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生命信息与能量交叉路口的那个分子——磷酸基团的故事

鱼骨头段 生信者言 2022-03-29

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“ 稀有的磷酸盐分子在生物学中

起到中心作用。”


已故诺贝尔生理医学奖(1974年)得主克里斯蒂安-德迪夫曾经的这句话着实有些匪夷所思。


我们知道,磷元素在人体中所有元素中仅占约 1.4%,排在所有元素中的第五位;在生命活动的具体执行者——蛋白质身上,也几乎看不到它的身影。为什么克里斯蒂安.德迪夫认为磷酸盐分子才是生物学的中心呢?



要讲明白这个故事,可能要贯穿整个生命史。那就让我们从人类心灵的窗口——眼睛,来慢慢说起吧。


 五感之灵


第一次见到视锥细胞与视杆细胞的图片,差点以为见到了外星人跟常见的圆滚滚的细胞不同,它们极其细长,细胞核突兀的鼓在中间,前端是感光的细胞器。视锥细胞和视杆细胞都属于感光细胞,光线通过晶状体汇集到眼球后端的这些感光细胞上,再通过神经传递给大脑,我们就看到了图像。



但是,你知道感光细胞用来捕获光子的东西是什么吗?


没错,它们叫做视蛋白。目前认为一共有五类视蛋白与视觉有关,具体对于人类而已,主要是叫做视紫红质的一种蛋白。这些视蛋白存在于细胞膜上,在捕获光子前后会发生可逆的反应,从而将视觉信号传导下去。



视紫红质属于一个巨大的蛋白家族——G蛋白偶联受体家族,这个家族的具体大小尚未知晓,但是依据DNA序列的相似性,人们预测人类基因组中约有800个基因会编码这个家族的成员,这占了基因组中编码序列的4%。


这一家族如此的繁荣昌盛也侧面反映出G蛋白偶联受体的重要作用——它们是真核细胞膜上的感应器。G蛋白偶联受体目前一共被分为六大类,可以和各种各样的分子相结合,包括气味分子、激素、神经递质,甚至光子,然后通过一系列复杂的信号通路,将这些信息告知我们的身体。

从这个意义上来讲,我们能看到美丽的风景、尝到香甜的巧克力、美味的烤牛排、闻到芬芳的花香,全都要拜各类G蛋白偶联受体所赐。G蛋白偶联受体与G蛋白的组合是我们能感知这个世界的分子基础,它们共同掌管着我们的五感,是我们的五感之灵。


 0 与 1 的二进制


聪明的你一定能从G蛋白偶联受体这个名字中察觉到:一定还有一种蛋白叫G蛋白。


是的,G蛋白偶联受体与G蛋白是相伴相生的一套体系,G蛋白偶联受体接收到外界信号后,会导致与它相连的G蛋白α结构域中的三磷酸鸟苷(GTP)发生脱磷酸作用变成二磷酸鸟苷(GDP)。这一过程是可逆的,例如视紫红质在一次传递后的“休息期”大概有45分钟,然后就又加上了弹药(磷酸基团)。



这就像是一套简单的0/1信号系统,红灯停,绿灯行,利用鸟苷连接的磷酸基团的数量来表示不同的状态,从而影响其下游信号通路(一般是第二信使起作用)的开闭状态。


实际上,0/1这种信号系统是如此的简单有效,在细胞内的很多信号传导过程中都起着重要作用。


在非小细胞肺癌研究中的明星蛋白分子EGFR(表皮生长因子受体),其下游通路也是通过转移磷酸基团来实现的。顾名思义,表皮生长因子受体(EGFR)这种跨膜蛋白的功能是接受外界表皮生长因子的调控,通过它,细胞可以根据外界信号来决定是否要生长增殖。



但在有些情况下,例如EGFR基因发生了突变,从而使其内部的结构域处于常开状态,这样细胞就不受限制的增殖起来,从而导致了癌症的发生。有意思的是,磷酸基团(P)在EGFR上面是通过是否与酪氨酸激酶结构域结合来控制开关的,而在其下游的RAS基因处,却是通过GDP/GTP的转换来实现的。但是无论如何,通过一个传一个的转移磷酸基团这个高能小分子,一个一个的改变不同大分子的开关状态(1/0),细胞内部完成了信号的传递工作。



 生命原力


如果说GTP是生命领域的明星的话,那么它的哥哥——ATP(三磷酸腺苷)可以算得上是巨星了。在生命中,ATP是比GTP更重要、更无处不在的分子,它是生命的基本能量货币。在生命中几乎任何需要能量的场合,都是ATP在进行能量转移的功能,被生命所摄入的任何形式的能量——脂肪、糖类等等,都要先通过呼吸作用转换为ATP才能用于后续的代谢之中。



我们常说生命密码可以用ATCG四个字母表示。实际上,DNA/RNA这四个字母里面的A与ATP/ADP里的A是同一种东西,G与GTP/GDP里的G也是同一种东西。因此,对于T和C来说,也存在TDP/TTP和CDP/CTP的转换。但这两个嘧啶并没有那两个嘌呤在生命中的应用那么广泛。


嘌呤和嘧啶并不能连接成DNA或者RNA长链,它们还需要连上五碳糖形成脱氧核糖核苷(对于RNA来说是核糖核苷),然后五碳糖之间还需要通过磷酸键以形成DNA/RNA长链——这个过程也需要脱磷酸作用,没有高能磷酸键提供的能量,是没有办法形成长链的DNA或者RNA的。



DNA链的结构,base指代四种碱基,在DNA骨架的中心部位相互互补结合,而DNA的外部骨架则为交叉出现的脱氧五碳糖和磷酸基团。


实际上,ATP分子自己就能进行聚合反应,多个ATP分子发生聚合反应,可以形成ATP-AMP-AMP-AMP...的长链,眼尖的你肯定已经察觉到了:这就是真核mRNA头部的poly-A结构。ATP既可以作为基本能量货币,又是生命密码的关键字母,这似乎暗示着生命起源中能量与信息的同源性,在蛋白质出现之前很久,在DNA甚至RNA出现之前很久、ATP/ADP这样的分子系统就站在了能量与信息起源的共同起点。


 “ 没有能量供应和有效的利用能量的途径,原始代谢就不可能进行 ”

——克里斯蒂安.德迪夫


在星球大战系列电影中,“May the force be with you”(愿原力与你同在)的原力,被解释为“迷地原虫(midichlorians)”,明眼人一看就知道这是暗指真核生命的能量工厂,即生产ATP的地方——线粒体。


然而,并不是所有生命都有线粒体——细菌就没有。


这样想来,将ATP称为生命原力,甚至将这个实际供能,并传导信号的磷酸基团称之为生命原力,也许更加合适。




编辑:Anymore

文字:鱼骨头段


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