凌波微课|微课云系列教程之GO富集科研绘图小工具

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微课云GO富集实操

GO（Gene Ontology）数据库由基因本体论联合会建立，该数据库将全世界所有与基因有关的研究结果进行分类汇总。对不同数据库中关于基因和基因产物的生物学术语进行标准化，对基因和蛋白功能进行统一的限定和描述。利用GO数据库，可以从BP（Biological Process,生物过程）、MF（Molecular Function,分子功能）和CC（Cellular Component,细胞组分）三个方面对基因和基因产物进行分类注释。

GO富集分析适用于：

• 单一基因集中基因的功能研究；
• 不同筛选条件获得基因集的功能比较分析。

本期凌波微课我们就来看一下如何通过微课云GO富集小工具（http://210.22.121.250:35588/CloudPlatform/SoftPage/GO）进行GO富集在线分析，具体操作方法戳上方视频哦~

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GO富集小工具界面介绍

微课云GO富集小工具界面分为三个大的部分：最左侧是菜单栏，中间是小工具参数设置界面，最右侧是说明界面（包括使用说明、小工具教学视频以及历史任务记录）。每个小工具我们都配套了相应的教学视频，使用过程中可随时查看学习。

本分析采用软件 Goatools 对基因集中的基因进行GO富集分析，从而获得该基因集中的基因主要具有哪些GO功能。使用方法为 Fisher 精确检验，当经过校正的 P 值（Padjust）＜0.05时，认为此GO功能存在显著富集情况。

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GO富集小工具使用步骤

1、上传基因数据文件

可以选择输入文件或手动输入两种上传数据的方式，云平台支持两种数据格式：仅富集的Geneid列表和基因表达差异分析结果，输入文件必须为txt格式文件，示例文件如下：

图1. 仅包含富集的geneid

图2. 基因差异表达分析结果（geneid列输入富集的geneid，logFC列为差异倍数取log2，大于0表示基因上调，小于0表示基因下调）

2、选择背景基因文件

背景基因文件可以分为有参考基因组和无参考基因组两种情况。

选择“2：使用已有参考”条目，下拉菜单中提供的物种有水稻、拟南芥、小鼠、大鼠、斑马鱼、鸡、秀丽线虫、果蝇、人等模式物种。选择完成后点击提交即可。

图3. 选择已有参考物种，例如Soybean

非模式物种没有参考基因组可以选择，需要自备GO背景基因文件，文件格式必须为txt，示例文件如下，第一行为基因id，第二行为该基因对应的所有GO号，以“;”分隔。

图4. 自备GO背景基因文件

将文件上传到“3:背景基因文件”中，点击“提交”即可。

图5. 上传背景基因文件

3、绘图以及参数调整

以上参数都设置好了之后，点击“提交”，我们在右侧的历史任务中就可查看到任务编号、任务结束时间以及任务运行状态。

任务运行结束后会出现“已完成”，点击任务编号，就可以进入到任务详情页面，展示的是任务参数、结果文件列表和在线调整图片3个区域，提供结果文件下载和图片调整功能。

图片右侧中，给出了图片调整参数，包括随机显示数据行数、条形宽度、分组颜色设置、图片大小和字体设置等。

绘制的GO富集气泡图示例图如下：

图6. GO富集气泡图。横轴表示富集因子，即富集到某个GO term的差异基因个数占测序得到的背景基因个数的比值；纵坐标表示该GOterm富集到的功能：圆圈越大代表富集到此功能的差异基因个数相对越多。从蓝色到红色的色谱代表未修正的p-value值。

凌波微课·云平台，是凌恩生物继凌波微课（http://www.biomicroclass.com/）之后，倾心打造的一款高通量测序数据的小工具分析平台。

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