的环境因子关联

test：检验样本是否复合正态分布。F-test：检验不同组样本方差是否存在显著差异。T-test：样本量小于30、两组样本符合正态分布、两组样本总体方差相等，比较两组样本均值差异性。One-way

pool，同时设置输出文件夹路径和blast比对参数，常见参数包括evalue阈值和F值，具体设置方法可参考我们之前的课程（本地Blast以及本地Blast+）。单击next。

Unifrac在计算时只考虑物种在样本中是否存在，Weighted

学生信，做分析，就上凌波微课扩增子测序--Alpha多样性分析

03对进化树进行编辑美化进入操作页面，在控制列表里，用户可以根据自己的需求调整进化树的展示方式、标签字体、颜色、线条粗细等等。Step

同学们，大家好！学生信，做分析，就上凌波微课！欢迎大家扫描下方的二维码关注“凌波微课”，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。▼更多精彩，请关注我们▼把时间交给阅读我是主讲人Bonnie

学生信，做分析，就上凌波微课扩增子测序结果中的基本信息统计同学们，大家好！学生信，做分析，就上凌波微课！欢迎大家扫描下方的二维码关注“凌波微课”，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。▼更多精彩，请关注我们▼把时间交给阅读我是主讲人Bonnie

学生信，做分析，就上凌波微课微生物多样性物种分类注释同学们，大家好！学生信，做分析，就上凌波微课！欢迎大家扫描下方的二维码关注“凌波微课”，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。我是主讲人Young，今天我们给大家分享的内容来自公众号“红皇后学术”。上一期我们介绍了《凌波微课|扩增子研究第七讲：高通量下机数据质控标准》，今天我们就带大家看一下OTU的聚类注释。这一期是本系列课程前半部分关于方法原理方面的最后一期了，在之前的几期中，我们从头了解了16S

学不会python？！搞不懂perl？！玩儿不转编程？！搞不懂那些天马行空的机器语言？！R就像是天书？！作图简直是炼狱？！与生俱来缺少生信的“基因”请相信我，这不是你的问题望着“别人家的研究僧”做的美美的高大上的科研作图，只有一脸羡慕和“望图兴叹”的惆怅？请相信我，这也不是你的问题

“学生信，做分析，就上凌波微课”高通量下机数据质控标准视频文字版同学们，大家好！学生信，做分析，就上凌波微课！欢迎大家扫描下方的二维码关注“凌波微课”，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。扫码关注我是主讲人小Young，今天我们给大家分享的内容来自公众号“红皇后学术”。上一期我们介绍了高通量测序下机数据格式和质量评估标准，今天我们就带大家看一下高通量下机数据质控标准。本期凌波微课主要有三个方面的内容:1).高通量测序数据质控整体流程2).数据质控基本概念3).数据质控的标准PART

Tookit工具包能够轻松处理，提高研究效率。本期内容就专门针对这些问题进行分享，具体的操作见上方的视频~

学生信，做分析，就上凌波微课！高通量下机数据评估标准同学们，大家好！学生信，做分析，就上凌波微课！欢迎大家扫描视频上方的二维码，关注凌波微课，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。我主讲人Young。今天我们给大家分享的内容来自公众号“红皇后学术”。上一期我们介绍了高通量测序流程，测序之后得到原始下机数据，今天我们就带大家看一下高通量下机数据评估标准。本期凌波微课主要有两方面的内容：1.高通量测序原始数据格式说明2.下机数据质量评估下机数据我们来看一下具体的下机数据，高通量测序得到的一般是FASTQ格式的raw

学生信，做分析，就上凌波微课！NCBI批量下载数据实操经过分离、实验室纯化培养、基因组测序，小Young终于拿到了心心念念的菌株的基因组序列，迫不及待的要开展分析，呃……16S

搞科研，论文非常重要。毕业、奖学金、职称，走上人生巅峰，都与论文息息相关。在论文正式发表前，Reviewer审核是关键一环。相信小伙伴们都会有这样的困惑——审稿人修回的意见，我该怎么回复呢？

虽然上一节中，线条姐讲到了生物学重复设置的必要性和重要性，但其实并不是所有的组学研究都需要生物学重复的设置。那么，有哪些研究中不需要生物学重复，又有哪些研究中少不了生物学重复？

“学生信，做分析，就上凌波微课”TBtoolsFasta序列处理小工具实操（二）上一期课程中，我们分享了TBtools软件处理Fasta序列小工具实操，包括序列片段的提取、序列ID名称的过滤、根据序列ID从文件中提取所需的序列，关于具体操作见上期视频——凌波微课|TBtools最全的Fasta序列处理小工具（一）。那么，如果想要了解这条基因长度、GC含量，如何快速获得这条基因的反向链、互补链及转录后的RNA链，如何切换序列字母的大小写以及如何修改序列的ID信息等等。TBtools中的Sequence

学生信，做分析，就上凌波微课！微生物群落研究建库测序流程视频文字版同学们，大家好！学生信，做分析，就上凌波微课！欢迎大家扫描视频上方的二维码关注“凌波微课”，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。我是主讲人小Young，今天我们给大家分享的内容来自公众号“红皇后学术”，主题是：微生物群落研究建库测序流程。前几节课介绍的都是关于16S

2020.盐胁迫是陆地土壤生态系统植物和微生物生长过程中遇到的重要不利条件。目前，尚不知道冰叶日中花（Mememryanthemumcrystallinum）植物促进内生细菌Halomonas

TBtoolsFasta序列处理小工具实操（一）利用基因组学技术研究微生物，有时候需要从微生物的基因组中获取某些特定的基因序列或者是部分序列片段，那么这时就需要对基因序列进行部分提取。TBtools就是一种简单易操作，适合大众化的基因序列提取的小工具，本期我们就如何使用TBtools中Fasta

学生信，做分析，就上凌波微课！基因组家族结构分析实操之前课程中，我们介绍了如何筛选一个基因组家族的成员（基因家族分析（一）——如何高效筛选基因组家族成员），本期凌波微课我们继续基因家族结构分析系列课程，如何通过TBtools软件高效获取基因组家族结构图谱。具体操作方法猛戳上方视频~首先，通过我们要整理出来之前筛选好的基因组家族的成员的基因ID和基因序列文件，本期课程中我们还是以筛选拟南芥（Arabidopsis