生物信息学常用名词解释（五）

在生物信息中会出现很多的特殊名词，从这次内容开始，我们将逐渐推送一些生物信息相关的一些名词解释。

进化：在生殖过程中，遗传物质发生重组和突变，使亲代和子代以及子代不同个体之间出现变异的现象称为进化（evolution)。

微进化：又称种内进化(microevolution),是由突变,遗传漂变,基因流和自然选择导致的等位基因频率的改变。

趋同进化：convergent evolution，不同的生物，在相同或相似的环境条件下，逐渐具有相似性状的进化过程。

平行进化：parallel evolution，来自共同祖先的两个生物类群，在不同生态环境中产生性状分异，后又因生活于相似生态环境而产生相似性状的进化方式。

遗传漂变（genetic drift）：对于所有有限大小的种群来说，由于小样本抽样的基因数量有限而导致种群的等位基因频率在世代间发生变化的现象

遗传重组 genetic recombination ：指分别来自两个亲本的基因连锁群间所产生的交换，形成两个亲本所没有的连锁群组合，产生具有重组性状的后代（重组体）的现象。

Ka/Ks：在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异义替换（Ka）和同义替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。异义替换导致氨基酸的改变，而同义替换由于密码子虽然改变，但是仍旧对应的是同一氨基酸。由于异义替换往往对于生命体有害，所以在纯化选择的作用下，异义替换常常会在群体中被逐渐消灭。

进化树：英文Evolutionary Trees。在生物学中，用来表示物种之间的进化关系，又称“系统树”、“系谱树”。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。

分子树(molecular tree)：依据分子数据构建的反映分子系统发育的树。

系统发生树（英文：Phylogenetic tree）：又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

基因树(Gene tree):  当一个分子系统树是根据某一个基因数据构建而来的,称为基因树.

物种树(Species tree): 是指代表一组物种进化过程的系统树，映物种实际种系发生的树

MP 最大简约法（maximal parsimony）：假设4种核苷酸或者20中氨基酸可以突变为与其自身不同的任何一种，这样对于任何一个给定的拓朴结构，可以推断每个位点的祖先状态。对这一拓朴结构，可以计算出用来解释整个进化过程所需核苷酸或者氨基酸的最小替代数。对所有可能正确的拓朴结构进行这种计算，并挑选出所需替代数最小的拓朴结构作为最优系统树。

NJ 邻接法（neighbour joining）：是距离法中的一种，这种方法并不检验所有可能的拓朴结构，但在物种聚合时要应用最小进化原则。

ML 最大似然法（ maximal likelihood ）：在ML法中，以一个特定的替代模型分析既定的一组序列数据，使所获得的每一个拓朴结构的拟自然率最大，挑选出其中拟自然率最大的拓朴结构作为最终树。

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