bam格式文件处理大全（四）

sam文件是短序列比对生成的文件，是二代测序中最核心的文件。在RNAseq，变异检测等分析中，都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二进制格式，转换为二进制之后，可以减小文件的存储。掌握sam/bam文件的操作是处理二代测序数据的非常重要的内容，例如sam与bam的转换，排序，建立索引，reads计数等等操作。

16 统计bam并绘图  

samtools stats  A1.sorted.bam  >A1.stats  
plot-bamstats -p test  A1.stats 

17 过滤数据

sam或bam文件包含了所有测序数据与参考序列的比对情况，包括没有比对上的，有时候需要比对完，将数据进行过滤，例如，将没有比对上的reads输出出来，或者将比对上的reads输出出来，这些操作都可以通过samtools view功能进行处理。view功能中包含了-f与-F选项，可以对比对进行过滤，给定flag值即可。

#将没有比对上的reads筛选出来
samtools view -f 4 A1.sorted.bam
#将比对上的reads输出出来
samtools veiw -F 4 A1.sorted.bam

18 输出比对fq或fa  

samtools view过滤输出的是sam或者bam格式，有时候需要输出fastq或者fasta格式，samtools可以很方便的进行处理。samtools fastq可以直接输出fastq格式，这样数据可以直接进行拼接，samtools fasta直接输出fasta，这样可以直接进行blastn比对。注意，如果输出的不是成对比对的结果，就无法进行转化为reads1与reads2，而只能是一个文件。

samtools fastq A1.sorted.bam -1 A.1.fq.gz -2 A.2.fq.gz -c 6  

19 tview  

samtools 也可以通过自带的tview功能查看每个位点的细节，使用起来并不难，首先需要排序建立索引的reads，然后是建立索引的参考序列。

samtools tview A1.sorted.bam  
samtools tview A1.sorted.bam ref.fna  

20 tablet 可视化

tablet可以可视化bam文件，输入文件为排序建索引的bam以及建立索引的参考序列，和samtools tview输入文件一致。tablet工具支持windows，Linux，macos等多个版本。

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