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Cell:谢晓亮联合光遗传学之父,发布小鼠脑皮层和海马发育转录组及3D基因组图谱
iNature 报道
哺乳动物基因组的转录和三维(3D)结构在神经发育及其疾病中都起着至关重要的作用。但是,单脑细胞的3D基因组结构尚未解决。出生后对单细胞转录组和3D基因组的动力学知之甚少。
2021年1月22日,北京大学谢晓亮团队与Karl Deisseroth团队合作在Cell 在线发表题为“Changes in genome architecture and transcriptional dynamics progress independently of sensory experience during post-natal brain development”的研究论文,该研究通过对数字转录组学(MALBAC-DT)和二倍体染色质使用高分辨率的基于多重退火和循环的扩增循环,生成了发育中的小鼠皮质和海马体的转录组(3,517个细胞)和3D基因组(3,646个细胞)。
在成年人中,3D基因组“结构类型”描绘了所有主要细胞类型,染色质A / B区室与基因表达之间具有高度相关性。在发育过程中,转录组和3D基因组均在出生后的第一个月被广泛转化。在神经元中,3D基因组跨尺度重新连接,与基因表达模块相关,并且与感觉体验无关。最后,该研究检查了印迹基因的等位基因特异性结构,揭示了局部和染色体(chr)范围的差异。这些发现揭示了神经发育的未知维度。
来源:inature
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