未来,我需要这样一款基因搜索引擎
编者按
随着测序数据的爆炸式增长,越来越多的物种基因组被测序输出,目前需要数据解决存储和计算的问题。不过随着越来越多计算机硬件厂商的加入以及云计算的发展,数据存储和计算问题稍微缓解。基因数据解读成为目前最为严峻的考验,如何才能读懂基因组这部“天书”。今天,我们就回到未来,设计一款未来的的基因搜索引擎。
1、首先,它需要支持中文,虽然我英文很好,但是毕竟生物医学相关专业术语太多。
2、不接受竞价排名,比如将一些与搜索内容不相关基因排到前面。
3、不接受广告赞助,很多基因会与固定表型和疾病相关,不能在相关基因页面中展示相关产品,比如黑色素表达高的基因中推荐美白护肤产品。
4、支持基因序列,基因ID,rsID,表型信息等搜索,比如输入乳糖,返回MCM6相关基因信息。
(图片摘自wegene:https://www.wegene.com/demo2/male/detail/5)
5、能够根据输入基因型信息,关联表型相关信息,并进行解读,例如与酒精代谢相关基因示意图。
(图片摘自基云惠康:http://www.genekang.com/demo/index/alcohol.html)
6、给出基因型频率分布,看看自己是否是沉默的大多数,例如与乙型肝炎相关基因STAT4上的rs7574865突变位点在人群中的分布比例。
7、给出参考资料,例如该基因相关文献信息。
8、提供基因社交功能,将与我基因型相似的人进行关联。
(图片摘自Ancestry:https://www.ancestry.com/)
其实基因搜索还有更多的可能性,关键还是需要更多的解读信息,当然,这需要更多人的努力,你愿意加入进来吗?如果你想为这款未来产品贡献自己的力量,那么机会来了。
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