生信分析平台搭建（八）：利用Synaptic安装生物软件

编者按

如果不喜欢使用bioconda，想使用图形化界面安装生物软件，可以选择使用新立得软件管理工具，目前里面已经集成了很多生物软件，我一直认为如果有一天生物软件安装能像App Store安装应用一样就好了，新立得软件管理工具就是这样的雏形。其实，它别App Store历史要悠久。

接前面：

一、准备工作：手把手教你生信分析平台搭建（一）

二、安装Linux系统：生信分析平台搭建（二）：安装Linux系统

三、系统设置：生信分析平台搭建（三）：系统设置

四、共享文件夹：生信分析平台搭建（四）：共享文件夹

五、个性化设置：生信分析平台搭建（五）：个性化设置

六、系统配置：生信分析平台搭建（六）：系统配置

七：bioconda：生信分析平台搭建（七）：bioconda

十二：利用Synaptic安装生物软件

1、安装Synaptic

apt install -y synaptic  #安装新立得

2、启动ubuntu菜单，搜索Synaptic，或者直接在命令行敲synaptic命令启动软件。需要输入root密码。

3、软件左侧是分类类目，可以首先选择软件类目，缩小范围，在从中选择需要的内容，也可以直接进行搜索。

4、其实软件管理的就是/etc/apt目录下sources.list中的软件源，可以额外添加，如果有一个专用的生物软件源，像bioconda一样，就太方便了。

5、在新立得软件的Science选项卡中可以找到非常多的生物软件，选中安装即可，可以自动安装依赖，像App Store安装App一样方便。

6、可以从中找到bwa，blast，blat，bcftools，bedtools，bowite2，phylip，clustalW，NCBI系列，samtools，seqtk等等，总之非常非常多，选中安装即可，非常方便。

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