fasta格式文件处理大全（三）

前面我们介绍了fastq格式文件的处理，大概有20多个案例，掌握了这些案例，后面拿到fastq格式之后就可以根据需求，使用合适的软件工具进行处理了，从这次内容开始，我们将逐渐介绍fasta格式文件的处理。相比于fastq格式，fasta格式处理更加容易。

9 排序

如果想按照序列从大到小或者从小到大顺序进行排序，可以使用seqkit sort功能。

seqkit sort -l -r gene.fna | less -S

10 按照长度过滤

如果想按照序列长度过滤，例如过滤掉长度小于1000bp的序列，可以使用seqtk或者seqkit的seq功能，seqkit seq 还可以过滤掉大于某一长度序列。

#过滤长度小于1000bp序列
seqtk seq -L 1000 gene.fna
seqkit seq -m 1000 gene.fna
#过滤长度大于1000bp序列
seqkit seq -M 1000 gene.fna

11 反向互补

如果想取一条fasta序列的反向互补序列也非常容易，seqtk和seqkit都可以直接完成。其中seqtk是一步完成反向互补操作，seqkit可以单独取反向序列，也可以单独取互补序列。

#原序列
$ cat test.fasta 
>test
TTGACCGATGACCCCGGTTCAGGCTTCACCACAGTGTGGAACGCGGTCGTCTCCGAACTTAACGGCGACCCTAAGGTTGA
#seqtk取反向互补序列
$ seqtk seq -r test.fasta 
>test
TCAACCTTAGGGTCGCCGTTAAGTTCGGAGACGACCGCGTTCCACACTGTGGTGAAGCCTGAACCGGGGTCATCGGTCAA
#seqkit取反向序列
$ seqkit seq -r test.fasta
>test
AGTTGGAATCCCAGCGGCAATTCAAGCCTCTGCTGGCGCAAGGTGTGACACCACTTCGGA
CTTGGCCCCAGTAGCCAGTT
#seqkit seq 加-r -p同时取反向互补序列
$ seqkit seq -r -p test.fasta
>test
TCAACCTTAGGGTCGCCGTTAAGTTCGGAGACGACCGCGTTCCACACTGTGGTGAAGCCT
GAACCGGGGTCATCGGTCAA

12 转化大小写

如果想将碱基切换大小写，也非常容易。

seqkit seq -l gene.fna| head
seqkit seq -u gene.fna| head

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