凌波微课|一节课让你学会MEGA构建系统发育进化树并美化（二）

 学生信，做分析，就上“凌波微课” 

上一期课程中，我们为大家介绍了通过MEGA（https://www.megasoftware.net/）软件构建进化树构建以及拓扑结构调整方法：凌波微课|一节课让你学会MEGA构建系统发育进化树并美化（一）。

本期课程我们将继续为大家介绍通过MEGA进软件对系统发育进化树的编辑美化~具体操作方法戳以下视频：

Ofiice一出手，果然不同凡响，感觉幸福来得太突然！不需要软件、命令行，同学们赶紧行动起来，在Word中尽情编辑美化这颗树吧~

以下就是我们全部编辑并美化完成的进化树（本数据仅供参考）：

最最最后，记得把在MEGA中树的文本文件也保存了，这里保存为Newick格式，方便后续再次查看。其他分析软件构建的进化树文件（*.nwk）也可通过MEGA软件打开并进行编辑。

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研究示例YAN JIU SHI LI

01

/噬菌体的分离和鉴定及其破坏多重耐药铜绿假单胞菌生物膜的潜力

Isolation and characterization of a bacteriophage and its potential to disrupt multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa biofilms. Microbial Pathogenesis, 2019.

本文分离并鉴定了溶血性铜绿假单胞菌噬菌体——vB_PaeM_LS1。为了检查噬菌体vB_PaeM_LS1作为治疗性噬菌体的潜力，我们分析了其基因组并将其与相似的噬菌体进行了比较。噬菌体vB_PaeM_LS1的基因组由一个线性双链DNA分子组成，长度为66,095 bp，G + C含量为55.7％。大亚基末端酶的邻接分析表明，噬菌体vB_PaeM_LS1与肺炎病毒属相似。这项研究表明，具有溶菌作用的噬菌体vB_PaeM_LS1对铜绿假单胞菌生物膜形成的生长具有很高的抑制潜力。

图1 来自噬菌体vB_PaeM_LS1和参考假单胞菌肌病毒及一组末端酶大亚基序列构建的NJ系统发育进化树

02

/冰叶日中花植物促内生菌Halomonas sp. MC1菌株转录组分析

TranscriptomeAnalysis of Ice Plant Growth-Promoting Endophytic Bacterium Halomonas sp. StrainMC1 to Identify the Genes Involved in Salt Tolerance. Microorganisms, 2020.

盐胁迫是陆地土壤生态系统植物和微生物生长过程中遇到的重要不利条件。目前，尚不知道冰叶日中花（Mememryanthemumcrystallinum）植物促进内生细菌Halomonas sp.的生长如何应对盐胁迫并调节生长，以及关系耐盐基因。我们应用RNA-Seq技术来确定 Halomonas sp.的生长机制。

图2 Halomonas sp. MC1菌株16S rDNA序列构建的系统发育树（NJ）

03

/白僵菌防治松毛虫20年间真菌种群遗传与进化特征

Population genomics and evolution of afungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20years. ISME, 2020.

本研究从释放白僵菌的林区采集松毛虫样本，分离纯化白僵菌菌株，进行真菌重测序，同时对放菌区外、国内其他地区采集的共277株白僵菌菌株进行种群遗传分析（凌恩客户文献|ISME：害虫生物防治by真菌重测序）。

图3 白僵菌地理种群之间的遗传分化和基因流动。a成对种群之间的中位遗传分化（F_ST）。b从不同地理来源收集的所有分离株的SNP系统发育进化树（NJ）。

进化树进阶版来了~

PS：在公众号后台回复“MEGA”，可以获得进化树的测试数据和参考文献的下载链接哦~

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