这个问题我回答超过1000遍

你能想象同样一个问题被问过1000遍以上，而我依然还能保持身心健康，这是如何做到的。我再也不想回答关于“command not found”的问题了。而且，有些人问问题能不能考虑下别人的感受，你截图就截那么一小条，让别人怎么看，你是怕费我流量吗？这是保密的工资条吗？要不你自己在手机上尝试看看是一种什么体验。

command not found

这个错误也是Linux系统操作中经常出现的问题。一种原因是命令写错了，比如单词拼错了，或者大小写写出了，或者把命令和选项写在一起了。另外一个原因就是没有将命令所在目录，添加到系统目录中。
操作系统是如何识别哪些命令可以使用，哪些不能使用呢。它是使用环境变量的方法。系统会内置一个PATH变量，它是Linux系统中的一些特殊目录，比如目录a，b，c，也就是索引的目录。当你敲一个命令的时候，比如bwa，操作系统会首先在a目录中搜索，是否有名字为a的可执行文件，如果没有，就继续到b目录中搜索，以此类推搜索c目录，如果所有目录中都没有，那么就提示“command not found”。

PATH变量

PATH变量是Liux系统默认程序路径，当在命令行敲命令时，系统会从PATH变量中设定的目录中查找程序，which命令搜索时也会从PATH变量中进行搜索。

echo $PATH
which bwa

修改PATH变量,将“/ifs1/Software/bin/”添加到PATH变量里

grep "PATH" ~/.bashrc
vi ~/.bashrc
export PATH="$PATH:/usr/bin:/ifs1/Software/bin/:$PATH"
source ~/.bashrc

创建程序快捷方式

cd /ifs1/Software/bin/
ln -s /ifs1/Software/biosoft/bwa-0.7.17/bwa ./

---------- END ----------

（添加作者微信，请注明单位姓名）

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