ICG：首个实时定量PCR内参基因知识库
本文采编自中科院北京基因组所官网
近日，国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表了一篇来自中科院北京基因组所生命与健康大数据中心的题为“ICG: a wiki-driven knowledgebase of internal control genes for RT-qPCR normalization”的研究结果。
发布了国际上首个实时定量PCR内参基因知识库。
ICG官网地址：
http://icg.big.ac.cn/
ICG knowledgebase五大特色
ICG丨209个物种的内参基因，收录内容广泛
ICG目前收录了来自209个物种的内参基因，共涉及73种动物，115种植物，12种真菌及9种细菌。
并且，该知识库提供了丰富的实时定量PCR内参基因信息，如引物序列、扩增长度、推荐的应用场景、退火温度、荧光染料，及该内参基因在相关论文中的引用情况等，以帮助分子生物学家们针对其各自的实验目的来定制出合理的标准化分析策略。
ICG丨mRNA，miRNA，circularRNA分析
ICG不仅为蛋白质编码基因的表达模式研究提供实时定量PCR技术的标准化分析方案，也关注非编码RNA（如miRNA和circular RNA）的表达分析研究。
ICG丨基于群体审编策略，免费易用
ICG通过引入维基系统，在海量生物数据急速增长的背景下将极大地提高生命科学审编人员对数据搜集、整合及共享的效率；
ICG为用户们提供了灵活的数据查询方式、友好的知识展示界面，免费数据下载服务。于群体审编策略
ICG丨生物信息专家定期更新
生命与健康大数据中心的生物信息学家们将会在每年定期地对ICG进行更新，以期望能够不断地为分子生物学家们提供关于实时定量PCR内参基因最新的相关信息。
ICG丨终极目标：Encyclopedia
ICG最终的目标是构建出一部详尽地记录模式生物及非模式生物中实时定量PCR内参基因及其相关信息的百科全书。
RT-qPCR是分子生物学研究当中一种常用技术，被认为是目前检测基因在转录水平表达的金标准。用于对目标基因的表达量进行准确定量分析的实验技术。与传统的基因表达检测方法相比，该技术具有灵敏度高、特异性强、低样品需求量及检测范围广等特点。
为了有效地降低误差，保证准确性，该技术需要依赖于稳定的内参基因以便对其结果进行标准化分析。选择合适的内参基因至关重要。然而，内参基因具有强烈的条件特异性。
近年来，科学家们已经在多个物种的特定组织、特定发育时期、不同实验条件或病理状态下的内参基因进行了筛选及鉴定。然而挖掘内参基因本身是一项繁琐的工作，需要依赖于精确的实验设计并配合一系列严谨的算法综合分析才能完成。
为此，对海量文献中所报道的宝贵的内参基因资源及其对应的应用场景实现有效地挖掘及整合具有重要的意义。
ICG官网内容展示
图2. ICG知识库中最新更新的物种信息
图3. ICG知识库物种页面示意图，以大豆为例
图4. ICG知识库内参基因示意图，以 Actin为例
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