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生命炼金术(2)---魔力镶嵌

鱼骨头段 生信者言 2022-03-29


【果然科学】一个聚集有为青年、分享好玩的生命科学知识的科普品牌,给你鲜活的谈资、装X的利器!



阅读用时:全文约3500字,约6分钟

关键词:吸血鬼、铁卟啉、镁卟啉



作为经典的西方怪物形象,吸血鬼的出镜率一直居高不下,《暮光之城(The twilight saga)》中英俊帅气、肤色白皙的爱德华(Edward Cullen),《化物语(バケモノガタリ)》系列中无比强大却爱吃Mister Donut的萌系萝莉忍野忍(おしの しのぶ),以及广泛出没于各种影视作品、书籍漫画作品中的的历史上最著名吸血鬼---德古拉伯爵(Dracula),无一不吸粉无数。


就像多毛症可能是狼人的形象来源一样,卟啉过量沉积引起的疾病---卟啉症,可能是吸血鬼这一著名形象的原型。


荧幕上的吸血鬼形象


上一章我们提到,血红素的中心是一个卟啉环。如果人体在合成血红素的时候,某些酶异常导致合成过程受阻,从而使没有转化成血红素的卟啉在体内大量累积,就会造成细胞损伤。


卟啉是一种对光很敏感的有机分子,一旦被光线激活,它就会转化为一种毒素,同时发出荧光,因为卟啉可以聚集在人体的皮肤里。所以在阳光下,“吸血鬼们”会“亮”起来。但同时,这种毒素会腐蚀人的皮肤和牙龈等,造成皮肤的大面积溃烂,严重时鼻子和耳朵都可能烂掉。晒一次阳光就如此痛苦,所以“吸血鬼们”本能地选择了黑暗。


卟啉症患者不仅不能见光,由于血红蛋白合成障碍,还导致了他们严重贫血。因此,几个世纪以来吸血鬼们都面色苍白。


卟啉症患者必须补充血红素,而在科技不发达的时代,通过吸血补充血红素一定程度缓解卟啉症症状,也许这是“吸血鬼们”嗜血的原因吧。


从这个意义上讲,吸血鬼德古拉伯爵的原型——1456年至1462年统治罗马尼亚地区的弗拉德‧采佩什‧德库拉(Vlad Tepes Dracula)据推测是一个可怜的卟啉症患者。


弗拉德‧采佩什‧德库拉(Vlad Tepes Dracula)画像


卟啉环跟蓝血贵族以及吸血鬼都有如此深的渊源,是不是很神奇?如果你看到它的分子结构的话,可能会想我一样惊呼:这不就是魔法装备上那种可以镶嵌魔法宝石的镶嵌孔吗?


卟啉:是一类由四个吡咯类亚基的α-碳原子通过次甲基桥(=CH-)互联而形成的大分子杂环化合物。其母体化合物为卟吩(porphin,C20H14N4),有取代基的卟吩即称为卟啉。卟啉环有26个π电子,是一个高度共轭的体系,并因此显深色。porphyrin源于希腊语单词,意为紫色,因此卟啉也被称作紫质。所以卟啉症也被称为“紫质症”。


我们仔细看看下面的图:中间四个氮原子形成了一个配位,它们拱架着中间的亚铁离子,而亚铁离子就像是镶嵌进了这个给它预留的非常舒服的孔里。它就像一个四方鼎供奉着贡品一样,又像是镶嵌着魔法宝石的魔法装备,时刻可以给对手会心一击。


血红素


上一章我们提到,血红蛋白在携氧蛋白里面的效率是最高的,这可能跟它的结构有关。血红蛋白是由2个α蛋白亚基和2个β蛋白亚基组成的,每个蛋白亚基都包裹着一个血红素,而血红素的核心就是这个螯合着铁离子的卟啉环。可以这么说,血红素是血红蛋白的功能行使单元,铁卟啉环是血红素的功能中心,而实际上与氧原子结合的,是最中心的那个亚铁离子。


人类的血红蛋白有4个亚基,所以一个血红蛋白分子可以结合4个氧分子。而血红蛋白的精巧结构,可以使已结合一个氧分子的血红蛋白加速对接下来的氧分子的结合效率。这一设计可以说极大提高了血红蛋白运输氧气的能力。


这就像是一个巨大的以金刚石为刀具的高精密度数控切削机床,它有着复杂的电脑控制系统,坚固的外壳,灵巧的机械臂,全都是为了使中心的那一小点金刚石的切割,更加精准高效。


血红蛋白结构;

真正行使运输氧气功能的是中间那个小小的亚铁离子


血红素在人体的很多蛋白质大分子中都存在着,发挥着举足轻重的作用。有人将人体中主要由铁卟啉行使功能的蛋白质大分子按功能分成了四类:对氧的传递(血红蛋白)、贮存(肌红蛋白)、活化(细胞色素P-450)、电子传递(细胞色素)。


第一类:血红蛋白

我们在刚才已经对其有了充分的了解。


第二类:肌红蛋白

它是由153个氨基酸环绕中央的血红素组成的单链蛋白质。其对氧气的亲合力大于血红蛋白,所以在肌肉组织中储存氧气。因为只需要一点氧分压便可以使其对氧气的结合力达到饱和,所以比血红蛋白更适合储存氧气。


我们常说的红肉(牛肉等)与白肉(肌肉等),其颜色的深浅主要就是因为其中所含肌红蛋白的多少。由于肌红蛋白贮存氧气,在长跑选手(如马拉松选手)中,其含肌红蛋白较多的慢肌纤维比例要远远高于短跑运动员。


马拉松选手拥有更多的慢肌纤维


它还和横纹肌溶解症有关:若严重过度运动,有可能使肌细胞溶解并导致肌红蛋白进入血液,在肾脏堵住肾小管,引起肾损伤,即横纹肌溶解症。


对了,还记得上一章提到的血绿蛋白吧?它是由上百个肌红蛋白组合而成的(而不是血红蛋白)。我们用来贮存氧气的肌红蛋白,却被龙介虫等动物拿来运输氧气了。所以,从某种意义上讲,龙介虫的血液就类似于我们溶解了的肌红蛋白吧。(误)


第三类:细胞色素P450

细胞色素P450(cytochrome P450,其基因简写为CYP)其名称来源是因为它的还原态的特征吸收光谱为450纳米。这是一个超大的蛋白家族,已经被发现存在于包括动物、植物、真菌、原生动物、细菌、古菌乃至病毒中,已知属于这一蛋白家族的蛋白数量超过了20000个。


这一家族的功能主要是催化氧化有机化合物,因此也是涉及药物代谢与生物激活作用的主要酶类,约占到各种代谢反应总数的75%。例如CYP2C19基因上一个小小碱基的不同,就能决定你服用奥美拉唑的疗效;再比如CYP2D6基因对于去甲替林的使用也有指导意义——因为细胞色素P450影响着药物在你体内的代谢过程。不同人群对于药物的反应不同,所以在治疗方案上理应区别对待,这便是奥巴马积极推动的“个体化医疗”的内涵所在。



第四类:另一大类细胞色素

它们位于线粒体膜上的电子传递链上(原核生物等的电子传递链在细胞膜上),通过一系列的电子传递过程,这些细胞色素像击鼓传花一样将电子传递给最终受体——氧气(无氧呼吸的部分生命可以以其他物质作为最终受体),从本质上来讲,也算是行使氧化还原反应吧。


除了蛋白质大分子以外,卟啉环也在人体的其他有机物中发挥着作用,例如与恶性贫血相关的维生素B12中间就是一个钴卟啉。


卟啉环这个能镶嵌不同魔法宝石的魔法装备,在我们体内真的是很实用,而接下来我们将会看到它更加重要的地方:没有它的话,世界就不会是现在这个样子。是的,我说的是行使光合作用的光能使者---镁卟啉。


从吸血鬼的故事中我们了解到,卟啉分子对光线是很敏感的。那么聪明的你一定想到了,它是不是和光也有什么“人尽皆知”的秘密?


没错,行使光合作用的那个叶绿体中间,也是一个卟啉环。只不过这个魔法装备镶嵌的并不是铁、铜或者钴,而是镁。


世界上至少存在6种叶绿素,其中叶绿素a普遍存在,叶绿素b被发现于陆生植物和某些藻类中,叶绿素c1、c2、d和f则只在某些藻类中存在。


叶绿素a


与血红素不同的是,镁离子在叶绿素里面的作用并不是决定性的,实际上,卟啉环本身就可以捕获光子;不单卟啉环可以捕获光子,一些其他的色素,如类胡萝卜素和花青素等,也都有捕获光子的能力。


镁离子在叶绿素里面更像是一个“增强子”,将叶绿素捕获光子的能力大幅提升,使其在所有的光合色素中脱颖而出,成为这个星球覆盖最广,也最耀眼的色彩。



叶绿素中的镁离子是可以失去的:叶绿素在经过加酸或加热或脱镁作用后会变成脱镁叶绿素(Pheophytin),颜色也会变成褐色,所以又称为为褐藻素。水体被污染的地方,浮游植物细胞会破碎死亡,其原本所含的叶绿素也跟着被破坏,而转变成脱镁叶绿素。因此脱镁叶绿素的含量比例可以作为水质的指标之一。


我想,《银河护卫队(Guardians of the Galaxy )》中Groot的族人们,体内流淌的血液肯定会是绿色的,他们的叶绿素说不定也是被复杂而精致的多肽链包裹起来,形成一些复杂的光子捕获机器——叶绿蛋白,而叶绿蛋白中的那个镶嵌着镁离子的美丽卟啉环也依然会散发着令人着迷的魔力。


I am Groot!!!


人们用两种色彩描述生命---绿色和红色,绿色是叶绿素的颜色,红色是血红蛋白的颜色。而卟啉的优势在这里体现的淋漓尽致---生命的两种色彩,全部都基于它。


但是我们也知道,世界上的色彩远不止红色与绿色两种,生命中的金属离子,也不全都会充当卟啉环中的那个魔法宝石。


生命炼金术(3),就让我们聊一聊生命是如何将分子炼金术运用到极致的,让我们一窥金属蛋白们那神乎其技的大器巧工。




>>>未完待续<<<


编辑:Anymore

文字:鱼骨头段



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部分图片来自网络

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回复文字:果然科学,给你看另一篇好玩的文章。


回复文字:好好学习,收听喜马拉雅FM电台栏目《一分钟听懂NGS基础概念》,让生信分析不再遥不可及。

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