合集收藏帖丨一分钟听懂NGS基础概念
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《一分钟听懂NGS基础概念》
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生信者言
戈壁老王和美露的精华版合集：
16:49 pm
美露
Man proposes, God disposes
美女
主播
8
单端/双端与Mate-pair测序
关键词：单端测序
单端测序就是将DNA样本打断成小片段后，将引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，即可上机测序，只读取一端的序列。而在双端测序中，测序反应将从待测片段的两端分别开始向中间延伸，两端的序列形成"一对"，中间的距离叫插入片段。单端测序和双端测序，其主要差别就在于测一端还是测两端。Mate-pair测序则旨在产生一些短的DNA片段，这些片段包含基因组中较大跨度（2-10kb）片段两端的序列。
7
Run、Flowcell与Lane
关键词：Run
在高通量测序中，单次上机测序反应，也就是测序仪运行1次，称为1个Run。Flowcell是指用于illumina测序时的物理载体，1个Flowcell就是一个载玻片状的载体，它是测序的芯片，测序反应就发生在Flowcell上。而Lane则表示测序芯片上的一条流通槽,也可以理解为1条泳道，每条泳道之间通过物理间隔区分测序样品。
6
RPKM 与 FPKM
关键词：RPKM
RPKM与FPKM，都是用来衡量基因表达量的指标。RPKM，代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads个数；FPKM，全称为：合并基因表达水平，代表每百万map上的reads中map到外显子的每1K碱基上的fragments个数。两者的原理是相似的，区别仅在于FPKM计算的是片段fragments，而RPKM计算的是reads。
戈壁老王
valar Morghulis Valar Dohaeris
首席
主播
5
测序深度与覆盖度
关键词：深度
测序深度是指，测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。而有效测序深度指去掉数据中的重复序列和模糊读取碱基而计算得到的测序深度；平均测序深度则是指某个目标区域中所有碱基测序深度的平均数。覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。
4
Contig 与 Scaffold
关键词：contig
下机得到的raw reads是很短的小片段序列。进行基因组组装时，首先会根据重叠区的信息，把这些短reads拼接成更长的片段。如果所有的reads可以完全拼接起来，中间没有gap，拼成的片段即为Contig；通过构建大片段文库等方法，可确定其中一些Contig之间的顺序关系，将这些contig按顺序排列好，无法确定的部分用N作连接，就形成scaffold。
3
从头测序与重测序
关键词：重测序
从头测序是一种不依赖于近缘物种参考序列的方法，其研究的重点在于通过深度测序结合生物信息学方法进行序列组装，进而还原该物种的整体基因组全貌；而重测序则是在物种本身或近缘物种已有参考基因组的前提下，侧重于通过与参考基因组的比对，来检测变异检测和评估进化信息等。
2
Fasta 与 Fastq
关键词：Fasta
FASTQ对每一条序列，按四行格式进行存储，而FASTA格式只有两行，第一行以大于号“>”开头，接着是序列的标识符；换行后则是序列中的碱基信息。故两种格式，最大的区别就在于fasta只包含序列的碱基信息，而fastq中则同时包含有碱基序列和质量信息。在NCBI SRA等国际主流的二代测序数据集散中心中，fastq都是被指定的原始数据格式类型。
1
Index 与 Barcode
关键词：Index
index一般是几个碱基的小段独特序列，通过index序列的不同，能区分出不同的样本所在的文库，进而把不同来源的序列信息分配到对应的样本中。如果在一个文库中混入多个样本，每个样本又赋予了一段独特的条形码，也就是barcode，在后续数据分析时，可以用index来区分不同的文库，用barcode来区分文库中的不同样本。
【完】
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回复文字：好好学习，收听喜马拉雅FM电台栏目《一分钟听懂NGS基础概念》，让生信分析不再遥不可及。
回复文字：果然科学，给你看另一篇好玩的文章。