凌波微课|让审稿人眼前一亮的图，还不会做你就OUT啦！微课云系列教程之Metacoder分类树

学生信，做分析，就上凌波微课

Metacoder分类树在线分析实操

Metacoder是一个R软件包，主要以树状图（heat tree）形式展示扩增子或宏基因组数据中的物种分类，并且使用分类树中节点和边的颜色和大小定量描述与分类群相关的统计数据，比目前宏基因组和多样性文章中常用的热图、堆积柱状图或饼图，热树可以更好地了解群落结构。在热树中，节点和边缘的大小和颜色与每个群落中生物的丰度相关。

应用metacoder绘制的图片已经广泛的发表在了CURRENT DEVELOPMENTS IN NUTRITION、Cell Host & Microbe、microbiome等期刊。

图1 metacoder分类热树示例图

不会安装R软件包，看不懂代码？别怕！凌波微课云平台上线了metacoder在线分析工具！只需上传数据，轻松搞定metacoder分析，跟着Bonnie老师一起来看看它的使用步骤吧，具体操作方法猛戳最上方视频哦~

凌波微课·云平台metacoder分类树在线分析小工具界面介绍

微课云metacoder分类树小工具界面分为三个大的部分：最左侧是菜单栏，中间是小工具参数设置界面，最右侧是说明界面（包括使用说明、小工具教学视频、历史任务记录以及常见FAQ）。其中任务编号可以使用云平台的默认设置，也可以自己手动输入来设置哦。每个小工具我们都配套了相应的教学视频，使用过程中可随时查看学习。

凌波微课·云平台metacoder分类树在线分析小工具界面介绍

1、上传矩阵文件

Circos物种关系分析需要输入的文件包含OTU物种分类信息的丰度矩阵和分组文件，OTU丰度表支持biom格式和txt格式文件，分组文件只能是tab键分隔的txt文件。

带有分类信息的OTU矩阵文件第一列为OTU ID，第一行为样品名，最后一列是taxonomy。示例文件如扩增子分析中，可以使用凌恩生物扩增子结题报告中的OTU分类注释表，每一格为该样本注释到对应物种的序列数，位于结果文件夹的01.OTU_Taxa/normalize/otu_taxa_table.xls，在使用前需要用excel打开，首行增加“# Constructed from biom file”，然后另存为以tab键分隔的.txt文件，示例文件如下：

图2 OTU分类注释表

或者可以选择输入biom文件，位于凌恩生物扩增子结题报告结果文件夹的01.OTU_Taxa/normalize/otu_taxa_table.biom。

2、分组参数设置

这里的分组文件必填，分组文件为两列，第一列是样本名称，第二列是分组名称。该文件通过excel表格编辑，再另存为制表分隔符的txt文档，示例文件如下： 

图3 分组示例文件

3、绘图以及参数调整

以上参数都设置好了之后，点击“提交”，我们在右侧的历史任务中就可查看到任务编号、任务结束时间以及任务运行状态。

4、结果展示并调整

任务运行结束后会出现“已完成”，查看任务有两种方式。第一种，点击界面右侧的历史任务模块，第二种方式是通过点击界面左侧菜单栏中“我的任务”，这两种方式都可以查看任务编号、软件名称和状态等信息。点击任务编号，就可以进入到任务详情页面，展示的是任务参数和结果文件列表2个区域，提供结果文件下载。

结果文件只包括pdf格式的metacoder分类学树图。

Metacoder分类学树图可以通过在线调整图片区域使用数据布局参数、颜色参数和字体参数三个模块在线调整图片。

• 数据布局参数：节点初始布局方式、整体布局方式、清晰度、图片尺寸、节点标签范围（选择不同的节点布局方式和整体布局方式，会得到不同展示形态的树）

• 颜色参数：调整热树的取值范围、节点颜色区间（此处的节点颜色区间是对中位数比例差异取log-2，一般填入的是正负整数值）

• 字体参数：行列标签大小、主标题大小、节点大小轴标签名、节点颜色轴标签名，同时可以自定义主标题（节点大小轴标签名和节点颜色轴标签名是该R包的默认设置，此处建议不做调整）

调整完成之后点击绘制，就可以个性化定制需要的metacoder分类学树图啦，在下载区域云平台提供了pdf，png和tiff三种格式的图片文件，老师可以根据自己的需要进行下载，这么炫酷的图助你的文章发不停~

图5 Metacoder分类学树绘制示例图

图例说明：

• 左下角灰色树作为未标记的参考树，树上展示了每个分类层级的具体名称；

• 右侧的色阶和标尺分别代表中位数比例的log-2值和OTU数量；

• 着色的图片展示的是两组比较的显著差异物种。

凌波微课·云平台，是凌恩生物继凌波微课（http://www.biomicroclass.com/）之后，倾心打造的一款高通量测序数据的小工具分析平台。

告别晦涩难懂的编程命令行，零基础也能玩儿转科研！

只需登录凌波微课官网，点击进入“微课云”，注册成为微课云会员，即可免费使用微课云，开展您的生信美图之旅~

还想解锁更多绘图技能，那就快来凌波微课·云平台（http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/home），分分钟拥有自己的科研美图！

视频操作看了还有疑问？关注“凌波微课”公众号，加入凌波微课交流群吧！独乐乐不如众乐乐，和微课小助教，更有老师同学们一起交流学习！

往 期 精 彩

Wang Qi Jing Cai

凌波微课，创意于2020年不平凡的春天，由高通量测序及组学研究领域从业近十年的技术团队精心打造。

凌波微课的讲师们，实战经验丰富，旨在通过在线微课程及线下交流，帮助科研学生及科研工作者们由简入繁，掌握科研思路及生信分析的实际操作。倾心打造的高通量测序数据分析平台——凌波微课·云平台（http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/home），无需命令行，零基础玩转数据分析。凌波微课，用心服务科研用户，打造专业教育品牌，助力科研提升。

关注我

发现更多精彩

关注凌波微课公众号，回复“入群”，即可加入凌波微课课下交流群，更多干货等你呦！