凌波微课|Blast的升级版？没错，就是本地blast+
学生信，做分析，就上
凌波微课
本地blast+实操
序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。
1989年，美国国家生物技术信息中心（NCBI）首次推出BLAST。自第一版以来，NCBI一直在维护和更新BLAST版本。本地BLAST不受网速、序列数目的限制，能够快速、准确的进行序列比对。
NCBI强烈推荐BLAST+（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/），BLAST程序BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，可以加快搜索速度，并在输出格式和搜索输入方面提供更大的灵活性，且清晰的模块化将会极大的提高维护者的效率。BLAST程序目前版本不再更新，BLAST+程序版本最新版本更新到2.10.0。
上一期我们为大家介绍了本地BLAST是操作方法（凌波微课|还不会序列比对？试试本地BLAST吧），本期凌波微课为大家带来物种基因组序列进行本地blast+的操作方法。具体操作猛戳上方视频哦~
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环境变量设置方法
将BLAST+完整的程序执行bin文件夹路径（C:\software\blast-2.6.0+）添加到PATH路径之后，在任何地方都可以直接使用程序名运行程序，而不必使用完整的路径名。
Step 2
本地blast+参数说明
1. makeblastdb数据库格式化参数解读
makeblastdb -in .\ref_genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ref-in:待格式化的序列文件
-dbtype:数据库类型，nucl为核酸，prot为蛋白
-out:输出数据库名，可用于后续-db参数设置
2. BLAST+序列比对参数解读
blastn -query .\AE014075.fasta -db ref -out blast_out1.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6-query:输入文件路径及文件名
-out:输出文件路径及文件名
-db:格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt:输出文件格式，共12种，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue:设置输出结果的e-value值，e值越小最后结果可信度越高
参数 | Blast | Blast+ |
| 数据库格式化函数 | formatdb | makeblastdb |
输入/输出 | -i / -o | -query / -out |
格式化了的数据库路径及数据库名 | -d | -db |
输出结果的e-value值 | -e | -evalue |
输出文件格式 | -m | -outfmt |
最大目标的数目 | -v / -b | -max_target_seqs |
END
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