凌波微课|TBtools系列课程——Venn图、花瓣图，任你选择！

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TBtools绘制Venn图实操

Venn图，也叫文氏图，用于显示元素集合重叠区域的图示。维恩图既可以表示一个独立的集合，也可以表示集合与集合之间的相互关系。

TBtools是由华南农大陈程杰博士开发的一款功能强大的整合了各种数据处理工具与用户友好的界面工具包。TBtools集合了各种生物数据处理工具，界面简单直观，功能丰富，序列批量处理和交互式数据可视化，例如维恩图、热图、比较序列可视化等。本期凌波微课我们就来看一下Venn的画法。TBtools软件Graphics工具中提供了绘制Venn(<=6)的小工具，以及大于6个样本是的Plot图。具体操作方法猛戳上方视频哦~

图1 Venn图示例

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研究示例

1. 城市医院及邻近城市和郊区社区空气中ARGs的特征和变异：宏基因组学方法

Characteristics of and variation in airborne ARGs among urban hospitals and adjacent urban and suburban communities: A metagenomic approach. Environment International, 2020.

环境抗生素抗性基因（ARGs）已引起广泛关注，而由颗粒物（PM）携带的ARGs随城市功能区而变的特征几乎是未知的。本研究采用宏基因组学检测了在城市医院，附近的城市社区和最近的郊区社区空气中PM2.5和PM10携带的ARG。总共鉴定出643种属于22种不同ARG类型的ARG亚型。在所有空气样本中，氯霉素输出基因，sul1、bacA和lnuA是最丰富的ARG亚型。研究强调，PM ARGs与人类活动密切相关，并揭示了潜在的热点，这可能为进一步研究提供新证据，从而减轻了空气中ARGs的形成和转移风险。

图2 三个采样位置中特有和共有的ARG亚型数目Venn图 医院中空气PM中特有的ARG最多，三个采样点共有345个ARG

2. 黄角转录组响应不同非生物胁迫的研究

Investigation of yellow horn (Xanthoceras sorbifolia Bunge) transcriptome in response to different abiotic stresses: a comparative RNA-Seq study. RSC Advances, 2020.

黄角（Xanthoceras sorbifolia Bunge）是一种著名的富含油的种子灌木，在中国北部的干旱和干旱环境中可以生长良好。然而，由于其有限的遗传数据，关于黄角暴露于各种非生物胁迫的分子防御机制的信息很少。本研究旨在使用RNA-Seq研究不同非生物胁迫（即NaCl，ABA和低温）对黄角转录组的影响。根据转录组测序数据，在应激处理24小时后，大约27%至45%的应激反应基因被高度表达。在应激处理48小时后，这些基因仍然表达，且许多其他基因受到压力调节。此外，发现转录因子（TFs），例如ERF，bHLH，GRAS和NAC，仅在低温处理组，特别是ERF TFs家族中富集。这些综合结果表明，黄角可能已开发出针对各种非生物胁迫的特定分子防御系统。

图3 应激处理24小时和48小时后，NaCl、ABA和低温胁迫下DEGs数目变化Venn图

PS: 后台回复“Venn”，即可获得Venn图绘制视频操作示例文件的下载链接哦~

往期精彩凌波微课|TBtools系列课程——解锁Heatmap绘制新姿势

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