建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics。

1、对数据自动进行全方位质控，生成人性化的报告；2、过滤功能(低质量,太短,太多N......)；3、对每一个序列的头部或尾部，计算滑动窗内的质量均值，并将均值较低的子序列进行切除(类似

宏基因组流程软件与数据库合集（上）宏基因组流程软件与数据库合集（中）宏基因组流程软件与数据库合集（下）句句干货！一文读懂宏基因组binning9个模块＋40余款软件＋老司机辣评

2017年11月15日，科睿唯安（Clarivate

MetaGenoPolis的宏伟计划之一就是，从2015年起每年分析7000个样本，筛选200,000宏基因组克隆。为此，还成立了一个集中肠道菌群医疗、科研和生产于一体的人类肠道宏基因组中心。

Open输入NEXUS文件，然后通过菜单栏Network选择单体型网络构建算法，如常用的Median

阅读用时：全文共2部分，约1900字，约5分钟关键词：Perl语言，文件测试，目录操作上周在后台收到小伙伴的深情呼唤，所以晨光又来跟大家分享perl语言的知识点啦！现在我们的perl系列已经进行了6次知识点讲解，并配以两次实例讲解，大家是否已经可以自己写脚本了呢？那么问题来了！在读取和生成文件之前，我们需要判断目标文件是否存在，或者需要获取文件的权限等信息；另外，我们也会对工作目录进行创建和删除等操作，这就涉及到文件测试和目录操作的问题了。

c-Kit+干细胞特异性的遗传谱系示踪。结果发现，c-Kit+干细胞在成体心脏生理稳态和损伤修复过程中均不会分化形成心肌细胞，主要是通过血管新生参与心脏修复。此外，利用

美东时间11月13日，位于休斯顿的生物信息可视化云软件供应商Genialis公司宣布，完成种子轮融资230万美金。本次融资将主要用于加速该团队在美国的扩张和Genialis平台的商业化。生物云计算近年来发展快速，国外有SevenBridges

近年，单细胞RNA测序及其伴随的复杂计算方法，正在催化一场打破固有免疫学认知的巨大变革。10月份，单细胞研究领域迎来了两件大事。10月6日，Science推出特刊，聚焦单细胞测序技术；10月16日，被喻为可以与“人类基因组计划”相媲美的“人类细胞图谱计划”首批资助项目公布，两位发起者就是单细胞和计算生物学领域分量很足的女神Aviv

近几年，单细胞RNA测序及其伴随的复杂计算方法，正在催化一场打破固有免疫学认知的巨大变革。结合10月Science特刊综述与当前最新研究进展，生信者言整理了单细胞转录组与免疫研究的深度综述，内容分三篇，供大家参详，本文主要分享单细胞转录组技术在先天免疫研究中的应用。Science特刊

Kenny提出的方法原理相近，主要用遗传变异，也即是以基因型为基础。优势：通过使用基因型作为因果关系锚，避免Exposure–outcomemediation中可能出现的混淆和反向因果关系应用简单

上周，生信者言首先报道了人类基因变异与临床信息整合数据库VarCards发布的相关信息。VarCards整合60余个常用的遗传和临床相关数据库或工具，把基因变异、遗传与疾病、临床表型、人群突变频率乃至药物信息全部整合起来，为临床医师和科研工作者提供了极大便利。相关论文11月3日发表于Nucleic

本文授权转载自：诺禾生信剪接（Splicing，又称拼接），是一种基因重组现象，在分子生物学中，主要是指细胞核内基因信息在转录过程中或是转录后的一种修饰，即将内含子移除及合并外显子——内含子与外显子的名称是通用于编码基因的DNA及其转录后的RNA——是真核生物的信使RNA前体（precursor

2525年，也就是还有500年，星盟就要和人类宣战了。换句话说，我们只剩下不到500年的时间用来改造出斯巴达战士。想要改造出斯巴达战士，必定要先详细的了解我们人类细胞的细胞核是啥样的，而要搞清楚啥样，首选肯定是对细胞核进行成像。先不说人类现在生物成像技术如何（当然和星盟们的科技差远了），我们就来看看众多生物科研人士对于成像的拙劣的态度。下图呢是某著名杂志最近的某篇文章里面染的细胞核（DAPI染色），恕我直言，我用我手机对着一台普通二手显微镜的目镜都能拍得更好。我猜，作者大概用的是苹果产品，所以才会拍成这个样子。基于染料的细胞核成像可以说是非常非常简单的了，把细胞一杀，然后染料一染，就可以到显微镜下拍了，比泡方便面还简单。但是，要拍到一张品质极佳的细胞核，真的要是有这么简单就怪了。私以为，想要拍到一张极好的细胞核，你需要选择正确的固定方法，选择一台高级的显微镜，最重要的是你需要买一台微软的surface。N天前，我尝试了六种不同的固定方法（固定的是HeLa细胞，用Hoechst

11.11，不要买买买！只要送送送！生信者言最最重要的两个栏目：生信者言和果然科学，一个玩生信，一个玩科普。因此，今天双11，我们把电子书，又又又扩充了！生信＋科普，六十本免费送！生信电子书，内容涵盖R、Python、Perl、Shell与linux，中英版本的都有，并给出了个人的学习建议，供大家参考。科普电子书，看大家口味，还有一些来不及整理的，大家想看什么可以在文末留言。目

虽说男女平等，但在科学研究中"男女"的性别差异还是会给研究结果带来不同的影响。如果忽略性别差异，研究结果可能会被“误导”。2017年6月，发表在Nature

运动的好处不必多言，但如果你的生活方式是“能坐着绝不站着，能躺着绝不坐着”，那你肯定是与运动带来的好处无缘了。于是你下决心要开始锻炼，可你又担心自己很快就累得不行，泄了气！你是不是想过，在不跑步、不游泳、不骑单车的情况下获得运动带来的好处那该多好！以前我可能会说你想得美，但是科学家们也在思考这个问题，于是你的想法有了变成现实的可能。Cell

Sulston教授发起，威康信托和英国医学研究委员会共建，是世界上最为知名的基因测序中心之一，也是基因组学领域的领导者之一。为庆祝2018年即将到来的25周年纪念，Sanger研究所近日推出25

基因变异信息的临床解读，了解基因变异与疾病之间的关系，一直是人基因组测序在临床应用中的巨大挑战。为了充分了解基因变异相关的遗传和临床信息，临床医师和遗传学家往往需要查阅十几个甚至几十个网站，这个过程费时费力也容易遗漏一些重要信息。

ONEdna2017年4月，Prenetics与汇丰保险香港

做分析的时候，经常会遇到一些SVG格式的图片，但SVG格式的图片并不能插入到Word文档中，并且需要按照期刊要求修改，怎么办？SVG格式是一种矢量图格式，用一般的图片查看工具打不开，用Adobe

关联分析中对群体结构进行校正。目前用于主成分分析的数据主要为高密度的SNP标记，其主要思想是将多个线性相关的变量(SNP)，通过一系列矩阵转换，变成少数几个变异解释度大的线性无关变量(特征向量)。1

新闻速递2017年10月31日，“2017年中国科技论文统计结果发布会”在北京国际会议中心举行。大会发布了2016年中国科技论文整体情况、中国卓越论文统计、中国高校创新发展等报告，其统计和分析研究成果得到学术界广泛关注。中国科学技术信息研究所自1987年以来，每年以发布会形式向社会公布中国科技论文统计结果。1.

；“闹鬼（haunted）”突变体只能观察到头部；“木乃伊（mummy）”突变导致口齿分化不全，等等。野生型和dib基因突变体、sed基因突变体

MMP）就是一个很好的例子。继在HMP中承担部分菌群生信分析工作后，科研工作者们发现了肠道菌群与代谢类疾病，包括内分泌异常和肥胖等，有非常紧密的联系。在MMP中，密歇根大学和Howard

【果然科学】一个聚集有为青年、分享好玩的生命科学知识的科普品牌，给你鲜活的谈资、装X的利器！“生物体是基因创造的生存机器。生命短暂，基因不朽。”——理查德·道金斯

转眼我们perl零零八系列已经有了五次知识点讲解，并配以两次实例精讲。不知道大家是否已经开始自己写脚本啦？在上一节Perl编程课程中，我们介绍了Perl字符串操作，并结合一个实例进行讲解。从该实例中我们可以看到，Perl程序一般会有输入和输出文件，而且会用到while等循环结构。这一期，我们就来详细说说输出、输出和控制结构的使用。《Perl零零八速成系列》（共8节课）主要是面向无Perl编程经验或者Perl语言初学者，介绍Perl的基本知识和实用编程技巧。晨光与你一路，轻松点亮编程技能，一跃成为特工级的Perl编程牛人！【前情回顾】《Perl零零八速成系列—字符串操作与排序》《Perl零零八速成系列---数据结构入门》《Perl零零八速成系列---哈希和子函数》《化腐朽为神奇，编程语言不可错过之正则表达式》《实例精解！如何从海量序列信息中提取目标序列》《Perl零零八速成系列---字符串操作与排序》《实用案例精讲！如何用perl写一个截序列的脚本？》【本节内容】本节内容包括Perl

R基础绘图一页多图之par函数R基础函数绘图，可以通过par函数的mfcol或者mfrow参数设置，mfcol按照列排列，mfrow按照行排列；比如par(mfcol

本文授权转载自解螺旋·临床医生科研成长平台提及PCR，这可是实验室里的老朋友了。作为科研升级打怪之路上的第一道最基本关卡，初踏进科研界的实验狗们，又有哪个没有与之打过交道？可饶是如此，不少菜鸟在闯关时仍会被摔的鼻青脸肿，原因无他，引物设计不好之过矣。显然，欲过此关，则必先通过引物设计的试炼。好在网上流传着各类PCR引物设计软件，各显神通后可快速为大家设计出最佳引物，以助大家一臂之力。而本文也搜集一箩筐各具特点的引物设计软件，大家按自己的需要进行选择即可。

readout.Dr.Konopka是麻省理工学院本科毕业（1997），哈佛大学神经生物学博士（2004），UCLA神经内科博士后。她实验室的三个主要方向为：转录网络（TRANSCRIPTIONAL

或ciRS-7。最初这些环形RNA被认为可能是错误的剪切的产生的可能致病的副产物或者是由于转录、剪切的噪音。随着高通量测序技术和生物信息学技术的发展，研究者发现circular

设置为none的时候是Cladogramndigits丨注释变量数值的精度...丨其他参数，比如颜色，线形，字体大小等等ggtree的两种绘图方式：

normalization”的研究结果。发布了国际上首个实时定量PCR内参基因知识库。ICG官网地址：http://icg.big.ac.cn/ICG

Biology》杂志发表了首次针对中国地区古人类的基因组研究成果，题为“四万年前亚洲人为欧亚早期人群结构提供新洞见”（40,000-Year-Old

在动植物研究中，变异和进化是最为有意思的事情，因此也是大家在做动植物重测序研究中最经常遇到的。目前我们研究的变异主要包括包括单核苷酸变异（SNP）、小片段插入缺失变异（InDel）、大片段结构变异（SV）、片段拷贝数变异（CNV）、转座子变异等。下面我给大家分享一个最经典的变异检测分析流程，并附软件使用和参数选择，供大家参考。实际分析中，大家可根据物种基因组、样品个数、建库和测序策略、科研问题自行调参或选用其他软件方法，这个我们后面继续讨论。

最近大家提出的关于如何去除冗余序列得到unigene的问题，我结合自己的使用经验，在此给大家推荐一款超快超好用的去冗余工具CD-HIT。CD-HIT是一款被广泛使用的程序，用于蛋白或者核酸序列的聚类和比较。该程序使用了启发式算法快速地在序列之间找到高度相似片段，基本思路是首先对所有序列按照其长度进行排序，然后从最长的序列开始，形成第一个序列类，然后依次对序列进行处理。如果新的序列和已经存在的序列类的代表序列的相似性在设定的

2017年10月10日，国家统计局、科技部和财政部，三部委联合发布了《2016年全国科技经费投入统计公报》。数字解读1总投入15676.7亿元2016年,全国共投入研究与试验发展（R&D）经费15676.7亿元，比上年增加1506.9

前文回顾精选30余款宏基因组分析软件，来自老司机的使用经验总结（上篇）精选30余款宏基因组分析软件，来自老司机的使用经验总结（中篇）欢迎加入生信者言交流群，和小伙伴们一起交流，入群请联系微信：genegogo007微生物组学研究中，宏基因组是最为核心的一环。结合自己的实战经验和其他文献中的报道，我为大家整理了一些主流宏基因组分析软件并稍作评述。今天是最后一篇，希望通过这三篇内容，大家能了解和掌握更多宏基因组分析的工具，并清楚各个工具的优缺点。上篇主要介绍了流程集成、数据质控、去宿主、组装相关的11款软件及使用心得（这才是重点！！）中篇主要介绍了基因预测和物种注释相关的10款软件。本篇，我们将盘点20款功能注释的数据库和binning软件，如下：06功能注释1、KEGGA

RSII基因组大小：约738-Mb基因数目：约46000个基因尽管榴莲是非常重要的一种热带水果，在此之前，对其基因的相关研究几乎没有。榴莲没有公开可用的genetic

前文回顾精选30余款宏基因组分析软件，来自老司机的使用经验总结（上篇）欢迎加入生信者言交流群，和小伙伴们一起交流，入群请联系微信：genegogo007微生物组学研究中，宏基因组是最为核心的一环。结合自己的实战经验和其他文献中的报道，我为大家整理了一些主流宏基因组分析软件并稍作评述，内容较多，拆成三篇分享给大家。上篇主要介绍了流程集成、数据质控、去宿主、组装相关的11款软件及使用心得（这才是重点！！）。有了好的组装结果，宏基因组测序就成功了一半。本篇介绍基因预测和物种注释。下篇，我们将盘点功能注释的数据库们和binning的软件们。04基因预测1、MetaGeneMarkFor

【果然科学】一个聚集有为青年、分享好玩的生命科学知识的科普品牌，给你鲜活的谈资、装X的利器！前段时间，网上流传一个段子般的真人真事：男子被烤鱼征服找到了亲生父母...

小编推荐：前两天，生信者言分享的40本生物信息方面的电子书，意外的备受热捧，已经有近700位朋友下载。小编希望大家继续保持开放分享的精神，转发给其他朋友。微生物系列课程，是生信者言在7月份举行的第一个线上系列课程，由四位老师围绕微生物生信分析进行了的分享，包含六节内容。因平台原因，直播视频已无法观看，所以，我们把所有的PPT以免费，原版，无水印的方式分享出来，希望对大家有所帮助。好东西希望多多扩散，大家转发到朋友圈之后，仍然是在后台回复“微生物”，即可自动收到提取链接与密码。注意，不是在文章末尾回复关键词，是在公众号后台回复，也不要回复错误的关键词哦...更多学习信息，欢迎加入生信者言讨论群，和我们一起交流，入群请联系微信：genegogo007生信者言微生物系列课程目录一、数据分析神器之QIIME二、错过她，也不能错过的R语言三、60分钟get扩增子实用分析原理四、微生物多样性分析，大数据里的小秘密五、3+1招搞定医学类微生物群落分析六、生态类样本怎么做微生物群落研究ggplot2

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基因行业发展迅速，近几年在测序的不同应用领域，催生了一大批公司，以基因测序，精准医疗等作为关键词，国内每年举办的大大小小的学术会议也是不胜枚举，那么到底怎么参会才能有收获，或者说，如何实现预期最大化。第一重境界：昨夜西风凋碧树。独上高楼，望尽天涯路Follow学术进展：基因测序是高科技产业，每个公司宣传页上差不多都有个“某某高新技术企业”的证书，更有“博士后工作站”，“院士工作站”等，公司里硕士博士那也是占了相当比例。测序的业务流程中，很多环节都是技术导向的，实验&研发，产品经理，医学经理，MSL，技术支持等，遗传咨询等岗位，都需要对测序的专业技术有了解，然后再围绕自己的岗位职责开展工作。例如，产品经理更关心如何设计并推出定位清晰，有竞争力的产品。所以，通过参会，开拓眼界，touch学术前沿就显得很重要。而在学术会议上，大牛专家集中起来传道授业，最新的学术进展荟萃，临床研究数据公布，临床案例探讨，技术参数更新，新产品发布等等，可谓学术的饕餮盛宴，这些都是设计产品，完善思路，项目方案的灵感来源，多比照自己的需求进行思考。建立行业人脉：对从业者来说，每个特定的圈子其实都很小，产品的模仿与超越，人员的来来往往，其实不断在发生。赢家，只是那个坚持到最后的人。你的客户在会场，你的专家在会场，你的同行在会场，所以，参会还有一个很重要的意义就是：混脸熟。例如，作为产品经理，参会时在了解竟品的同时，也要多关心作出产品的人。毕竟，他们是产品的灵魂。如果说起某个产品，你能细数它诞生的前前后后和无数细节，即可谓之上道。而这，都需要你在行业里有很多的朋友，大家互通有无，互相学习与启发。在学术会议的场合，要结识一个人，最好的方法就是问问题。如果你想认识某一位讲者，每次听报告，记得认真地问一个问题，这样也容易谈起来。另外，学术会议期间，任务那么多，时间那么少，弄清目标，不要疲于奔命。有两个环节，要留意。一是POSTER。像ASCO等，会有专门的时间和场地留给学术海报，注意，是在会议间隙专门留出时间，像Tony

GitHub:#install.packages("devtools")devtools::install_github("tidyverse/tidyr")

相比于16S的短平快，对于很多微生物组学，尤其是环境微生态方向的科研工作者而言，宏基因组仍然是“啃不动的硬骨头”和“信息分析黑箱子”。这里，我为大家整理了一些主流和常用的宏基因组分析软件，结合自己的工作经验和其他文献中的报道稍作评述，分享给大家，欢迎补充、指正。01流程集成1、MG-RASTMG-RAST

flaccida），还有个美丽的名字“林荫银莲花”。所以看名字就知道，中国人对于“吃它”这件事是不太感冒的。鹅掌草之于国人，一为观赏，二来择其根状茎入药。而跟它长得很像的鹅肠草（Myosoton

生物与医学相关“双一流”建设高校及建设学科名单北京大学：生物学、生态学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学清华大学：生物学、生物医学工程中国农业大学：生物学、农业工程、食品科学与工程、作物学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、草学北京林业大学：林学北京协和医学院：生物学、生物医学工程、临床医学、药学北京中医药大学：中医学、中西医结合、中药学北京师范大学：生态学、环境科学与工程南开大学：化学天津大学：化学、化学工程与技术天津医科大学：临床医学（自定）天津中医药大学：中药学太原理工大学：化学工程与技术（自定）内蒙古大学：生物学（自定）大连理工大学：化学、工程吉林大学：化学东北农业大学：畜牧学（自定）东北林业大学：林业工程、林学复旦大学：化学、生物学、生态学、基础医学、临床医学、中西医结合、药学上海交通大学：化学、生物学、化学工程与技术、基础医学、临床医学、口腔医学、药学华东理工大学：化学、化学工程与技术上海海洋大学：水产上海中医药大学：中医学、中药学华东师范大学：生态学南京大学：化学、生物学、化学工程与技术东南大学：生物医学工程江南大学：食品科学与工程南京林业大学：林业工程南京农业大学：作物学、农业资源与环境南京中医药大学：中药学中国药科大学：中药学浙江大学：化学、生物学、生态学、园艺学、植物保护、基础医学、药学中国科学技术大学：化学、生物学厦门大学：化学、海洋科学、生物学、生态学福州大学：化学（自定）山东大学：化学中国海洋大学：海洋科学、水产郑州大学：临床医学（自定）、化学（自定）河南大学：生物学武汉大学：化学、生物学、口腔医学华中科技大学：基础医学、公共卫生与预防医学华中农业大学：生物学、园艺学、畜牧学、兽医学湖南大学：化学中山大学：化学、生物学、生态学、基础医学、临床医学、药学华南理工大学：化学、农学广州中医药大学：中医学海南大学：作物学（自定）四川大学：化学、基础医学、口腔医学、护理学四川农业大学：作物学（自定）成都中医药大学：中药学西南大学：生物学贵州大学：植物保护（自定）西藏大学：生态学（自定）西北农林科技大学：农学兰州大学：化学、生态学、草学青海大学：生态学（自定）宁夏大学：化学工程与技术（自定）新疆大学：化学（自定）石河子大学：化学工程与技术（自定）中国科学院大学：化学第二军医大学：基础医学第四军医大学：临床医学（自定）统计时仅保留相关高校的生物与医学相关内容信息，完整名单请点击原文链接查看教育部官网，如有纰漏，请指正

首先，我们把DEseq的输出格式转换成dataframe格式，用函数as.data.frame()，并用head查看其前6行，如下：df