【最全】新版PubMed检索攻略
The following article is from R语言统计与绘图 Author 段小麻
Pubmed改版以后，小榴莲发过两期的教学内容：
这一期为大家准备了一个更全的检索攻略，需要的小伙伴抓紧收藏奥。成为科研大神从学会检索开始吧。（这么好的干货一定要转发！）
今天以新版PubMed来演示怎么实现PubMed快速检索以及怎么追踪文献。
目 录
1. PubMed检索规则
1.1 布尔逻辑词
1.2 截词符
1.3 限定词
1.4 检索字段标识符
2. PubMed检索方式
2.1 基本检索
2.2 高级检索
2.3 主题词检索
2.4 作者检索
3. 查全率和查准率
3.1 含义
3.2 提高文献查全率
3.3 提高文献查准率
4. PubMed文献追踪
4.1 PubMed网站追踪
4.2 创建RSS追踪
我们常说的文献检索通常是指狭义文献检索，是指通过构建检索式(包括制定检索词、使用运算符、设置筛选项等)，从文献储存系统中查找目标文献的过程。
在PubMed中进行检索前，先讲讲PubMed支持的各种检索规则，知道了这些规则后，对学习PubMed检索大有帮助。
1. PubMed检索规则
1.1 布尔逻辑词
用于表达检索词与检索词之间的逻辑关系的运算符。常见的逻辑关系词有3个：AND、OR、NOT。
注意事项：
检索运算符AND、NOT、OR必须大写； 默认检索词之间的"空格"为"AND"检索； 布尔运算是从左至右运行，可以通过括号来改变运算顺序；
1.2 截词符
截词检索是取检索词的一部分，加上截词符号一起进行检索，这种方式解决检索词的单复数、词尾变化、同一词的拼法变异等问题。
PubMed支持截词检索，常用的截词符号为：* 代表零或一个以上字母；？ 代表零或一个字母。
截词检索只针对单个词，而对词组无效，如：bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。
截词符既可以放在检索词之前，也可以放在词语中间，或词语最后。
1.3 限定词
限定检索通过将检索词限定在一个或多个特定字段中，来减少搜索结果。
常用的限定检索符号为：双引号""，其表示强制检索，这个跟谷歌、百度等搜索引擎中的强制检索是一样的。
跟截词符不同，使用双引号进行强制检索可以应用于某个单词，也可以用于词组。
注意：所有的检索符号都必须是英文状态下输入。
1.4 检索字段标识符
可以在检索词后面加上字段标识符来指定检索词的含义，从而实现精确检索。
常用的检索字段标识符如下：
2. PubMed检索方式
在PubMed中，常用的文献检索的方式有以下几种：
基本检索 高级检索 主题词检索 作者检索
2.1 基本检索
基本检索是PubMed最常用的检索方式。
在PubMed基本检索框中输入检索词，点击Search即可检索文献。
比如在检索框中直接输入Acute Kidney Injury prediction model，点击检索。
在结果界面左边可以选择筛选条件来精确检索，比如说精炼文献类型、出版年份等等。
在进行基本检索时，可以在检索词后加上截词符号、字段标识符或布尔逻辑符等进行精确检索。
比如说检索具体某一篇文献，在文献标题后加[TI]可以限定检索文章标题。
2.2 高级检索
基本检索只适用于一般的检索，如果需要详细的更复杂的检索某一方面的文献，可能需要高级检索。
通过搭配不同的字段标识符和布尔逻辑词，可以实现更精确的检索。
2.3 主题词检索
主题词检索也是PubMed常用的检索方式。主题词检索一般包括主题词和副主题词两部分。
首先在进行主题词检索前，我们需要知道什么是主题词，什么是副主题词，以及从哪里可以查询主题词。
主题词是将文献研究的主要论点概括成(标引)一个或多个规范化的语词。
副主题词是对主题词的某一特定方面的限定，具有专指性。在进行主题词检索时可以根据需要添加副主题词，可以添加多个，也可以不添加。
主题词在哪里查看？
在PubMed检索框右下角点击MeSH Database进入主题词数据库。
输入检索词，点击搜索，即可进入主题词结果界面。
如下图所示，Acute Kidney Injury就是我们要找的主题词。
点击Acute Kidney Injury后，进入主题词界面，在这个界面可以查看副主题词以及该主题词的其他信息。
在下图，我们还可以查看该主题词的上下级主题词。
我们可以选中多个副主题词，也可以不选择，点击生成检索式，在点击下面的检索，即可检索文献。
如下图，我们选择Acute Kidney Injury作为主题词，选择epidemiology、etiology和mortality这三个词作为副主题词，使用OR逻辑词连接，主要检索AKI临床相关的文献。
在生成的结果中，还可以使用筛选条件进行缩小范围。
2.4 作者检索
在进行作者检索时，需注意文献中作者名字显示方式和PubMed检索库中作者名字显示方式是不一样的。
文献中的名字显示方式：名在前，姓在后；
PubMed数据库中显示：姓在前，名在后。
因此在PubMed中进行作者检索时需考虑上述差异，构建检索式时应把姓放在前面。
我们在进行作者检索时，一般是检索导师或者某一领域的大牛，看看发表了多少篇论文等。在检索时需注意中国人姓名有些是三个字的，比如说张三丰(Sanfeng Zhang)，在PubMed文献库中名字可能存在两种格式，Zhang sf OR Zhang s。检索时两种格式都要考虑检索。即：Zhang sf[au] OR Zhang s[au]。
另外可以考虑在进行作者检索时，添加作者机构检索词进行更精准的定位，但是考虑到院校重组合并以及跳槽等情况，所有在添加现机构检索词时需考虑以前机构的名称。
3. 查全率和查准率
3.1 含义
在进行文献检索前，我们需要明白进行此次文献检索的目的，是希望查出来的文献更多些，还是希望查出来的文献更精准些。
这就涉及到一个查全率和查准率的问题了。
查全率=查出来的相关文献/文献库中全部相关文献
查准率=查出来的相关文献/查出来的全部文献
查全率和查准率一般不可兼得，在文献检索中是需要查全率高些还是查准率高些看各自要求。
3.2 提高文献查全率
3.2.1 挖掘隐含检索词
就拿急性肾损伤而言，急性肾损伤在10多年前并不叫急性肾损伤，而叫急性肾衰竭、急性肾功能不全等，如果在文献检索中单纯只检索急性肾损伤，可能就检索不到急性肾衰竭和急性肾功能不全的文献。
再比如说预测模型，预测模型的叫法有很多种，预测模型、预测分数等，在检索预测模型文献时应考虑到不同的名称。
以下都是预测模型相关的文献，叫法不一。
除了从文献中挖掘隐含检索词外，还可以从辅助工具如CNKI翻译助手、导师同学交流、主题词检索等方法中挖掘。
3.2.2 熟练使用各种检索规则
如上所示，文献中预测模型有很多名称，但是这些名称都有一个共同点，都有predict这个词，可以考虑在检索的时候添加截词符号，如前面所说，可以使用predict*这个检索词。
在检索时也可以使用不同的字段标识符或布尔逻辑词OR来调整文献检索结果。
还可以检索不同的数据库来获得更多的文献。
3.3 提高文献查准率
跟提高查全率不同，查准率是要缩小文献检索结果，去掉不相关的文献。
提高文献查准率的方法也有很多，比如说使用字段标识符如[TI]、[AU]、[TW]等，或者使用限定检索词如双引号进行强制检索。另外也可以减少截词符号的使用。
如果是使用主题词进行检索，可以在主题词中添加1个或多个副主题词来缩小范围。
4. PubMed文献追踪
4.1 PubMed网站追踪
PubMed除了提供文献检索功能外，还提供文献追踪功能，比如说我们通过检索式Acute Kidney Injury[ti]检索文献，我们需要知道以后这方面的新文献，希望PubMed网站可以发信息通知我们。按如下步骤操作，需注册PubMed账号：
这里设置简单易懂，自己根据需要设置，选择好上述设置后点击下方的保存就可以了。
4.2 创建RSS追踪
除了PubMed网站自己提供的文献追踪功能外，还可以使用RSS阅读器来追踪PubMed网站的文献更新结果。
使用RSS阅读器并不需要注册PubMed账号，但是需要下载RSS阅读器。
还是前面的例子，点击Create RSS来创造RSS链接，将这个链接复制到RSS阅读器中就行了。
讲实话，新版PubMed创建RSS的方式比旧版好很多。
至此，PubMed检索讲的差不多了。
哈哈，如果觉得推文不错，多多转发、点在看呀！！！
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