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生物信息神奇网站系列(十):生物数据库集合

2018-02-20 王通 基因学苑

编者按

生物软件与生物数据库是做生物信息两大利器,前面我们介绍了生物软件集合网站omictools与mybiosoftware。这次介绍一个生物数据库的集合。Nucleic Acids Research Database。

专栏一:手把手教你生信分析平台搭建专栏合集

专栏二:

生物信息神奇网站系列(一):R绘图Gallery

生物信息神奇网站系列(二):Python绘图Gallery

生物信息神奇网站系列(三):Seqanswers

生物信息神奇网站系列(四):Biostars

生物信息神奇网站系列(五):文件格式解析

生物信息神奇网站系列(六):Omictools

生物信息神奇网站系列(七):Mybiosoftware

生物信息神奇网站系列(八):SCI-HUB

生物信息神奇网站系列(九):批量下载序列


十:生物数据库集合

http://www.oxfordjournals.org/nar/database/cap/

OXFORD Journals 在线页面包含一个常用数据库的页面。里面收集了大量生物学常用的数据库内容。数据库按照功能进行分类,可以在oxfordjournals.org找到需要的数据库。


1、登录网站,里面会列出很多数据库的名字,点击名字就会链接到对应的数据库。

2、右上角是数据库的分类,包括Compilation Paper,Category List,Alphabetical List,
Category/Paper List,Search Summary Papers,NAR Database Summary Paper等。


3、选择按照Category List进行分类,方便快速找到需要的数据库。


4、也可以选择按照字母顺序进行分类,那么最开始列出的就包括常用的16S和23S的数据库。


5、Nucleic Acids Research database 每年都会对数据库进行更新,然后发表一篇总进行文章,其实更像一个报告。点击Compilation Paper就会看到。


总结:这个网站可以让我们快速方便的找到需要的数据库,但其实生物数据库太多既是好事也是坏事,好的方面是可选的资源很多,不好的方面是数据库存在大量的冗余和分散。同一个基因,在不同的数据库中采用不同的ID,非常的混乱,给使用者带来了很大的学习成本。



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