凌波微课|进化树构建之多重序列比对利器——mafft软件

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maff多重序列比对实操

Mafft (https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/) 软件是一款跨平台的多重序列比对工具，支持Mac、linux、windows。Mafft软件进行多重序列比对具有速度快，准确性高的优势，序列比对结果可以输出多种格式，包括clastual、fasta、phylip，可用于MEGA、Fasttree等软件构建系统发育进化树。

本期凌波微课就带大家具体看一下如何应用本地版mafft软件，快速高效的进行多重序列比对。

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研究示例

01.小麦族物种叶绿体比较基因组揭示进化模式

Evolutionary patterns of plastome uncover diploid-polyploid maternal relationships in Triticeae. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2020.

为了研究二倍体与多倍体之间的关系以及母体祖先在小麦的多倍体丰富性建立中的作用，本研究分析了35个多倍体以及代表Triticeae的48个二倍体类群。通过系统发育重建，遗传距离矩阵和质体组序列的核苷酸多样性模式表明：（1）六个基本基因组的祖细胞构成了小麦多倍体的大多数母体供体，Ee、Eb和V基因组供体为Pseudoroegneria属贡献了细胞质基因组；（2）Pseudoroegneria属和沙生水草是多年生物种的母体供体，分别具有含St和Ns的多倍体；（3）含St的多倍体的Ee / Eb / V细胞质谱系通过多倍体化来源于Pseudoroegneria；（4）遗传异质性可能与小麦中多倍体的丰富性有关。

 图1 图1.从二倍体小麦的整个完整cp基因组序列Mafft比对构建的系统发育进化树（ML）。节点上方的数字是自展值BS≥50％，而节点下方的数字是贝叶斯后验概率值PP≥0.9。括号中的大写字母表示该物种的基因组类型。

02.最新报道的Torix立克次氏体是烟粉虱最新的入侵者和内共生体

A newly recorded Rickettsia of the Torix group is a recent intruder and an endosymbiont in the whitefly Bemisia tabaci. Environmental Microbiology, 2020.

立克次体细菌广泛存在于食植物昆虫中，并经常对其宿主的表型和适应性产生深远影响。本研究测序获得了与烟粉虱共生的一种新的立克次氏体突变体基因组。比较基因组分析表明，与烟粉虱中较早发现的Rickettsia_bellii_MEAM1相比，新的立克次体具有更多的基因家族和途径。研究将其命名为“ Candidatus Rickettsia_Torix_Bemisia_tabaci（RiTBt）”。RiTBi在田间的丰度较低且基因组相对较大，因此可能是烟粉虱中相对较新的入侵者。

 图2 基于细菌16SrRNA（A）/gltA（B）/groEL（C）基因序列的RiTBt与其他立克次体的系统发生关系

进化树构建实操1．凌波微课|一节课让你学会MEGA构建系统发育进化树并美化（一）
进化树进阶版来了~2.进化树专题（二）| 人生处处有选择，进化树分析的软件，你选哪一个？3.进化树专题（三）| 比对及用Gblocks处理比对序列4.进化树专题（四）| 进化模型选择的那些事儿5.进化树专题（五）| 密码子分区软件介绍6.进化树专题（六）| 串联法和并联法7.进化树专题（七）| 进化树与不完全谱系分选8.进化树专题（八）| 系统进化树美化-iTOL9.进化树专题（九）| 从DNA序列到分化时间——如何构建带分歧时间的进化树？

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