绘制manhanttan图

曼哈顿图（manhattan plot），是一种类似曼哈顿摩天大楼排列的一种展示图。如下图所示。

manhattan图即模拟曼哈顿高低起伏的摩天大楼而成，类似一种条形图。通过条形的高比展示数据的变化。在生物和统计学上，在做频率统计、突变分布、GWAS关联分析的时候，经常需要绘制manhattan图，用来展示每条染色体上SNP的分布及频率变化，能够对候选位点的分布和数值一目了然。

在R中，可以利用qqman包来绘制Manhattan图，Plink软件的输出结果可以直接作为输入数据进行绘图。

install.packages("qqman")
library(qqman)
library(RColorBrewer)
str(gwasResults)

head(gwasResults)

输入文件主要包含四列，分为别：SNP编号，染色体编号，位点坐标，Pvalue。

案例一：直接绘图

manhattan(gwasResults)

案例二：设置一些参数

manhattan(gwasResults, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 10), cex = 0.6,cex.axis = 0.9, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = F, genomewideline = F,chrlabs = c(1:20, "P", "Q"))

案例三：换个好看的颜色
number <- length(unique(gwasResults$CHR))
set.seed(888)
yanse <- sample(colors(),number,replace = F)
manhattan(gwasResults,col = yanse,main = "Manhattan Plot")
案例四：高亮显示部分SNP结果
snpsOfInterest
manhattan(gwasResults, highlight = snpsOfInterest)
案例五：添加SNP注释
manhattan(gwasResults, annotatePval = 0.01)

manhattan(gwasResults, annotatePval = 0.005, annotateTop = FALSE)    

更多内容可以查看manhattan与qqman的帮助文档  
help("manhattan")
vignette("qqman")

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