生信平台搭建（十八）：docker安装与使用

我们默认使用的是CentOS系统，如果有些软件只支持ubuntu系统，这个改如何解决呢？还有就是很多软件依赖环境会相互干扰，比如需要不同版本依赖？这些情况下可以使用虚拟机，不过传统的虚拟机都过于臃肿，占用过多资源，docker就在这种情况下应运而生。docker属于轻量级的虚拟机。这样就将各个应用程序相互独立，每个应用程序打包成一个docker虚拟镜像。可以说，docker可以解决所有问题，但是docker运行起来比较麻烦。

安装Docker

#1、搜索docker
yum search  docker
#2、安装
yum install -y docker.x86_64
#3、启动服务
systemctl start docker.service

添加用户到docker组

默认docker只能管理员账号使用，如果想让其他用户一起使用，需要将用户名添加到docker组中。

#1、创建docker组
groupadd docker
# 2、将用户加入docker用户组
usermod -aG docker ${USER}

Docker使用

#1 搜索镜像
$ docker search ubuntu
INDEX       NAME                                                                DESCRIPTION                                     STARS     OFFICIAL   AUTOMATED
docker.io   docker.io/ubuntu                                                    Ubuntu is a Debian-based Linux operating s...   9650      [OK]       
docker.io   docker.io/dorowu/ubuntu-desktop-lxde-vnc                            Docker image to provide HTML5 VNC interfac...   311                  [OK]
docker.io   docker.io/rastasheep/ubuntu-sshd                                    Dockerized SSH service, built on top of of...   223                  [OK]

2、安装官方ubuntu镜像

docker pull  docker.io/ubuntu

3、运行

$ docker run -it ubuntu
root@432931cdaf33:/# 

这个时候就进入了docker的虚拟环境中，这是一个基本的ubuntu系统，可以使用apt工具来下载了，不过这是一个精简的系统，很多配置还需要单独安装。
4、挂载目录

docker run -v /ifs1/Software  -it ubuntu

5、保存镜像

docker commit <container_id> <image_name>

安装生物软件

有很多生物软件都有docker版本，可以直接利用docker进行搜索安装，例如qiime2，bioconductor都有docker版本。
https://docs.qiime2.org/2019.4/install/virtual/docker/

#1、搜索qiimer2
docker search qiime2
#2 安装qiimer2，2.575G，下载较慢
docker pull docker.io/qiime2/core
#3 运行软件
docker run -t -i -v /ifs1/Software/:/data docker.io/qiime2/core  qiime

想要了解更多内容，可以自行学习docker技术。

---------- END ----------

（添加作者微信，请注明单位姓名）

您可能还会感兴趣的