认识38位“人类细胞图谱计划”首批项目的入选科学家！大牛vs青椒，不拘一格

2017年10月16日，被称之为可以与“人类基因组计划”相媲美的“人类细胞图谱计划” 首批拟资助的38个项目正式公布。

好了，不必多说，这条新闻肯定已经在你的朋友圈刷屏了

然鹅，but，我就是想知道

33岁的扎克伯格和他32岁的媳妇Priscilla Chan，打算花30亿刀搞事情

到底找了谁一起玩耍？

首先，看看领导这个项目的两位美女科学家，小编感概，这才是所谓“集才华与美貌与一身”啊！

Aviv Regev，Ph.D

Broad研究所

人类细胞图谱计划co-chair

BRAIN

实验室网站：

https://www.broadinstitute.org/bios/aviv-regev

Aviv Regev是计算生物学家和系统生物学家，麻省理工学院的生物学教授，霍华德·休斯医学研究所的研究员，Broad研究所卡拉曼细胞观察台和细胞回路项目首席，也是人类细胞图谱计划的联合首席。

硕果累累的女神Regev先后斩获NIH先锋基金奖，计算生物学中很有分量的ICSB Overton奖，并在今年获得ICSB新锐基金奖。

而就在去年，卡拉曼细胞观测台因发布了破坏白血病干细胞生物节律有望治疗白血病的研究而倍受关注，不久前昼夜节律刚刚斩获诺贝尔奖，因此也更加引发了对基因层面的特定细胞类型及其基因和分子回路研究的热潮。

Regev研究了控制哺乳动物细胞在健康和疾病中的作用的分子回路，并开创了很多实验和计算方法来重建这些回路，包括单细胞基因组和基因编辑技术，她的研究工作成功发现了一些新的细胞类型，也因此更引发了她绘制更多细胞图谱的兴趣：利用单细胞测序来弄清楚人体内有多少不同的细胞类型，它们存在于何处、有什么作用。

2016年底，她作为联合主席与桑格研究所的细胞遗传学负责人Sarah Teichmann联合推出了国际人体细胞图谱计划，将基因组学研究者和各种组织、器官系统生理学的专家联合起来，准备对人体中所有（估计37万亿个）细胞进行分类和测序。而今，这个项目迈出了第一步。

还有一件事，就在10月6日，Science杂志出了一个特刊，聚焦单细胞基因组学(Single-cell Genomics)，其中一篇文章就来自这两位大神Aviv Regev和Sarah Techmann。两位大神在文章中对HUMAN CELL ATLAS计划也给予了厚望。

文章标题：

Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease［PMID:28983043］.

另一位Co-chair，是42岁美女科学家Sarah Techmann。她在2012年当选EMBO会员（全称欧洲分子生物学组织，入选EMBO需要在生命科学领域有突出贡献，其会员中有79人获得诺贝尔奖），要知道，中国仅有6位EMBO会员（杨焕明，李家洋，施一公，王晓东，邵峰，曹雪涛）。

而且，女神爱好广泛，她曾在接受采访时说，如果不做科学家，她会渴望成为一个专业运动员，因为童年在德国玩了很长时间手球和网球，在剑桥时，还喜欢玩篮球。

Sarah Techmann，Ph.D

维尔康姆基金会桑格研究所

人类细胞图谱计划co-chair

BRAIN

实验室网址：

http://www.sanger.ac.uk/people/directory/teichmann-sarah

Teichmann 女神生于1975年，博士毕业于剑桥。随后Teichmann在伦敦大学学院跟随Janet Thornton进行博士后研究。之后的11年间，她担任医学研究理事会(MRC)项目负责人，研究蛋白质相互作用和转录调控网络的模式。2013年，Teichmann获得维尔康姆基金会桑格研究所和EMBL-欧洲生物信息研究所的联合职位。自2016年以来，Teichmann开始担任维尔康姆基金会桑格研究所细胞遗传学的负责人和EBI的访问研究组长。

硕果累累的女神必定有金光闪闪的简历，2010年斩获英国生物化学学会Colworth Medal，2012年获得 Francis Crick Medal and Lecture 、李斯特预防医学研究所颁发的Lister Prize、入选EMBO会员， 2015年斩获Michael and Kate Bárány Award和EMBO Gold Medal，入选 FMedSci会员，2016年成为ISCB会员。

在过去的十七年间，Teichmann在基因表达调控和蛋白复合物性质研究领域作出了开创性的贡献。其中重要的基础来自于定义了蛋白复杂组装中关键的生物物理机制，并给出了蛋白复合物“元素周期表”， 并通过计算生物学和实验的结合加速了基因组、蛋白质组学以及进化研究。

Teichmann花了四年的时间思考建立一个人类所有细胞类型和属性的人体参考图谱，并终于在2016年得以启动。Teichmann认为“人类细胞图谱”一旦完成，对于疾病如何诊断和治疗必将带来革命性的改变。同时，她也指出，大型集中式的数据管理对于整个项目非常重要，因为整个项目的核心在于计算，统一的方法流程、数据存取和分析将有利于数据的运算和再利用，因此，启动的第一部分工作将会放在标准化体系建设和基准数据采集上。

关于这个HUMAN CELL ATLAS计划，女神Aviv Regev曾经说过一段话，我觉得非常好的阐述了这个项目的核心：

“我们相信，对健康人体中所有细胞的准确理解将在未来几十年影响生物学和医学的几乎每一个方面。我们现在有工具来了解我们人体的组成，了解我们的身体如何工作，并揭示所有这些元素在疾病中的作用。通过开放的国际合作创建这个图谱，我们正在为整个社区建立一个新的研究工具。”

—Dr Aviv Regev, Chair of Faculty at the Broad Institute

来自8个国家，涵盖6个方向的38个项目已经发布，但尚未有每个项目的具体细节，根据新闻报道，预计2018年1月份在旧金山召开项目启动会，我们期待更详细的信息披露。

作为一个备受关注的大科学计划，此次遴选出来的资助者有院士，院长，也有助理教授等，所谓不拘一格。

从这几位大牛的研究背景与辉煌履历中，我们试图窥见这项前瞻性研究的可能细节与关注点。

Constance cepko，Ph.D

 哈佛医学院

BRAIN

实验室网站：

http://genetics.med.harvard.edu/cepko/

项目介绍：发展下一代病毒标记工具，为了更有力的单细胞分析。

Developing next-generation tools for viral labeling to enable more robust singlecell analyses.

Constance L.Cepko博士是哈佛医学院遗传学和眼科学教授，她同时也是霍华德-休斯医学研究所（HHMI）的研究员，在眼科基因治疗领域，具有享誉全球的权威性。曾与日本著名药企Astellas联合，共同开发视网膜色素变性（RP）基因疗法。Cepko 团队是首个使用单域抗体来识别和标记表达特异内源蛋白细胞的团队 (Cell, 2013) 

视网膜的发育，基因疗法，工具发开，是她实验室的三个大方向。工具开发方面，包括跨突触示踪剂（Transsynaptic Tracers），绿色荧光蛋白（GFP），电穿孔（Electroporation），利用逆转录病毒进行谱系分析（Lineage analysis using retroviral vectors）

她的实验室的研究集中在中枢神经系统发育过程中的细胞命运机制。最出名的就是这些大型基因组学和谱系研究。

Genevievekonopka，Ph.D 

德克萨斯大学西南医学中心

BRAIN

实验室网站：

http://www.konopkalab.org/

项目介绍：使用多个单细胞转录组方法优化样本的采集、处理和存储。

Optimizing acquisition ，processing，and storage of samples using multiple methods of single cell transcriptomics as a readout.

Dr.Konopka是麻省理工学院本科毕业（1997），哈佛大学神经生物学博士（2004），UCLA神经内科博士后。

她实验室的三个主要方向为：转录网络（TRANSCRIPTIONAL NETWORKS），人类认知的演化（EVOLUTION OF HUMAN COGNITION）和认知功能基因组学（COGNITIVE GENOMICS）。

2017年4月，CerebralCortex杂志（doi:10.1093/cercor/bhx083）发表他们的一篇论文，鉴别出了和记忆相关的100多个关键基因，相关研究或为后期研究人员深入理解人类大脑记忆加工过程提供新的线索和希望。

曾因人类语言进化和孤独症与精神分裂症中FOXP2调节的信号通路的研究成果获得美国国家卫生院独立奖。与黑猩猩相比，人类版本的FOXP2有两个氨基酸的不同，其中很可能只有一个是有用的，而另外一个突变似乎没有明显的功能上的意义。

Ido Amit, Ph.D.  

 魏茨曼科学研究所

IMMUNE

实验室网站：

http://www.weizmann.ac.il/immunology/AmitLab/

项目介绍：为人类细胞图谱计划构建分离、进行稀有细胞分型和单细胞分析的方法和基准数据，为血液肿瘤的诊断和治疗提供帮助。

Developing methods and benchmark data to help the Human Cell Atlas isolate and perferm single cell analysis on rare cell types.these will be important for future diagnosis and treatment of blood cancers.

时年45岁的Ido Amit供职于Weizmann科学研究所，曾在2015年凭借其揭示免疫系统功能的研究工作获得EMBO Gold Medal奖项。

在职业生涯的早期，Amit成功地使用系统生物学的方法进行癌症研究，后来逐渐转向单细胞基因组学方向，如今Amit lab (主要着眼于不同免疫细胞亚型的基因组编码差异特征以及对入侵病原体的响应，并关注基因调控网络的激活机制。目前，Amit及同事们已经开发出高通量基因组研究工具，并运用跨学科方法来帮助解决这些关键的科学问题，以期能对未来个体化治疗提供基础。

Menna Clatworthy, Ph.D

 剑桥大学

IMMUNE

实验室网站：

http://www.med.cam.ac.uk/clatworthy/

项目介绍：运用单细胞分析方法系统评价组织分离和处理过程，明确组织原位免疫系统研究的一般步骤。

Using multiple single cell analysis methods to systematically evaluate tissue dissociation and processing to clarify steps for the study of tissue-resident immune cells.

Dr. Clatworthy是剑桥肾脏学博士，曾获英国肾脏协会Raine奖和医学研究协会青年调查者奖。随后于NIH Ron Germain博士实验室做博士后，方向是利用双光子吸收研究免疫细胞的动态行为。

Dr. Clatworthy目前主要着眼于移植和肾脏学研究，同时也撰写了一些很多临床或科普等教育书籍，比较有名的有《移植，一目了然》（Transplantation At A Glance）等。目前Clatworthy团队主要致力于B细胞的激活以及IgG抗体效应在不同的组织（特别是在肾脏和肠道）中的调控作用。

Roland Eils，Ph.D.

德国海德堡大学

胃肠

实验室网站：

https://ibios.dkfz.de/tbi/

项目介绍：集成多个多路复用空间成像技术与单细胞测序技术来开发数据集成方法。

Integratingmultiple multiplexed spatial imaging techniques with single cell sequencing todevelop methods of data integration.

德国癌症研究中心海德堡个性化肿瘤（DKFZ-HIPO）中心共同负责人、功能基因组学和生物信息学教授。

大神曾经在接受采访的时候说过：为一名数学家，我最初发现进入分子细胞生物学相当困难，但我渐渐对这个问题越来越着迷，从那时起就一直如此。这完全是一个意外，而意外的途径进入生物科学，但我从来没有后悔过我的决定！

而且，大神只花了两年半的时间里就做完博士，汗颜啊…

DKFZ-HIPO于2012成立，旨在为个性化的肿瘤开发临床计划，能够将“功能基因组学和系统生物学最新的研究和技术转化到临床实践当中”。

他们会患者的采集全基因组测序数据，只要患者同意，测序数据就会加入到内部研发的数据库中。迄今为止，数据库已经存有大约3000名患者的数据。该计划会进一步扩展其规模，每年从约3000~4000名患者身上采集全基因组的测序数据。

Eils 教授还是德国国际癌症基因组学协作组 ICGC 项目负责人，主要负责理论生物信息学部，他还是海德堡大学的 BioQuant 中心的共同创始人，准备建设一个世界上最大的生命科学数据信息库。

William Greenleaf，Ph.D.

斯坦福大学

胃肠

实验室网址：

http://greenleaf.stanford.edu/

项目介绍：标准化的工作流程和分析组织的基于测序的单细胞表观遗传数据，建立综合分析计算方法。

Standardizingworkflow and analyzing tissues for sequencing－based single cell epigenetic data while establishing computationalmethods for integrated analyses.

WilliamGreenleaf教授的实验室专注于开发方法来探索由基因组编码分子的结构和功能，以及基因组本身的物理压缩和折叠。他们的努力是建立能够利用高通量测序技术和尖端光学显微术的科技力量的新工具，并用这些技术来解决那些把DNA序列、结构和功能结合在一起的基本生物学问题。

去年10，由冷泉港亚洲举办的Systems Biology of Gene Regulation and Genome Editing学术会议在苏州举办。他还作为特邀嘉宾做了主题演讲：“‘Off-label’applicationsof sequencing for understanding structure and function”。

Jonathan keats，Ph.D.

美国TGen研究所

SKIN

实验室网址：

https://www.tgen.org/home/research/research-faculty/jonathan-keats.aspx#.WeX3QhOCw6U

项目介绍：优化组织分离、存储和处理的单细胞测序，建立最佳实践。

Optimizing tissue dissociation,storage, and handling for single cell sequencing and establishing community best practices.

Jonathan Keats梅奥诊所博士后，主要对多发性骨髓瘤，和其他血液系统恶性肿瘤，免疫缺陷综合征感兴趣。他的实验室致力于使用新的方法来研究这些疾病的基因组特征。

Fiona Watt，Ph.D

 伦敦国王学院

SKIN

实验室网址：

http://www.wattlab.org/

项目介绍：对健康人皮肤细胞的收集、分离和可视化进行优化。

Optimizing the collection,isolation, and visualization of cells from healthy human skin. 

Fiona Watt是英国医学科学院院士及皇家学会院士，曾任国际干细胞研究协会（ISSCR）主席，是国际肿瘤和干细胞研究领域的权威专家。

其实验室的主要用哺乳动物皮肤作为模型，研究成人组织如何保持分化状态。例如人类和小鼠表皮干细胞的自我更新，干细胞在表皮和口腔肿瘤形成的作用；表皮角化层的组装和功能；细胞命运决定的内在与外在因素之间的相互作用。

张学工，教授

 清华大学

TECH

实验室网址：

http://www.tsinghua.edu.cn/publish/au/1714/2011/20110323105408606814635/20110323105408606814635_.html

项目介绍：研究单细胞测序分析的生物信息学全景，为项目的后续发展提供基准参考。 

Analyzing the bioinformatics landscape of single cell sequencing analysis to support community benchmarks that will inform future imporvements.

1994年在清华大学获得模式识别与智能系统专业工学博士学位，现为清华大学自动化系教授、生命学院和医学院兼职教授，以及清华信息科学与技术国家实验室（筹）生物信息学部主任、生物信息学教育部重点实验室副主任。

张学工教授的团队是中国目前唯一获选参与该计划的团队。

他们一直专注于转录组分析的生物信息学方法研究，在用RNA测序进行转录组分析方面发展了一系列生物信息学方法。在单细胞测序数据的归一化、差异分析、聚类和有效表示等方面开展了很多卓有成效的工作。

／End.

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