Nature Genetics最新刊文丨榴莲基因组首次发布
2017年10月09日，Nature Genetics在线发表了Bin Teh教授（新加坡国家癌症中心与杜克-新加坡国立大学医学院）和Patrick Tan教授（杜克-新加坡国立大学医学院）合作完成的题为“The draft genome of tropical fruit durian (Durio zibethinus)”的研究论文。
Article Highlights：
1. 世界第一个被破译的榴莲的完整基因组，所测品种为Musang King，中文称为“猫山王榴莲”。
2. 其基因组包含约46000个基因，约为人类基因数量的两倍。
3. 通过比较榴莲与10种植物的基因组发现，榴莲的进化关系可回溯到6500万年前，与产生巧克力的可可植物有关。
4. 通过比较榴梿不同部位的基因，研究人员发现了一个称为MGLs(甲硫氨酸γ-裂解酶)的基因家族，可以调节挥发性硫化合物的产生，与榴莲独特的气味有关。
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榴莲（durian），果肉营养丰富，有“水果之王”的美称，而猫山王榴莲更是其中的顶级品种。其产地是马来西亚，果壳绿色偏黄，果刺稀疏，底部有棕褐色星形。论口感，其他品种直接被秒成渣。
爱之者赞其香，厌之者怨其臭。
榴莲那种独一无二的口味和刺激性气味，到底是如何产生的？
榴莲基因组
测序物种： Durio zibethinus Musang King cultivar
测序策略：PacBio RSII
基因组大小：约738-Mb
基因数目：约46000个基因
尽管榴莲是非常重要的一种热带水果，在此之前，对其基因的相关研究几乎没有。榴莲没有公开可用的genetic maps，目前尚无Helicteroideae亚科的基因组测序和组装结果。
该论文报告了猫山王榴莲的全基因组草图。在基因组和转录组的分析的基础上，评估了其硫代谢，成熟相关代谢过程，系统发育等过程。有助于认识和理解榴莲产生独特气味的分子基础及代谢过程。
研究人员使用PacBio RSII测序仪，P6-C4试剂，产生了18.3 million reads，平均读长6.2 kb。得到了153X的数据。
由于种植过程中频繁的杂交，榴莲基因组高度杂合。SNP calling的杂合率达到了1.14%。组装过程中，作者使用了开源的FALCON 和 FALCON-Unzip算法。
古多倍化事件（paleopolyploidy，古代植物细胞中基因成倍复制，也称为whole-genome duplication，小编注）在植物谱系中广泛存在，代表了一种产生新基因功能和新物种的动力。
为了弄清楚榴莲，棉花与可可的系统发育顺序，了解棉花和榴莲相关联的WGD在进化中的排序和时间关系，是反映相同事件还是代表两种截然不同的进化事件，作者选取了位于三者在同一染色体上的区域进行分析，发现每个区域至少含有五个同源基因。棉花和榴莲的旁系同源基因(发源自WGD)，先于他们的同源序列。研究结果表明，62～85百万年前后，可可从榴莲－棉花家系分离，其次是榴莲和棉花在60～77百万年前分离。
对于爱吃榴莲的人来说，“猫山王”绝对是极品。
榴莲果肉的臭味主要由含硫化合物引起。榴莲果肉挥发物中的含硫化合物主要为二乙基二硫醚、乙基正丙基二硫醚、二乙基三硫醚和3-乙基2,4-二硫代-5-己酮。含硫化合物一般会释放出刺激性气味，因此榴莲闻起来会“臭”。而在榴莲的果皮和果肉中，还含有丰富的酯类化合物，因而会让榴莲闻起来有香香的水果味。
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话说到这里就应该结束了，可是小编却发现了一个好玩的帖子，哈哈哈，来来来，你说说，到底吃了榴莲还能做无创DNA吗？？很严肃的好不啦！
哈哈哈，下面才是重点啊！！
榴莲吃货装X指南
1、自然界中有超过25个榴莲种；只有9个种是能吃的。
2、榴莲属的拉丁名Durio、英文名Durian和中文名都来源于马来语“duri”的音译，意思是“尖刺”。
3、榴莲有5个心皮，所以发育良好的果实应该分成5个小房间。挑榴莲的时候要选择饱满的、房间数≥4的果实，否则就亏啦。
4、泰国的榴莲产量则远远高于马来西亚，加上进出口政策的原因，一直是国内榴莲消费的主力。但由于气候，土壤等原因，马来西亚榴莲的品质远远高于泰国。
5、榴莲属的花都很大，有大量的花蜜和丛生的雄蕊雌蕊，适合体型较大的动物为之传粉。大体来说，花白色、香味浓郁而晚上开的榴莲种类是蝙蝠传粉；花红色、白天开而香味淡的种类是鸟类传粉。
6、榴莲多数种的花开在树干上。即老茎生花。
7、比起硕大的泰国榴莲，“猫山王”榴莲的体积通常较小，在果实底部会有一个明显的“五角星”标记。
／End.
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回复文字：果然科学，看一篇好玩的科普文。