凌波微课|基因家族分析（二）——如何高效绘制基因组家族结构图谱

学生信，做分析，就上凌波微课！

基因组家族结构分析实操

之前课程中，我们介绍了如何筛选一个基因组家族的成员（基因家族分析（一）——如何高效筛选基因组家族成员），本期凌波微课我们继续基因家族结构分析系列课程，如何通过TBtools软件高效获取基因组家族结构图谱。具体操作方法猛戳上方视频~

首先，通过我们要整理出来之前筛选好的基因组家族的成员的基因ID和基因序列文件，本期课程中我们还是以筛选拟南芥（Arabidopsis thaliana）中NBS抗病基因家族为例，按照上一节课的操作，获得做基因组家族结构图谱分析的基因list文件。

然后，通过TBtools软件中Sequence Toolkit工具包提取这些基因ID的蛋白序列文件。

接下来，就根据筛选到的基因，开始对基因家族的motif进行分析，基因保守域结构主要通过MEME在线网站分析（http://meme-suite.org/tools/meme）。

1）motif是蛋白质分子具有特定功能的或者作为一个独立结构域一部分相近的二级结构聚合体；

2）MEME在线网站进行两种分析：第一，MEME分析（重在发掘新的motif，比较敏感，是由序列查找motif的过程）；

第二，Mast分析（重在确定motif的存在，较全面，是由motif查找domain的过程）；本次示例中我们以MEME分析作为示例；

3）MEME输出的图形无法直接导出，只能通过截图软件进行，得到图的分辨率不佳；

4）TBtools能识别MEME网站中输出的XML文件，并能导出矢量图，提高图形质量。

注意事项

1、一个基因家族分析中筛选到的候选基因可能会很多，在基因家族结构分析时需要对这些基因进行进一步的筛选，可根据Score得分筛选排列靠前的基因，例如本次示例中筛选的是前20的基因；

2、如果想要输入树文件，那么需要对序列的ID名称进行简化，去掉描述信息，然后通过MEGA构建进化树（进化树构建具体操作请参考我们的往期课程），然后在TBtools中输入nwk文件，否则会出现报错；

PS：公众号后台回复“基因家族”，即可获得相应软件安装包以及示例数据的下载链接哦~

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