凌波微课|NCBI数据批量下载，你会了吗？

学生信，做分析，就上凌波微课！

NCBI批量下载数据实操

经过分离、实验室纯化培养、基因组测序，小Young终于拿到了心心念念的菌株的基因组序列，迫不及待的要开展分析，呃……16S rRNA、功能基因进化树来一个，同源基因、共线性分析走起。哎，等等，这些分析都属于比较基因组分析，需要首先选择合适的参考物种基因组，可是一个一个查找下载太麻烦，有什么办法一键批量下载呢？

本期凌波微课为大家介绍两种数据批量查找和下载的方法，具体操作猛戳上方视频哦~

Batch Entrez简介

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网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez?

Batch Entrez是NCBI的一个检索系统，它提供了批量的ID检索，在小数据量的时候使用起来是非常方便的。这里可以通过ID检索NCBI下面的几乎所有的子数据库，包括Nucleotide、Protein、PubMed、Gene等。Batch Entrez下载时最好使用google浏览器。

Genome数据库简介

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网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/

该数据库包含了NCBI目前收录的所有物种的基因组数据，Browse by Organism提供了通过物种拉丁文名称进行过滤检索物种信息，并给出了序列登录和FTP站点地址，适用于大批量的数据查找和下载。

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注意事项

1.  Batch Entrez下载时最好使用google浏览器，准备的list文件使用excel表格编辑，填写基因组、蛋白质或者基因序列的登录号ID，保存为制表分隔符的文本文档，如下：

2.  Batch Entrez下载时需要选择好检索的子数据库，例如Nucleotide、Protein、Genome、Gene，一次检索一类数据。

3.  Genome数据库通过物种拉丁文名称检索同源物种数据，得到登录号之后可以选择通过Batch Entrez批量下载；或者下载检索表格，将基因组ftp站点链接整理为一个list，通过linux中wget命令下载，示例命令如下：

• 单个下载命令：

wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/004/214/875/GCF_004214875.1_ASM421487v1/*左右滑动查看

• 批量下载命令：

wget -c -r -i list左右滑动查看

list文件示例如下：

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