凌波微课|一节课让你学会MEGA构建系统发育进化树并美化（一）

学生信，做分析，就上“凌波微课”

MEGA构建系统发育进化树实操（一）

MEGA（https://www.megasoftware.net/）软件是物种系统发育进化树分析的常用软件。通过这堂凌波微课，我们来给大家介绍进化树构建的注意事项以及拓扑结构调整方法。

我们可以选择通过物种全基因组、单拷贝核心基因或者单个基因来构建系统发育进化树。对于研究某个基因的进化，是选择DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？

序列的选取要遵循以下原则：

1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA序列。因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。

2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。

然后，将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，接下来就可以通过MEGA进行多重序列比对并且构建系统发育树啦~具体操作方法戳上方视频哦！

嗯？还有更多疑问，那就快来加入我们吧！

下期我们将继续介绍MEGA构建系统发育进化树第二弹——进化树的标记和美化，更多精彩内容等你来哦~

研究示例YAN JIU SHI LI

01

/最新报道的Torix立克次氏体是烟粉虱最新的入侵者和内共生体

A newly recorded Rickettsia of the Torix group is a recent intruder and an endosymbiont in the whitefly Bemisia tabaci. Environmental Microbiology, 2020.

立克次体细菌广泛存在于食植物昆虫中，并经常对其宿主的表型和适应性产生深远影响。本研究测序获得了与烟粉虱共生的一种新的立克次氏体突变体基因组。比较基因组分析表明，与烟粉虱中较早发现的Rickettsia_bellii_MEAM1相比，新的立克次体具有更多的基因家族和途径。研究将其命名为“Candidatus Rickettsia_Torix_Bemisia_tabaci（RiTBt）”。RiTBi在田间的丰度较低且基因组相对较大，因此可能是烟粉虱中相对较新的入侵者。

图1 基于细菌16SrRNA（A）/ gltA（B）/ groEL（C）基因序列的RiTBt与其他立克次体的系统发生关系

02

/紫杉属叶绿体比较基因组学

Comparative chloroplast genomics of the genus Taxodium. BMC Genomics, 2020.

本研究对三株紫杉属物种（T. distichum, T. mucronatum, T. ascendens）叶绿体进行测序，获得完整cp基因组序列。比较分析表明，Ycf1）是唯一一个在编码DNA序列中具有插入缺失的基因，该插入缺失由一个长串联重复（TR）组成。当扩展到 cupressophytes植物时，ycf1基因已经经历了TR的普遍插入，并伴随着极端的长度扩展。

图2 裸子植物ycf1以及周围基因ML系统发育进化树。基因箭头的方向是从N端到C端。I-XII表示ycf1周围的12种基因类型。

03

/白僵菌防治松毛虫20年间真菌种群遗传与进化特征

Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years. ISME, 2020.

本研究从释放白僵菌的林区采集松毛虫样本，分离纯化白僵菌菌株，进行真菌重测序，同时对放菌区外、国内其他地区采集的共277株白僵菌菌株进行种群遗传分析（ISME：害虫生物防治by真菌重测序）。

图3 白僵菌地理种群之间的遗传分化和基因流动。a成对种群之间的中位遗传分化（F_ST）。b从不同地理来源收集的所有分离株的SNP系统发育进化树（NJ）。

还没结束，文末有彩蛋~

进化树进阶版来了~

 PS：在公众号后台回复“MEGA”，即可获得进化树的测试数据和参考文献的下载链接哦~

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