生信平台搭建（十九）：搭建私有在线blast

服务器里已经安装完了blast+，以及下载了NCBI的数据库，其实就可以搭建一个私有的在线blast了，这个工作并不难。我们现在就可以在这个小的云服务器行构建出来，只需要配置要固定的网络程序即可，提供在线blast界面的程序包括viroBlast，SequenceServer以及wwwblast，这里我们来安装以下viroBlast。

viroBlast

viroblast是一款在线提供blast的工具，也就是你在服务器上安装配置好这个软件，然后别人就可以通过浏览器IP地址使用你的blast了。这款软件并不是免费的，学术使用可以申请免费，如果是商业用途，需要付费。我们这里安装github行发布的版本。
官网：https://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/viroblast.php
https://github.com/MullinsLab/ViroblastStandalone

配置网络环境

因为要通过网络访问，所以，首先需要配置网络环境，CentOS以ubuntu都有成熟的网络环境搭建，只需要几条命令即可。
1 安装网络环境

yum install -y httpd httpd-devel
systemctl start  httpd
systemctl enable  httpd
yum install --skip-broken -y php*

2 开启80端口

firewall-cmd --permanent --zone=public  --add-service=http
firewall-cmd --permanent --zone=public  --add-service=https
firewall-cmd --reload

3 通过浏览器访问IP地址测试

安装 viroBlast

# 下载 viroblast
git clone  https://github.com/MullinsLab/ViroblastStandalone.git
# 将整个目录拷贝到网络浏览目录下
mv viroblast /var/www/html/

通过浏览器访问viroBlast

构建 blast 数据库

现在已经完成基础配置，就差最后一步，配置blast数据库了，blast数据库的构建也并不难，只需要采用使用一个fasta格式文件建库即可，可以是核酸序列也可以是氨基酸序列。viroBlast默认带了一个test文件，不过这里我们使用nt库和nr库做为演示。

$ cd /var/www/html/viroblast/db
# 1 构建nt库
cd nucleotide/
/ifs1/Database/nt/nt ./ 
makeblastdb -in nt -out nt -dbtype nucl -parse_seqids

# 2 构建nr库
cd protein/
/ifs1/Database/nr/nr ./ 
makeblastdb -in nr -out nr -dbtype prot -parse_seqids

修改配置文件

viroBlast的配置文件在安装目录下的viroblast.ini文件中，我们可以对viroBlast默认行为进行修改，例如修改所使用的blast程序脚本或者数据库名字等。

# 配置 blast+ 路径
blast+:/ifs1/Software/bin/
# 配置数据库
blastn: nt => Nucleotide NT database
blastp: nr => Protein NR database
blastx: nr => Protein NR database
tblastn: nt => Nucleotide NT database
tblastx: nt => Nucleotide NT database

---------- END ----------

（添加作者微信，请注明单位姓名）

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