凌波微课|微课云系列教程之多样性指数盒形图科研绘图小工具

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微课云多样性指数盒形图分析实操 

微生物alpha多样性指数分析是群落结构分析中的重要内容，如何将这些指数进行直观的展示呢？今天我们就给大家分享凌波微课云平台小工具——多样性指数盒型图在线绘图工具。

首先来了解一下多样性指数。

群落生态学中通过Alpha多样性的一系列统计学分析指数，可以反映微生物群落的丰度和多样性。包括Chao1、ACE、Goods_coverage、Shannon、Simpson等指数。

• Chao1，ACE指数主要关心样本的物种丰富度信息，估计群落中包含物种的数目；

• Goods _coverage反映样本的低丰度OTU覆盖情况，数值越高，样本中序列没有被测出的概率越低，该指数实际反映了本次测序结果是否代表样本的真实情况；

• Simpson/Shannon主要综合体现物种的多样性和均匀度。

也就是说ACE、chao1指数高，说明样品物种数目多；shannon、simpson指数高，说明物种丰度以及均匀度都很高。

关于Alpha多样性每个指数的具体含义和算法可以查看公众号之前的文案（微生物群落多样性研究之Alpha多样性指数详解）。 

一般在进行多样性指数分析的时候有多种展示方式，不过借助盒型图来查看比较直观，凌波微课云平台推出了多样性指数盒型图在线绘图工具，只需要上传OTU表和分组文件，就可以将所有的多样性指数用盒型图展示出来，是不是很心动，下面就跟着我学习这个工具的使用方法吧~

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多样性指数盒形图分析小工具界面介绍

微课云组内多样性指数盒形图分析小工具界面分为三个大的部分：最左侧是菜单栏，中间是小工具参数设置界面，最右侧是说明界面（包括使用说明、小工具教学视频、历史任务记录以及常见FAQ）。每个小工具我们都配套了相应的教学视频，使用过程中可随时查看学习。

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多样性指数盒形图分析小工具使用步骤

1、上传矩阵数据文件

多样性指数盒形图需要输入准备好的OTU矩阵数据文件和分组文件，文件格式都必须为txt文件。

OTU矩阵文件第一列为OTU ID，第一行为样品名，第二列到第N列是样本的OTU表达丰度，每一格为该样本注释到对应物种的序列数。示例文件如扩增子分析中，可以使用凌恩生物扩增子结题报告中的OTU分类表，位于结果文件夹的01.OTU_Taxa/normalize/otu_table.xls，可以在Excel中打开，然后另存为以tab键分隔的.txt文件，示例文件如下：

OTU矩阵文件示例图

分组文件示例图

2、绘图以及参数调整

以上参数都设置好了之后，点击“提交”，我们在右侧的历史任务中就可查看到任务编号、任务结束时间以及任务运行状态。

3、结果展示并调整

任务运行结束后会出现“已完成”，点击任务编号，就可以进入到任务详情页面，展示的是任务参数、结果文件列表和在线调整图片3个区域，提供结果文件下载和图片调整功能。

结果分别给出了alpha多样性指数sob、chao1、ACE、Shannon、Simpson、Pielou和goods_coverage。

图片右侧中，给出了图片调整参数，可通过数据布局参数、颜色参数和字体参数三个模块进行在线调整。

数据布局参数：包括说明信息位置、翻转横纵坐标、是否绘制数据的、透明度、盒子宽度等；

颜色参数：可以自主选择配色，输入十六进制颜色或者直接点击色块选择；

字体参数：可以调整X轴Y轴的字体大小和颜色等内容。

绘制的多样性指数盒形图示例如下：

凌波微课·云平台，是凌恩生物继凌波微课（http://www.biomicroclass.com/）之后，倾心打造的一款高通量测序数据的小工具分析平台。

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