凌波微课|蛋白结构域如何分析？试试Pfam在线注释

学生信，做分析，就上

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Pfam数据库在线注释实操

Pfam（http://pfam.xfam.org/）是一个被广泛使用的蛋白家族结构域数据库，其依赖于多序列比对和隐马尔可夫模型（HMMs）鉴定一个或多个蛋白质功能结构域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的鉴别对分析蛋白质的功能来说尤其重要。

关于Pfam数据库的具体在线注释方法，猛戳上方视频哦~

Pfam数据库中，提供了以下3个不同层级蛋白质家族信息：

*Family：每个family以PF编号唯一标识；

*Clans：对多个family进行相似性聚类，将具有相似的三维结构或者相同motif的family归为一个clan,每个clan以CL编号标识；

*Proteones：物种的蛋白质组信息说明。查询蛋白质结构域，蛋白质结构域超级家族，物种蛋白质组信息。

Pfam在线注释Online annotation

Pfam提供了在线分析入口，导航栏中选择SEARCH。

01Sequence以一条蛋白质序列为例，查找这条蛋白质序列上的结构域，可以用Sequence入口查找：点击->Sequence->输入序列->Submit。

得到这条蛋白序列上的结构域信息，以及Pfam-A数据库比对上序列，如下：

02Batch search如果获得一个物种的基因蛋白或核酸序列，可以通过Batch search对整个物种的蛋白结构域进行注释。点击->Batch search->选择文件->输入有效邮箱->Submit。注释结果以邮件的形式发送。03KeywordKeyword提供了通过关键词查找，例如输入关键词：apoptosis（细胞凋亡）。

得到细胞凋亡相关注释结果。

04Taxonomy通过输入species names或者序列名称，查找蛋白结构域，例如输入Caenorhabditis。05其他

Domain architecture search是通过PfamAlyzer 程序构建序列结构域。

Jump to是通过输入Pfam ID查找。

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