凌波微课|微课云系列教程之ANOVA方差检验在线分析小工具

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ANOVA方差检验在线分析实操

之前的课程中我们介绍了非参数检验Wilcoxon秩和检验、KW秩和检验以及T检验在线分析小工具（见文末往期精彩）。本期凌波微课我们来看一下另外一种常用的检验方法，即ANOVA方差分析。

单因素方差分析（ANOVA）是用来检验多个平均数之间的差异，从而确定因素对试验结果有无显著性影响的一种统计方法。

图1 ANOVA方差检验

凌波微课云平台提供了在线ANOVA方差分析工具，下面跟Bonnie老师一起来看看它的使用步骤吧，具体操作方法猛戳最上方视频哦~

凌波微课·云平台ANOVA方差检验在线分析小工具界面介绍

微课云ANOVA方差检验小工具界面分为三个大的部分：最左侧是菜单栏，中间是小工具参数设置界面，最右侧是说明界面（包括使用说明、小工具教学视频、历史任务记录以及常见FAQ）。其中任务编号可以使用云平台的默认设置，也可以自己手动输入来设置哦。每个小工具我们都配套了相应的教学视频，使用过程中可随时查看学习。

凌波微课·云平台ANOVA方差检验在线分析小工具使用步骤

01

上传矩阵文件

矩阵文件必须为制表符（tab）分隔的txt格式，数据表必须包含表头，首行为样本名，第一列为基因/物种等特征名称。可以使用凌恩生物扩增子结题报告中纲水平的OTU分类表，每一格为该样本注释到对应物种的序列数，位于结果文件夹的01.OTU_Taxa/normalize/tax_summary_a/class.xls，可以在Excel中打开，另存为以tab键分隔的txt文件。

图2 OTU丰度表示例

在转录组分析中，可以直接使用凌恩生物转录组分析结题报告中的FPKM统计表，文件路径为GeneExp/genes.fpkm.txt，第一列为基因id，第一行为样本名，示例文件如图所示。

图3 转录组基因文件矩阵

02

上传分组文件

分组文件中至少要包含两个组别，第一列为样本名，第二列为分组名，示例文件如图所示：

图4 分组示例文件

03

选择分析参数

还需要进行一些参数的选择，多重校验方法参数部分，即对P值进行多重检验校正。P值校正方法可选fdr、holm、hochberg、hommel、bonferroni、BH以及BY等。

在这里也可以设置P值和Q值检验阈值，P值或Q值都是用于判断差异显著性的秩和检验值，Q值是P值经过多重检验校正得到的。阈值默认为0.05，也可以根据实验具体情况适当降低或提高阈值，如0.01、0.001等。

04

绘图以及参数调整

以上参数都设置好了之后，点击“提交”，我们在右侧的历史任务中就可查看到任务编号、任务结束时间以及任务运行状态。

05

结果展示并调整

任务运行结束后会出现“已完成”，查看任务有两种方式。第一种，点击界面右侧的历史任务模块，第二种方式是通过点击界面左侧菜单栏中“我的任务”，这两种方式都可以查看任务编号、软件名称和状态等信息。点击任务编号，就可以进入到任务详情页面，展示的是任务参数和结果文件列表2个区域，提供结果文件下载。

结果文件包括ANOVA结果文件和仅含差异显著的ANOVA结果文件。

• ANOVA结果文件：第一列为物种信息/OTU编号等信息；其余列分别展示了各组的均值和标准差；P为该样本P值；fdr为经过检验的p值。
  
• ANOVA结果文件（仅含差异显著）的展示方式与总表相同，不过这个表中只展示了差异显著的信息

点击下载结果文件包的下载按钮，就可以获得打包的数据啦！是不是很简单，让我们一起用起来吧~

ANOVA方差检验结果文件示例：

注：第一列是OTU/基因ID，第二列到第N列分别是不同分组的平均值、方差和标准差，之后未校正的P值，校正后的P值，以及不同分组两两比较结果。

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Wang Qi Jing Cai

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