凌波微课|还不会序列比对？试试本地BLAST吧

学生信，做分析，就上

凌

波

微

课

本地blast实操

序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。1989年，美国国家生物技术信息中心（NCBI）首次推出BLAST。自第一版以来，NCBI一直在维护和更新BLAST版本（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/legacy.NOTSUPPORTED/）。本地BLAST不受网速、序列数目的限制，能够快速、准确的进行序列比对。

本期凌波微课为大家带来物种基因组序列进行本地blast的操作方法。具体操作猛戳上方视频哦~

更多精彩内容加入“凌波微课交流群”，满满的干货不容错过，独乐乐不如众乐乐哦~

环境变量设置方法

将BLAST完整的程序执行bin文件夹路径（C:\Users\dell\Desktop\Online\Blast\BLAST\bin）添加到PATH路径之后，在任何地方都可以直接使用程序名运行程序，而不必使用完整的路径名。

计算机 →属性 →高级系统设置 →环境变量 → PATH中添加系统变量或用户变量。

本地blast参数说明

1. formatdb数据库格式化参数解读

formatdb -i .\ref_genome.fasta -p F -o F

左右滑动查看

-i: 需要格式化的数据库名称-p: 文件类型 ：默认为蛋白数据库(T)，反之为核酸序列数据库(F)-o: 解析选项：默认解析序列标识并且建立目录(T)，反之(F)-n: 重命名数据库文件

2. blastall序列比对参数解读

blastall -p blastn -i .\AE014075.fasta -d ref_genome.fasta -e 1e-5 -m 0 -o blast_out1.txt

左右滑动查看

-p: 指定要使用何种子程序-d: 数据库，个性数据库或NCBI下载数据库-i: 输入文件，自己整理的序列-o: 输出文件名称-e：指定一个实数，过滤掉期望值大于这个数的比对结果，默认10，e值越大随机匹配的可能性越大，因此设置小的e值增加结果可信度。但在引物特异性检验时，应将e值设大些-F：用来屏蔽简单重复和低复杂度序列( T/F) ，默认T-v：输出中每一个query的比对列表最多显示subject个数，默认500(在-m为8~9的情况下)-b：每个query 最多显示的比对条形图，默认250 (在-m为1~6的情况下)

PS：公众号后台回复“BLAST”，即可获得Blast应用程序和示例文件的下载链接哦~

往期精彩

凌波微课，创意于2020年不平凡的春天，由高通量测序及组学研究领域从业近十年的技术团队精心打造。

凌波微课的讲师们，实战经验丰富，旨在通过在线微课程及线下交流，帮助科研学生及科研工作者们由简入繁，掌握科研思路及生信分析的实际操作。凌波微课，用心服务科研用户，打造专业培训品牌，助力科研提升。

关注我

发现更多精彩

关注凌波微课公众号，回复“入群”，即可加入凌波微课课下交流群，更多干货等你呦！